1954年六所
1954年12月，教育部在《關於重點高等學校和專家工作範圍的決議》中，指定以下6所學校為全國性重點大學：中國人民大學、哈爾濱工業大學、北京大學、清華大學、北京農業大學（現中國農業大學）、北京醫學院（北京醫科大學，現北京大學醫學部）。
1959年十六所
全國重點大學1959年3月22日，中共中央發出《關於在高等學校中指定一批重點學校的決定》，指定以下16所高校為全國重點大學：
北京大學、清華大學、哈爾濱工業大學、復旦大學、上海交通大學、上海第一醫學院（上海醫科大學，現復旦大學上海醫學院）、北京醫學院（北京醫科大學，現北京大學醫學部）、中國科學技術大學、西安交通大學、中國人民大學、華東師範大學、北京工業學院（現北京理工大學）、北京航空學院（現北京航空航天大學）、北京農業大學（現中國農業大學）、北京師範大學、天津大學。
後增加四所
中國人民解放軍軍事工程學院（即“哈軍工”）；
中國人民解放軍通信兵學院（即“西軍電”—中國人民解放軍軍事電信工程學院，現西安電子科技大學）；
中國協和醫科大學（現北京協和醫學院）；
中國人民解放軍第四軍醫大學（現中國人民解放軍空軍軍醫大學）
六十年代擴充
1960年64所
1960年10月22日，中央決定在原來20所（16+4）重點大學的基礎上，再增加44所重點大學：
1、文理（蘇聯式綜合大學）：中山大學 、南京大學、南開大學、武漢大學、四川大學、吉林大學、山東大學、山東海洋學院（現中國海洋大學）、蘭州大學；
2、工科：大連工學院（現大連理工大學）、東北工學院（現東北大學）、南京工學院（現東南大學）、華南工學院（現華南理工大學）、華中工學院（現華中科技大學）、重慶大學、西北工業大學、合肥工業大學；
3、專門性大學：同濟大學、中南礦冶學院（現中南大學）、華東紡織工學院（現東華大學）、華東化工學院（現華東理工大學）、北京外國語學院（現北京外國語大學）、國際關係學院、北京政法學院（現中國政法大學）、北京對外貿易學院（現對外經濟貿易大學）、中央音樂學院、北京體育學院（現北京體育大學）、北京石油學院（現中國石油大學）、北京地質學院（現中國地質大學）、北京郵電學院（現北京郵電大學）、北京鋼鐵學院（現北京科技大學）、北京礦業學院（現中國礦業大學）、北京鐵道學院（現北京交通大學）、北京化工學院（現北京化工大學）、唐山鐵道學院（現西南交通大學）、吉林工業大學（與吉林大學合併）、大連海運學院（現大連海事大學）、華東水利學院（現河海大學）、武漢水力電力學院（武漢水力電力大學，與武漢大學合併）、北京農業機械化學院（現中國農業大學）、北京林學院（現北京林業大學）、北京中醫學院（現北京中醫藥大學）、中山醫學院（中山醫科大學，併入中山大學）、成都電訊工程學院（現電子科技大學）
1963年增加
上海外國語學院（現上海外國語大學）、浙江大學、廈門大學
1963年又增加1所重點大學
南京農學院（現南京農業大學）
至此，全國重點高校共68所。
1978年88所
1978年，國務院確定了北京大學、清華大學等88所院校為全國重點大學。
一、綜合大學
雙重領導，教育部為主（11所）：北京大學、復旦大學、吉林大學、南開大學、南京大學、中山大學、武漢大學、廈門大學、四川大學、山東大學、蘭州大學。
省領導（5所）：雲南大學、西北大學、湘潭大學、新疆大學、內蒙古大學。
二、理工科院校
雙重領導，教育部為主（12所）：清華大學、西安交通大學、天津大學、大連工學院（大連理工大學）、南京工學院（東南大學）、華南工學院（華南理工大學）、廣東化工學院（華南理工大學）、華中工學院（華中科技大學）、重慶大學、同濟大學、上海化工學院（華東理工大學）、浙江大學。
雙重領導，科學院為主（1所）：中國科學技術大學。
雙重領導，國防科委為主（1所）：長沙工學院（中國人民解放軍國防科技大學）。
雙重領導，三機部為主（3所）：北京航空學院（北京航空航天大學）、南京航空學院（南京航空航天大學）、西北工業大學。
雙重領導，四機部為主（2所）：成都電訊工程學院（電子科技大學）、西北電訊工程學院（西安電子科技大學）。
雙重領導，五機部為主（2所）：北京工業學院（北京理工大學）、華東工程學院（南京理工大學）。
雙重領導，六機部為主（2所）：上海交通大學、哈爾濱船舶工程學院（哈爾濱工程大學）。
雙重領導，八機總局為主（1所）：哈爾濱工業大學。
雙重領導，國家建委為主（1所）：重慶建築工程學院（重慶大學）。
雙重領導，冶金部為主（3所）：北京鋼鐵學院（北京科技大學）、東北工學院（東北大學）、中南礦冶學院（中南大學）。
雙重領導，水電部為主（3所）：華東水利學院（河海大學）、武漢水利電力學院（武漢大學）、河北電力學院（華北電力大學）。
雙重領導，石化部為主（2所）：華東石油學院（中國石油大學（華東）、中國石油大學（北京））、北京化工學院（北京化工大學）。
大慶油田黨委領導（1所）：大慶石油學院（東北石油大學）。
雙重領導，煤炭部為主（2所）：四川礦業學院（中國礦業大學）、阜新煤礦學院（遼寧工程技術大學）。
雙重領導，一機部為主（5所）：合肥工業大學、吉林工業大學（吉林大學）、東北重型機械學院（燕山大學）、湖南大學、鎮江農業機械學院（江蘇大學）。
教育部關於恢復和辦好全國重點高等學校的報告雙重領導，交通部為主（1所）：大連海運學院（大連海事大學）。
雙重領導，鐵道部為主（2所）：北方交通大學（北京交通大學）、西南交通大學。
雙重領導，紡織部為主（1所）：上海紡織工學院（東華大學）。
雙重領導，輕工部為主（1所）：西北輕工業學院（陝西科技大學）。
雙重領導，建材總局為主（1所）：武漢建築材料工業學院（武漢理工大學）。
雙重領導，地質總局為主（2所）：武漢地質學院（中國地質大學（武漢）、中國地質大學（北京））、長春地質學院（吉林大學）。
雙重領導，郵電部為主（1所）：北京郵電學院（北京郵電大學）。
雙重領導，農林部為主（1所）：華北農業機械化學院（中國農業大學）。
雙重領導，中央氣象局為主（1所）：南京氣象學院（南京信息工程大學）。
雙重領導，測繪總局為主（1所）：武漢測繪學院（武漢測繪科技大學，與武漢大學合併）。
雙重領導，國家海洋局為主（1所）：山東海洋學院（中國海洋大學）。
三、師範院校
雙重領導，教育部為主（2所）：北京師範大學、上海師範大學（華東師範大學）。
四、農林院校
雙重領導，農林部為主（1所）：華北農業大學（中國農業大學）。
雙重領導，林業總局為主（1所）：雲南林業學院（北京林業大學）。
省領導（2所）：江西共產主義勞動大學（江西農業大學）、大寨農學院（山西農業大學）。
五、醫藥院校
衛生部直屬（1所）：北京中醫學院（北京中醫藥大學）
雙重領導，衛生部為主（4所）：北京醫學院（後更名北京醫科大學，再與北京大學合併組建新的北京大學）、上海第一醫學院（後更名上海醫科大學，再與復旦大學合併組建新的復旦大學）、中山醫學院（後更名中山醫科大學，再與中山大學合併組建新的中山大學）、四川醫學院（後更名華西醫科大學，再與四川大學合併組建新的四川大學）。
六、外語院校
外交部直屬（1所）：北京外國語學院（北京外國語大學）。
雙重領導，教育部為主（1所）：上海外國語學院（上海外國語大學）。
七、政法財經院校
雙重領導，最高人民法院為主（1所）：西南政法學院（西南政法大學）。
雙重領導，外貿部為主（1所）：北京對外貿易學院（對外經濟貿易大學）。
八、藝術院校
文化部直屬（1所）：中央音樂學院。
九、體育院校
雙重領導，國家體委為主（1所）：北京體育學院（北京體育大學）。
十、民族院校
雙重領導，中央主管民族工作部門為主（1所）：中央民族學院（中央民族大學）。
*為新增28所全國重點大學。
1978年至1981年，中央陸續追加（恢復）
國際關係學院、南京農學院（南京農業大學）、湖南大學、成都科學技術大學（四川大學）、中國首都醫科大學（北京協和醫學院）、北京語言學院（北京語言大學）、北京體育學院（北京體育大學）、中國人民大學、中央民族學院（中央民族大學）、中國人民解放軍第一軍醫大學（南方醫科大學）、山西農業大學、西北農學院（西北農林科技大學）、瀋陽農學院（瀋陽農業大學）、華中農學院（華中農業大學）、華南農學院（華南農業大學）、西南農學院（西南大學）、鐵道兵工程學院（石家莊鐵道大學）、上海第二醫學院（上海交通大學醫學院）等院校為全國重點高等學校。改革開放初，中國共有100餘所全國重點大學（含第四軍醫大學、中國政法大學等文革前確定的重點高校）。
