化學科學數據格線整合的數據資源涵蓋化學研究的多個重點學科，如有機化學、無機化學、高分子化學、分析化學與光譜學、物理化學、環境化學、天然產物與藥物化學、套用化學，在數據質量不斷接近世界發達水平的同時，在某些方面形成了領先優勢，如在聚合物領域開發的聚合物溶液相平衡資料庫，結合我國資源特點的中藥化學資料庫、稀土萃取和稀土物性資料庫，都是在世界上首先開發的資料庫系統。“十一五”末，通過化合物唯一標識信息實現各專業資料庫之間的數據整合，可供統一訪問的化合物總數達到500,000種，數據整合的覆蓋度達到80%，並通過網際網路提供7×24小時線上數據共享服務。
化學科學數據格線數據資源目錄
| 類別 | 資料庫名稱 | 主要數據內容 | 訪問入口 |
| 有機化學 | 化合物結構資料庫 | 化合物二維、三維結構 | 化合物檢索化合物結構檢索化合物子結構檢索化合物模糊結構檢索化合物特徵結構檢索 |
| 化學反應資料庫 | 反應物、產物、溶劑、催化劑、化學反應 | 化學反應條件檢索化合物結構檢索 | |
| 物理化學 | 物性及熱化學資料庫 | 氣態和凝聚態的熱容、標準熵、標準焓、熱化學估算式及參數 | 檢索入口 |
| 相變資料庫 | 相變點、臨界點及三相點的性質 | 檢索入口 | |
| 非電解質體系汽液相平衡資料庫 | 二至四元混合物體系汽液平衡實驗數據及活度係數模型參數 | 二元體系三元體系四元體系 | |
| 聚合物溶液相平衡資料庫 | 聚合物溶液汽液平衡、液液平衡、無限稀溶液活度係數 | 聚合物汽液相平衡數據無限稀溶液活度係數 | |
| 共混聚合物相容性資料庫 | 聚合物組分、製備和組成、測定方法、相容性、數據來源 | 檢索入口 | |
| 稀土物性資料庫 | 稀土氧化物、鹵化物、硫化物、分子間化合物的熔點、沸點、粘度、密度、熵、焓 | 檢索入口 | |
| 鐵/銅液體相互作用參數 | 檢索入口 | ||
| 離子簇熱化學資料庫 | 離子團簇生成熱、溫度、壓力 | 在建 | |
| 化學反應熱化學資料庫 | 化學反應熱、反應熵、反應溫度和壓力 | 在建 | |
| 分析化學與光譜學 | 化學物質分析方法資料庫 | 食品、藥品、飼料等的國際標準分析方法 | 普通檢索分類瀏覽 |
| 紅外光譜資料庫 | 化合物的紅外光譜譜圖，峰位、強峰、功能團等 | 輸入譜峰檢索上載譜圖檔案檢索化合物檢索 | |
| 質譜譜圖資料庫 | 化合物的質譜圖，質荷比、豐度 | 質譜譜圖檢索化合物檢索 | |
| 碳-13 NMR波譜資料庫 | 有機化合物的碳-13核磁譜圖，譜峰位置、多重性、實驗條件 | 檢索入口 | |
| 晶體結構資料庫 | 晶體的元素坐標、晶胞參數、基本物性、化學式、結構等 | 離線 | |
| 環境化學 | 毒性化合物資料庫 | 化合物性質、美國毒性化合物標準、相關毒性實驗、各國職業場所毒性化合物暴露限度 | 檢索入口 |
| 化學品安全特性資料庫 | 常見化學物質燃燒性、爆炸性、毒性、環境標準和儲運條件 | 檢索入口 | |
| 化學物質毒性中文文獻資料庫 | 化學物質特性數據 | 檢索入口 | |
| 化學物質毒性英文資料庫 | 刺激性、致變、致癌與生殖效應、毒性、環境與職業標準、美國環保局評論和檔案 | 檢索入口 | |
| 化學品安全和處置資料庫 | 化學品基本理化性質、危險及保護、健康危害及保護 | 檢索入口 | |
| MSDS資料庫 | 檢索入口 | ||
| 天然產物與藥物化學 | 藥物與天然產物資料庫 | 藥物和天然產物的性質、專利及參考文獻 | 藥物信息檢索天然產物信息檢索專利信息檢索 |
| 中藥與化學成分資料庫 | 中藥材及其有效化學成分、方劑、疾病 | 中藥複方檢索中藥材檢索中醫疾病用藥檢索化合物檢索 | |
| 化合物活性資料庫 | 化合物名稱、結構、活性數據 | 檢索入口 | |
| 藥品名稱資料庫 | 藥品的商品名和別名的資料 | 檢索入口 | |
| 生物活性資料庫 | 化合物的生物、生理活性和生態學數據 | 化合物信息快速檢索化合物信息組合檢索各類實驗數據檢索 | |
| 套用化學 | 稀土萃取資料庫 | 被萃取的稀土元素或無機酸、萃取劑、極性相、實驗條件等 | 檢索入口 |
| 氣體水合物基本性質資料庫 | 氣體水合物主客體分子、晶形、配位數、理化性質、相平衡、天然氣水合物期刊和專利文獻 | 晶體結構資料庫物理化學性質資料庫相平衡資料庫 | |
| 化學配方資料庫 | 常用化學配方、用途、配製方法 | 檢索入口 | |
| 化工產品資料庫 | 產品生產廠商、產品性質及價格 | 產品信息檢索廠商信息檢索價格信息檢索 | |
| 精細化工產品資料庫 | 名稱、性質、配方、生產工藝、用途、使用方法 | 產品檢索產品分類瀏覽 | |
| 辛烷值資料庫 | 碳氫化合物辛烷值汽油辛烷值 | ||
| 化學核心期刊資料庫 | 國外化學期刊文獻 | 普通條件檢索組合條件檢索 | |
| 中國化學文獻資料庫 | 中國化學期刊文獻 | 檢索入口 | |
| 中國化學專利資料庫 | 中國化學化工領域專利文摘 | 專利文獻信息檢索物質信息檢索 | |
| 專業情報資料庫 | 所有情報瀏覽情報專題檢索 | ||
| 工程塑膠資料庫 | 檢索入口 | ||
| 服務及工具 | 化學工作輔助工具 | 化合物名稱中英互譯化合物名稱轉換成結構化合物結構轉換成名稱 | |
| 結構處理技術服務 | 生成三維結構VRML模型預處理和二維結構圖形生成子結構索引碼化合物結構登錄化合物建庫臨時登錄號獲取登錄號二維結構數據格式轉換 |
化學科學數據格線的數據檢索方法簡單易用，它提供了簡單查詢和結構查詢兩種化學資料庫常用的方式。簡單查詢允許用戶通過輸入關鍵字（CAS號、化學式、化合物名）的方式進行，檢索接口採用程式識別的方式來判斷關鍵字類型，簡化了用戶使用步驟。中間結果列表供用戶確定具體檢索目標，並在表中提供化合物輔助標識信息幫助用戶決策；結構查詢方式則是允許用戶通過在化合物結構輸入界面中輸入化合物結構，來確定所檢所數據，為提高檢索的查全率，結構檢索支持全結構、子結構及結構相似三種結構匹配形式。
此外，化學科學數據格線還提供化合物結構格式轉換以及基於化合物基本屬性的化合物高級檢索服務。其中，化合物結構格式轉換通過集成OpenBabel實現對多種常見格式的檔案進行線上轉換，如adf hin inp dmol csd1 ck gamin gjf mop mp pov qcin tmol vmol zin mol mol2 3d smi can inchi 等格式間的相互轉換，並支持輸出3D坐標；基於化合物基本屬性的化合物高級檢索服務可用於檢索的基本性質包括辛醇-水分配係數(AlogP)、分子折光率(AlogP_MR)、辛醇-水分配係數(LogD，PH=7.4)、溶解度(logS S:mol/L)、分子表面積、形式電荷、氫鍵受體數、氫鍵配體數、拓撲指數(Balaban JX，Balaban JY，Wiener，Zagreb)、分子量等。對於檢索結果，用戶可以查看相應化合物的基本描述信息，並根據需要查看化合物不同屬性的數據。
下一步化學科學數據格線將在目前數據整合、集成檢索的基礎上，開發化學化工基礎套用及特色服務模組，以達到提升化學數據集成服務能力的目標，發揮科學數據在研究中的基礎性作用。面向能源、環境、健康、材料等領域中的重大問題，開展基礎數據、數據分析和數據挖掘服務等研究。
