確立世系
傳說，哲布尊丹呼圖克圖最早降生的印度，是釋迦牟尼佛的五百比丘之一，後轉世在西藏，傳世十五世至多羅那他（1575年—1634年），是西藏覺囊派高僧。
萬曆四十二年（1614年），多羅那他應蒙古喀爾喀部的阿巴岱汗邀請前往庫倫一帶傳經約20年，深得喀爾喀部諸領袖人物的信奉和支持，逐漸成為當地宗教領袖，被尊稱哲布尊丹巴，藏語意為“尊勝”。崇禎七年（1634年），多羅那他圓寂，次年，喀爾喀諸汗王認定於明崇禎八年（1635年）誕生於喀爾喀部的土謝圖汗袞布多爾吉之子札那巴札爾為其轉世，法號羅桑丹貝堅贊，立其為法王。順治六年（1649年），羅桑丹貝堅贊赴西藏學法。七年（1650年），羅桑丹貝堅贊從四世班禪喇嘛羅桑卻吉堅贊受戒，並覲見了格魯派領袖五世達賴喇嘛羅桑嘉措，兩人均要求其改宗，作為正式承認其活佛地位的條件。在固始汗的扶植下，八年（1651年），羅桑丹貝堅贊由覺囊派改宗格魯派，達賴承認其為第一世哲布尊丹巴。格魯派已取代了覺囊派在西藏的統治地位。
順治十四年（1657年），羅桑丹貝堅贊回蒙古傳法，駐喀爾喀土謝圖汗部之額爾德尼召（光顯寺），逐漸成為外蒙古各部的政教領袖。康熙二十七年（1688年），喀爾喀部受準噶爾汗國噶爾丹的攻擊，羅桑丹貝堅贊率喀爾喀三汗所屬部眾臣服於清朝。三十年（1691年），康熙帝冊封其為呼圖克圖大喇嘛，統管外蒙古喀爾喀部宗教事務。此後，按慣例該活佛系統的傳承需受到清朝皇帝的冊封和西藏達賴喇嘛的認可方能生效。
雍正五年（1727年），雍正帝在庫倫修建慶寧寺，此後，哲布尊丹巴轉駐於此。乾隆帝在位期間，規定哲布尊丹巴每年必須向清朝政府進貢八匹白馬和一頭白駱駝，稱為“九白之貢”。乾隆還進一步規定，哲布尊丹巴的轉世必須在四川理塘地區尋找，在北京雍和宮金瓶摯簽決定，以免哲布尊丹巴與外蒙當地王公的世俗權利結合。但蒙古人認為他是成吉思汗後代的轉世，因此承認他是君主。滿人為分散他的權力，置庫倫辦事大臣與額爾德尼商卓特巴管理他的徒眾（沙畢納爾），堪布諾門罕管經壇。
蒙古君主
1911年10月，辛亥革命爆發，八世哲布尊丹巴在俄國的支持下乘機於12月28日宣布外蒙古獨立，自任日光皇帝“額真汗"，改元共戴，但未得到廣泛認可。1915年，哲布尊丹巴取消獨立，受袁世凱政府冊封為呼圖克圖汗，保持了自治王公的地位。1919年，北洋政府徐樹錚趁十月革命之後沙俄內戰之際，率軍隊進占庫倫，取消外蒙古自治。1921年，蒙古人民革命黨在蘇聯紅軍的協助下擊敗中國軍隊，奪取蒙古政權，7月10日將哲布尊丹巴架空為立憲君主。1924年，八世哲布尊丹巴博克多格根於庫倫突然圓寂（一說被蘇聯支持的蘇赫-巴托爾和喬巴山秘密處決），人民革命黨政府（政權）宣布不再尋找轉世靈童，11月24日建立蒙古人民共和國，並開始限制和控制藏傳佛教信仰（立法禁止尋找轉世）。該世系在外蒙古終結（俄羅斯人曾經給他一位佛母，之後成為皇后，死在1923年）。
現況
其後，在達賴喇嘛的主持下，西藏僧侶在藏區秘密進行了尋找哲布尊丹巴轉世靈童的儀式，在1936年確認蔣巴南卓（Jampal Namdol Chokye Gyaltsen，1932年出生於西康省理塘）為哲布尊丹巴轉世。當時十三世達賴喇嘛已圓寂，十四世達賴喇嘛未被找到，九世班禪額爾德尼則在流亡中，哲布尊丹巴的轉世無法得到正式認定，而此後國際形勢變化複雜，因此九世哲布尊丹巴的身份一直未正式公布。
1959年，九世哲布尊丹巴隨達賴逃離西藏，1991年，蔣巴南卓被達賴喇嘛正式確認為哲布尊丹巴轉世。次年他移居印度西北部的達蘭薩拉（Dharamsala），舉行了坐床儀式。但其身份從未得到蒙古國政府承認。1999年，他曾赴蒙古國訪問，期間造成了很大的轟動。2010年他加入蒙古國籍，2011年11月2日，蒙古國首次公布並承認九世哲布尊丹巴宗教領袖地位，並在蒙古國首都烏蘭巴托的甘登寺舉行坐床儀式。2012年3月1日，第九世哲布尊丹巴於烏蘭巴托圓寂，享年80歲。
歷代轉世
一世：哲布尊丹巴·羅布藏旺布札木薩（1635年—1723年）
哲布尊丹巴九世二世：哲布尊丹巴·羅布丹彬多密（1724年—1757年）
三世：哲布尊丹巴·伊什丹巴尼瑪（1758年—1773年）
四世：哲布尊丹巴·羅布藏圖巴坦旺舒克（1775年—1813年）
五世：哲布尊丹巴·羅布藏楚都木濟克默特（1815年—1842年）
六世：哲布尊丹巴·羅布藏巴勒墊丹拜佳木粲（1842年—1848年）
七世：哲布尊丹巴·凱珠布丹桑（1850年—1869年）
八世：哲布尊丹巴·阿旺垂濟尼瑪丹彬旺舒克（1870年—1924年）
九世：哲布尊丹巴·蔣巴南卓（1936年—2012年）
