主要職責
根據《中共重慶市委辦公廳重慶市人民政府辦公廳關於巫溪縣人民政府機構改革方案的通知》（渝委辦〔2009〕183號）和《中共巫溪縣委巫溪縣人民政府關於巫溪縣政府機構改的革實施意見》（巫溪委發〔2009〕32號），設立巫溪縣水務局，為縣政府工作部門。
一、職責調整
（一）將原縣水利局的職責劃入縣水務局；
（二）劃入由原縣農村工作辦公室承擔的農田基礎設施建設的職責；
（三）劃入由原縣農機局承擔的農村機電提灌管理的職責；
（四）劃入原由縣市政園林管理局承擔的城鎮污水處理的職責。
二、主要職責
（一）負責保障水資源的合理開發利用。貫徹執行水利、水資源的法律、法規、規章和方針政策，研究提出全縣水利發展戰略和政策建議，組織編制地方性水利規劃；負責提出水利固定資產投資建議，審批、核准相關固定資產投資項目，提出縣級水利建設投資安排建議並組織實施。加強水資源節約、保護和合理配置；根據縣政府的授權承擔水利國有資產出資人職責。
（二）負責生活、生產經營和生態環境用水的統籌兼顧和保障。實施水資源的統一監督管理，擬訂水中長期供求規劃、水量分配方案並監督實施；組織開展水資源調查評價工作，負責全縣範圍內的重大調水工程的水資源調度，組織實施取水許可、水資源有償使用制度和水資源論證、防洪論證制度；按規定開展水能資源調查工作，擬訂水能資源開發利用規劃和水能資源管理規章制度;指導鄉鎮供排水工作。
（三）負責水資源保護工作。組織編制水資源保護規劃，組織擬訂全縣河流（湖、泊）的水功能區劃並監督實施，核定水域納污能力，提出限制排污總量建議，指導飲用水水源保護工作，指導地下水開發利用和城市規劃區地下水資源管理保護工作。
（四）負責計畫用水、節約用水工作。擬訂計畫用水、節約用水政策，編制計畫用水、節約用水規劃，擬訂有關標準並監督實施，指導和推動節水型社會建設工作。
（五）承擔水利突發公共事件應急管理的責任。負責防治水旱災害，組織、協調、監督、指揮防汛抗旱工作，對重要河流（湖、泊）和重要水利工程實施防汛抗旱調度和應急水量調度，編制防汛抗旱應急預案並組織實施；加強防汛抗旱工作，減輕水旱災害損失，承擔縣防汛抗旱指揮部日常工作。
（六）承擔水利工程建設與運行安全監管的責任。負責水利工程建設與運行的監督管理，制定有關制度並組織實施；負責組織、協調水利建設項目前期工作；指導水利建設市場的監督管理。
（七）負責大中型水利水電工程移民及後期扶持管理工作，負責大中型水利水電工程移民安置規劃大綱審批和移民安置規劃審核工作，承擔移民後期扶持日常工作。
（八）指導水文工作。組織開展水文水資源監測、水文網點建設和管理，對江河湖庫和地下水的水量、水質實施監測，定期報送水文水資源信息、情報預報。
（九）組織、指導水域及其岸線、水利設施的管理與保護，以及江河、湖泊、灘涂的治理和開發；組織制定並監督實施防治水害規劃和河道防洪調度方案，審查河道管理範圍內工程建設方案，擬訂河道清障計畫和實施方案並監督實施，按分工負責河道采砂的管理、監督和檢查。
（十）負責防治水土流失。擬訂水土保持規劃並監督實施，承擔水土流失的綜合防治、監測預報的責任，負責全縣有關建設項目水土保持方案的審批、監督實施及驗收工作，指導全縣水土保持建設項目的實施。
（十一）負責農村水利工作。組織協調農田水利基本建設和管理，組織、指導農村飲水安全、節水灌溉、雨水集蓄利用等工程建設與管理工作，指導農村水利社會化服務體系建設和農村水利技術推廣工作；負責農村機電提灌管理工作；指導和組織實施水電農村電氣化和小水電代燃料工作。
（十二）承擔供水、節水、排水的管理工作；承擔城鄉供水水質監督管理工作；承辦城鎮污水管理費徵收的管理工作；加強保障城鄉供水安全和水生態安全，促進水資源可持續利用。
（十三）承擔重大涉水違法事件的查處，承擔組織指導水政監察和水行政執法工作。
（十四）負責水利科技、教育和對外交流工作，組織擬訂水利行業的地方技術質量標準和規程、規範並監督實施，組織重大水利科學研究和技術推廣。
（十五）承辦縣政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，巫溪縣水務局設5個內設機構：
（一）辦公室負責電文、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作，承擔信息、安全、保密、信訪和綜合協調、督查督辦、新聞宣傳等工作，負責機關規章制度建設；負責機關和所屬單位的幹部人事、機構編制工作；編制部門預算，承擔機關並指導所屬單位的財務管理工作，承擔縣級水利資金和國有資產的監督管理工作，提出有關水利價格、收費、信貸的建議;加強防汛抗旱工作，減輕水旱災害損失，承擔縣防汛抗旱指揮部日常工作。
（二）規計基建科擬訂水利戰略規劃，組織編制水利綜合規劃、專業規劃和專項規劃；負責水利建設項目前期工作的組織協調，承擔市、縣立項的水利建設項目的項目建議書、可行性研究報告的審查、報送工作；負責水工程建設項目合規性審查；承擔水利綜合統計工作；負責水利基本建設的行業管理，指導水利建設市場的監督管理；組織協調全縣水利建設項目的建設和管理；指導水利工程建設和運行的安全監管；指導、監督水利工程建設監理、質量、經濟定額和招投標工作；承擔移民及後期扶持日常工作。
（三）水政水資源科研究提出水利方面的政策建議，起草水利地方性規章；負責機關規範性檔案和縣級水利行政許可審批項目的合法性審查工作，指導水利行政許可工作並監督實施，承擔行政許可、行政處罰的聽證組織工作；組織實施取水許可、水資源有償使用、水資源論證等制度，組織水資源調查、評價和監測工作，擬定水量分配、水功能區劃和水資源調度方案並監督實施；負責水行政許可視窗的日常工作；組織編制水資源保護規劃，指導飲用水水源保護、城市供水的水源規劃；審核重要水功能區的水域納污能力，提出限制排污總量的控制意見，指導、監督入河口設定工作；承擔水利行業安全生產工作，負責重大水利安全事故的調查處理；承擔城市供水、節水、排水的管理工作；承擔城市供水水質監督管理工作；承辦城鎮污水管理費徵收的管理工作；負責計畫用水、節約用水工作。
（四）水利科負責擬定全縣水利發展規劃並監督實施；負責機電提灌管理工作；組織、指導已成水利工程的運行管理和除險加固工作；指導農田水利基礎設施建設、農村水利社會化服務體系建設和農村水利工程管理體制改革；組織、指導鎮鄉集中供水、農村安全飲水工作；組織指導節水灌溉和大中型灌區工作。
（五）水土保持科承擔水土流失綜合防治工作；組織編制水土保持規劃並監督實施；負責水土流失監測及有關滑坡、土石流預警工作；審批開發建設項目水土保持方案並監督實施；組織實施水土流失防治費和水土保持補償費徵收制度。
五、其他事項
（一）水資源保護與水污染防治的職責分工。縣水務局對水資源保護負責，縣環保局對水環境質量和水污染防治負責。兩部門要加強協調與配合，建立協商機制，協商解決有關重大問題。
（二）水利水電工程移民工作的職責分工。縣水務局負責全縣大中型水利水電工程移民後期扶持工作的管理和監督；縣移民局負責三峽工程重慶庫區巫溪縣移民及後期發展扶持工作。
（三）城市供水、排水職責分工。縣市政園林管理局承擔城區供排水管網建設、維護職責，縣水務局承擔供水、排水監督管理職責。
