1999年獲得南昌大學先進實驗室稱號。
2002年7月更名“基礎化學實驗中心”。南昌大學利用新校區建設的資金對實驗中心的建設給予了大力支持,促進了中心管理體制和 運作模式的改革,完成了由教學輔助機構向實驗課教學和實驗室管理一體化教學機構轉變。
2003年6月學校正式發文批准建立校級“基礎化學實驗中心”。
2004年8月新校區基礎化學實驗中心大樓建成,大樓具有一萬一千餘平方米的建築面積。12月5日基礎化學實驗中心正式在新校區承擔化學實驗教學任務。
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