誕生
由於1980年代的台灣棒壇開始出現危機：三級棒球式微，“三冠王”威風不再，學生棒球隊質量急遽下跌；甲組成棒賽觀眾稀少，甲組成棒社會球隊陸續解散，優秀成棒球員也相繼出走國外。台灣社會對棒球運動的本質及技術層面的了解不深，加上棒球為台灣相當熱門的運動項目，為順應時代潮流，在兄弟飯店負責人洪騰勝促成下，1987年12月31日“職棒推動委員會”成立，由時任中華民國棒球協會理事長唐盼盼兼任主任委員。半年後，在研究參考各項資訊、徵詢各方意見之後，委員會訂定了台灣的職棒大致的發展方向，並開始著手籌組球團、訂定規章、解決場地問題和培養裁判人才、建立裁判制度等實際工作。1989年10月23日，“中華職業棒球聯盟”正式成立，味全、統一、三商、兄弟成為第一批投身職棒球團經營的四個企業。1990年3月17日台灣棒球史上的首季職棒聯賽開打，由旅日棒球名將王貞治主持開球儀式，台灣的棒球新紀元－“職棒元年”就此揭開序幕（首戰由統一獅隊出戰兄弟象隊，最後統一獅隊以4:3擊敗兄弟象隊）。
全盛時期中華職棒開打後，從職棒元年到職棒八年之間，台灣棒運呈現不同的景象：球員的待遇提高，改善了生活，也增加他們的動力；球員的社會地位提升；棒球熱潮再度蔓延全台灣，至1997年時觀眾人數已經突破千萬人次；老舊球場獲得整建，新球場亦慢慢增建。
除了創始時的四隊外，後來又陸續有中國時報、俊國建設、興農企業、和信集團等加入職棒球團的經營。也因棒球風氣興盛，各級棒球隊的數目也不斷增加，棒、壘球運動大為流行。球迷在球場上加油的道具和手法，也形成了另一股獨特的造勢文化，不論是加油棒、戰歌、彩帶、仙女棒、波浪舞，都是現在各種運動、各類聚會時的必然造勢方式，棒球儼然已成為台灣熱情、活潑的休閒文化中最重要的一部份。
1997年中爆發的球員簽賭、放水打假球事件，導致職棒環境陷入嚴重低潮，球迷對職棒球賽的不信任造成球迷人數急遽下滑，連帶也使得因為看好職棒市場，在電視轉播權紛爭後成立的台灣第二個職棒聯盟—台灣職業棒球大聯盟一成立就面臨職棒景況最低迷的時期。先是簽賭案中涉案最深的時報鷹隊宣布解散，接著三商虎隊、味全龍隊亦先後宣布解散，中華職棒從七支球隊頓時減少為四支球隊。台灣大聯盟的成立雖然讓球員的契約問題浮上檯面，也讓兩聯盟在相互競爭下開始展開職棒環境的改革，但終究難敵簽賭案造成的致命傷害。
重振2001年第34屆世界棒球錦標賽在台灣舉行，中華民國棒球協會向中華職棒徵召15位優秀職棒球員進入代表隊參賽，在業餘選手張志家（後來曾加盟日本職棒）、旅美選手陳金鋒的帶領下，贏得銅牌的成績。這是中華隊自簽賭案之後最好的國際賽成績，加上比賽在台灣舉行，吸引了許多台灣民眾的注目，也重新帶起台灣民眾對棒球的熱情，連帶使得職棒觀眾人數和票房收入回溫。
新紀元2003年1月13日兩職棒聯盟簽署合併協定書，那魯灣公司同意解散台灣大聯盟，並將其所屬的四支球隊精簡為兩支球隊—那魯灣太陽（誠泰COBRAS前身）與第一金剛（La New熊前身）。兩職棒聯盟合併後更名為“中華職業棒球大聯盟”。中華職棒十四年（2003年）3月1日，中華職棒大聯盟開幕戰在台北天母棒球場正式開打，展開職棒新紀元。
簽賭疑雲再爆發
2005年7月25日，La New熊隊新秀捕手陳昭穎於比賽結束後遭檢方拘提，簽賭疑雲再度浮現，多數球迷強烈的失望情緒再度出現。共有6名球員與1名教練於偵訊後被收押或交保候傳（隨後也都被所屬球團開除，永不錄用），全案目前尚未偵結，但又爆發承辦檢察官被查出涉有貪瀆、索賄等不法情事，案情後續至今仍無著落。
2008年10月23日，米迪亞暴龍因涉入簽賭事件遭中華職棒除名，球團方說法是“經營階層被黑道和組頭入主”，除名後該隊諸多球員工作無著落並拖欠4個月薪水而赴勞工局抗議，惟局方表示勞基法中球員不算勞工，目前仍不了了之。
1990年聯盟創立時有兄弟象、味全龍、三商虎、統一獅4支球隊。1993年加入時報鷹、俊國熊（1996年上半季為興農熊，後改名為興農牛）兩支球隊後，共有6支球隊，1997年和信鯨（後改名為中信鯨）加盟成為第7支球隊。1998年時報鷹宣布解散，1999年三商虎、味全龍先後宣布解散。2003年中華職棒4球團與那魯灣公司簽訂合併協定書，台灣大聯盟原有的4支球隊裁併為第一金剛與那魯灣太陽（後為誠泰太陽），加入中華職棒聯盟，2004年第一金剛轉讓給La new企業，名為La New熊，誠泰太陽則由贊助商誠泰銀行另外設立誠宇育樂公司經營，並更名為誠泰COBRAS。2007年，原本誠泰COBRAS計畫再度轉手，並改名為九禾龍，但由於其他球隊多表示不同意而作罷。2008年，誠泰COBRAS由賽亞科技接手，隊名改為“米迪亞暴龍”。2008年球季開打前，統一獅配合統一集團更名為統一7-ELEVEn獅。2008年10月23日，米迪亞暴龍因涉入簽賭事件遭中華職棒除名。2008年11月11日，中信鯨宣布解散。2012年，義联集團買下興農牛隊，改名為義大犀牛隊並將主場遷至高雄。
中華職棒目前有4支球隊，分別為兄弟象、統一7-ELEVEn獅、義大犀牛和Lamigo桃猿。
雖然中華職棒是台灣成立最早、歷史最悠久且是現存唯一的職業棒球聯盟，但仍存在許多相當不合理的制度和規劃，諸如領隊會議、讓渡制度等等。
沒有保障的球員契約。在中華職棒中球員沒有任何的保障，球員進入某球團之後等於簽下賣身契，月薪只能聽從球團隨時波動，然而運動員本身職業生命就較短暫，中華職棒早期球員高薪月薪可領30至50萬元，且可打到35歲以上，而現在的球員20萬元即可稱為高薪球員，不但月薪大幅減少，更因為球團種種原因造成許多球員約30歲即面臨退休或離隊的窘境。一些球團甚至可以無簽約金月薪3萬的方式剝削部分新進年輕新秀，更有著看成績補發籤約金的荒謬態度，完全不尊重球員應有的基本待遇。這些球團小格局經營卻要各隊按自己規則走，阻擋自由球員制度的建立，球員勞方完全受資方壓制，無法以自由市場機制引導職棒。
由於中華職棒的球員工會目前停止運作，沒有工會的約束力球團可隨時將隊中球員釋出。被釋出的球員在表面上有讓渡制度可讓他們有機會可以去找尋找是否新球團願意網羅，但中職的讓渡制度只有120小時的時間讓球員尋找新球團。若該被讓渡球員在120小時期限超過後仍無新球團接納，原隊可逕行解除和該球員的契約關係，另外該球員不得加入其他球隊，若還想繼續打中華職棒，必須等到隔年下半季開始之日一年之後，重新加入原母隊。
中華職棒目前仍無自由球員制度，球員如想換隊發展必須先取得離隊同意書，否則無法換隊，但是即使有離隊同意書，也可能基於各隊領隊默契而被永久封殺。而中華職棒工會在月前復工，希望保障球員的所有權利。
