1939年秋冬之交，財政部著手分區設定貨運稽查處，以補各地海關力量所不逮。先將全國分為6區：湘鄂區、冀魯豫區、浙贛皖蘇區(兼管閩省)、晉陝區(兼管甘青寧三省)、廣東區和廣西區，每區各設貨運稽查處，辦理查緝敵貨、資敵物品、結匯物品及法幣金銀等之私運，與出入戰區貨物之關、鹽、統三稅之驗估補征等項。1940年1月，財政部調整各戰區貨運稽查處及其轄境，先後最終確定成立廣東區、廣西區、湘鄂區、蘇皖贛區、閩浙區、冀魯豫區、晉陝區和甘寧綏區等8處貨運稽查處，所有各處稅務部分主任人員，均由海關派員充任，一切稽徵緝私，均仿海關辦法辦理，主要辦理查緝敵貨，資敵物品，結匯物品及法幣金銀等之私運，與出入戰區貨物之關、鹽、統三稅之驗估補征等項。
起初，貨運稽查處只是“負責查緝私運，以補海關權力之所不及”的臨時性機構，鑒於戰局的變化，國民政府對各貨運稽查處轄區略加調整，“以閩省與浙省毗連，劃歸浙贛皖蘇區管轄。皖北與豫省接壤，劃歸冀魯豫區管轄，甘青寧三省地處西北，歸晉陝區兼管”。後又經過多次調整，國統區對敵經濟防線，始大致築成：“北起五原，沿黃河各渡口(軍渡、龍門、風陵渡、茅津渡、孟津)而至鄭州；再沿平漢路過許昌、郾城、駐馬店，西折至隨、棗、襄、樊、宜昌、宜都、常德、益陽、湘陰，繞洞庭湖而至平江、修水，繞鄱陽湖而至景德鎮、祁門、宣城，南折過廣德、孝豐、新登，經蕭山而至寧波(按此為1939年底之軍事情形)。敵貨走私，至此始得稍戢；而西北各省，向無關卡，致敵貨私貨橫行之缺點，亦可藉以補救。”
戰區貨運稽查處成立後，主要是依據1934年6月19日頒行的《海關緝私條例》以及1938年10月27日頒行的《查禁敵貨條例》和《禁運資敵物品條例》(1941年9月3日國民政府修正)等緝私規章制度，切實檢查敵貨及禁運資敵物品，以杜走私而保後方軍需民用資源。
鑒於戰區貨運稽查處在財政部緝私處(署)成立前是國統區查禁走私的主導機關，為了明確各戰區貨運稽查處的職責，規範其執法行為，1940年財政部專門針對戰區貨運稽查處這一緝私機構就頒布了許多法規，如6月5日頒布《關於各戰區貨運稽查處補征關稅事項規定四點》、10月9日頒布《財政部浙贛皖蘇戰區貨運稽查處查驗貨物及補徵稅暫時實施辦法》等。針對各地貨運稽查處在處理違章案件時隨意行為的嚴重情況，財政部頒布《各貨運稽查處處理違章案件充公變價款項及罰金給獎辦法》，為加強管理，各貨運稽查分處制定了配套的法令法規，如1940年7月7日，浙贛皖蘇戰區貨運稽查處頒布《查驗貨物及補徵稅項暫行實施辦法》。1941年1月1日，財政部根據案例規定貨運稽查處緝獲私貨按照普通法令處理的案件必須經過再訴願程度，若按照《海關緝私條例》處理的案件，必須經過關務署的批准，才能提起行政訴訟。
