線路歷史
2011年10月17日起，開通投入運營（杏林仰後站←→SM城市廣場站）。
1、線路走向（線長：18）：杏林仰後站始發，經中宛路、錦園東路、杏林北二路、杏林北路、杏錦路、杏林大橋、長岸路、殿前一路、石鼓山立交橋、嘉禾路、園山南路、興山路至SM城市廣場站，往返一致。
廈門990路2、停靠站點：杏林仰後站、杏林北二路站、園博苑西門站、殿前村站、殿前村口站、馬壠站、塘邊站、SM城市廣場站。
3、運營時間：周末晚高峰杏林仰後17:00～19:00，SM城市廣場18:00～20:00。
2015年05月31日起，停止運行。
2017年01月09日起，為進一步方便市民高峰期進出島的交通出行，新增990路（軟體園三期站←→市行政服務中心站）工作日高峰 大站快線。
1、線路走向：軟體園三期始發，經誠毅東路、杏林灣路、杏錦路、杏林大橋、成功大道、枋鍾路、雲頂北路至市行政服務中心，往返一致。
2、停靠站點：軟體園三期站、軟體園三期龍亭站（ 往市行政服務中心）、蓮花新城站（ 往軟體園三期）、市民廣場站、中航城站、機場路口站、太古宿舍站、BRT雙十中學站、市行政服務中心站。
3、工作日高峰發班時間：軟體園三期 早高峰06:40、07:00兩班， 晚高峰17:00、17:20兩班；市行政服務中心 早高峰07:30、07:50兩班， 晚高峰17:50、18:10兩班。
4、票價：一票制2元，E通卡8折優惠。
運行路段
990路（軟體園三期站←→市行政服務中心站）
線路走向：
上行：軟體園三期站始發，經誠毅東路、杏林灣路、杏錦路、杏林大橋、成功大道、枋鍾路、雲頂北路至市行政服務中心站。
下行：市行政服務中心站始發，經雲頂北路、枋鍾路、成功大道、杏林大橋、杏錦路、杏林灣路、誠毅東路至軟體園三期站。
沿途站點
跨段站點：軟體園三期——市行政服務中心
票價：上車2元，全程2元，E通卡8折優惠。
運行時間：工作日高峰期
上行
軟體園三期站→軟體園三期龍亭站→市民廣場站→中航城站→機場路口站→太古宿舍站→BRT雙十中學站→市行政服務中心站
下行
市行政服務中心站→BRT雙十中學站→太古宿舍站→機場路口站→中航城站→市民廣場站→蓮花新城站→軟體園三期站
