雍仲本教作為藏傳佛教之源和象雄文化的精髓，歷經數千年的沉浮，其古老而強大的精神力量，已與雪域高原的生活形態，緊密的融合在了一起，成為藏族文化無法剝離的精神氣質，也是全人類精神文明中的寶貴財富。
吉絨寺作為雍仲本教的修行聖地，由第一世雍仲益西仁波切（出生於公元1600年左右）於三十七歲時在今天的爐霍縣境內建立，當時稱作多更雍仲林寺，又名吉絨寺。據史料記載，該地是大圓滿修行的聖地，《大圓滿傳承祈禱頌》中“處於多隆央文修行地，嘉絨雍仲益西願祈禱……”即是指此地。寺內有兩座學院，一座是講修院，一座為密宗禪修學院。當時雍仲益西仁波切的門生中，包括多登雍仲堅參、格西雍仲鄧真、朗公喇嘛茨成、普沃尼瑪將參、松阿扎巴法王等數十餘優秀的大德高僧。弟子中覺悟自心的有數百名，聞過法的數千餘，非常興盛。
吉絨寺建寺的地形，為右旋海螺。向北一千米處有鮮水河自西向東流過，前面分別有一座母續神山和文殊忿怒神山，著名成就者朵登俄色堅參等高僧大德，曾在此處修持過大圓滿心法，並獲得非凡成就。在海螺的翅膀內，有朵隆央文、多隆薩恩等很多阿赤大圓滿歷代高僧的實修淨地，雍仲益西、雍仲堅參二人曾在此地實修。山頂還有達瓦扎巴的修行處，近代無漏虹化大師夏匝•扎西堅參的心子——獲得無漏虹化成就的達瓦扎巴，曾長期在吉絨寺修持密法，並接收四面八方慕名而來的覺姆（尼僧）在此聽法修行。達瓦扎巴大師培育的覺姆們，聞、思、修，講法、辯論、著書，持咒、修行、施業都如理如法，吉絨寺密宗禪修院因此成為當時遠近聞名的覺姆寺院。該寺被認為是眾多空行母聚集的殊勝聖地。在此後的幾百年間，一直廣弘佛法，利益眾生。
吉絨寺地理位置文革期間，吉絨寺的經堂、僧房等都遭受嚴重破壞，此後很長一段時間內，一直是殘垣斷壁，直至上世紀八十年代宗教政策重新開放，才又在縣政府批准支持下，阿根嘉巴仁波切帶領僧眾恢復修法傳法的傳統，但寺院各項設施都已破舊不堪，有待修繕。
直到2010年，當地僧眾、信眾多方尋求大德高僧幫忙尋找多年的雍仲益西大師的第四世轉世活佛——祈麥雍仲仁波切，才被從新龍找到，經赤瓦法王、文家活佛正式認證，仁波切被立即請回吉絨寺，坐床任住持活佛。自此，祈麥仁波切不負眾望，承續前世的願力，一心致力於寺院的方方面面整修、建設、師資、教學及僧團的管理。作為當代雍仲本教第一座尼眾佛學院，雍仲本教法王曼日法王一直關注吉絨寺的發展，按照祈麥雍仲仁波切的請求，法王安排了畢業於尼泊爾赤旦羅布佛學院的格西西繞晉巴負責寺院的教學。歷經波折的佛法聖地，終於重新煥發了生機。
吉絨寺自古學法嚴謹，修法精進，道風純正。加之，在藏區，尼眾的寺院本來稀少，所以慕名而欲前來修學的覺姆，人數眾多，但囿於資金困境，寺院不得不多次婉拒，請她們暫緩行程。這也促使寺院的整修擴建工程必須提上日程。
目前的吉絨寺高等五明佛學院，有數十位常住覺姆，在阿根嘉巴大師和西繞晉巴格西指導下，一年四季勤於學修。寺院則努力給予她們生活和學修等方面的支持（資金主要來源於十方善信和仁德之士的捐助供養）。
雖然寺院百廢待興，但立足於長遠的弘揚如來正法，福澤四方有情，寺院文化已是兼容並蓄，呈現更加包容的姿態。例如，課誦經文同時包含藏文和漢文，方便前來參學的漢地行者；禪修院大殿供奉的佛像既有銅像也有玉佛。吉絨寺的清淨僧眾，正積極的以文化的自然的融合力，融合當代十方佛道同仁和一切仁德之士。
隨著各方麵條件的不斷完善，作為當代雍仲本教第一座覺姆寺院的吉絨寺，即將敞開胸懷接納一切有志於修學佛法、證悟自心的尼眾，不分民族、階層和年齡。
願佛法修行聖地吉絨寺，在大家的支持下，成為利樂眾生、普渡有緣佛子的吉祥寶剎。
