由來
2001年5月，在上海普陀區志丹路和延長路交匯處的“志丹苑”建設工地施工過程中，發現地下古代遺蹟，經不斷考古勘探、文獻查證和全國專家論證，確認為上海元代水閘遺址，該遺址的分布面積、建築規模、建設方式、工藝技術等均超越了國內現有發掘展示的同類遺址，對研究上海城市發展和歷史演變、展示上海城市文化底蘊具有重要價值。為了保護好這一重要遺址，上海在做好遺址發掘的同時，積極推進上海元代水閘遺址博物館的建設。
遺址論證
上海元代水閘遺址博物館在論證會上，專家們根據水閘現場發掘出來的石板、木頭、元代文字―――八思巴文等遺物及文獻記載，證實水閘為元代古遺址，距今700多年。水閘是在宋代水閘營造的基礎上，在長江三角洲這一特殊地貌情況下建造的，因此在中國水利工程發展史上有著極其重要的地位。同時，它又是長江口海岸水利工程的重要標誌，從閘門到駁岸、外牆、固水的石面構造、用材，都可堪稱是此類水利工程的先驅。
前期申報
上海自2001年起共投入近6000萬元，用於遺址的初期發掘及深化論證。在此基礎上，2009年1月上海市發展和改革委員會批覆同意可上海元代水閘遺址博物館項目的可行性研究報告。之後，上海元代水閘遺址博物館籌建處成立，並於同年上半年完成紅線規劃調整以及設計方案規劃、建設規劃、土地、衛生、綠化等多項審批工作。同年8月，上海元代水閘遺址博物館項目的初步設計報經上海市城鄉建設和交通委員會批准後，該項目建設於同年11月3日正式開工。
建築構思
權威專家組成了“博物館建築設計方案評審組”，多次召開專家論證會，經過三次大幅度修改和設計，才最終確定。由於場地狹窄，遺址博物館的總體設計將結合四周已建成的住宅建築，平面呈格尾形是取材於開挖出的連線石塊的鐵隼的形態，中部空間呈半敞開形式，設計注重生態和節能舉措，不僅設有人工空調，且設立自然通風系統，使地下博物館的空間具有自然通風的活力。現有的博物館都是將文物搬離發掘地，移至館內陳列。而遺址博物館必須在文物發掘原址，按發掘原狀，“原汁原味”地展示，也就是說，在7米深的大坑上，建造一個中央沒有柱子的建築“頂蓋”，把水工建築作為一個整體文物呈現給觀眾，既揭示元代水閘的全貌，又使人看到發掘的現場及過程。屋頂採用玻璃，擬將天光引入地下，玻璃為折線形，隱喻水閘下的涓涓流水。設計除體現現代化的技術外，還非常注意具有元代文脈的特色，在中間僅有的兩根漂亮立柱上，塑以元代成吉思汗弓弩的抽象形式，以體現水閘遺址博物館的元代文脈形象。
挖掘保護
上海元代水閘遺址博物館作用價值
該處遺址發現於2001年5月，歷經多次發掘整理，於2006年完整揭露遺址全貌。上海博物館館長陳燮君認為，這一考古發現，為了解古代水利建造的工程技術流程提供了直接依據，對研究中國古代水利工程，特別是宋元時期江南地區的水利工程、吳淞江流域的歷史變遷、長三角地區的經濟成長等，都具有非常重要的科學價值。上海元代水閘遺址博物館的建成對於在城市中進行的考古發掘、遺址保護具有示範作用，它體現了將文化遺產保護與城市建設和諧相融、互相促進的科學發展觀，對於探尋、保存、弘揚上海的城市歷史文脈和城市精神有著極其重要的意義。
參觀信息
票務信息
建成後的上海元代水閘遺址博物館將由上海市歷史博物館管理，具體如下：實行免費不免票制度，博物館將印製統一參觀券，參觀券主要包括以下信息：參觀時間、地點、交通和參觀須知。
散客參觀，憑身份證、軍官證、護照、學生證、社保卡等有效證件當場領票參觀。一名成年人可帶一名尚無學生證的兒童入場。
10人以上團體參觀需提前2天預約，博物館為10人以上團體提供免費講解服務。
現役軍人、殘疾人、70歲以上的老年人憑證件可優先入館。
