作為使者的一山一寧，剛踏上日本九州博多的土地，即為當時鎌倉幕府的執權北條貞時軟禁於伊豆國（今靜岡縣）的修禪寺。日本朝野人士對此議論紛紛，規勸貞時：“沙門者，福田也……在元國，元之福也。在我邦，我之福也”。貞時原本就崇奉禪宗，一寧則是著名的禪師，因而也就順應眾議改變決定，任一寧為建長寺住持。三年後遷於圓覺寺，在職二年，又回建長寺，後曾一度出主淨智寺。關於一寧的日本之行，虎關師練在日本德治三年（1307年）時有這樣一段記載：“伏念堂上和尚（一寧）往已亥歲，自大元國來我和域，象駕僑寓於京師，京之士庶奔波瞻禮，騰沓系途，惟恐其後。公卿大臣未必悉傾於禪學，逮聞師之西來，皆曰大元名衲過於都下，我輩盍一偷眼其德貌乎！花軒玉驄，嘶驚輶馳，盡出於城郊，見者如堵，京洛一時之壯觀也”。一寧博學多才，精通諸子百家之學，又工書法，交遊十分廣泛。日本正和二年，也就是元仁宗皇慶二年（1313年），後宇多法皇下詔關東，邀請一寧入京主持南禪寺，親詢法要。自此，一寧的禪法大行，朝廷官員、貴族及僧俗信徒等，紛紛前來參禪問道。後以老病，屢請退隱，乃潛遁越州。法皇特下書，慰諭使歸。不久，一寧日本之行的腳步終於盡步—文保元年（1317年）。年已七十一歲的一寧遺書於後宇多法皇，留下了“橫行一世，佛祖欽氣，箭既離弦，虛空落地”的偈語，泊然而化。一寧死後，後宇多法皇賜謚“一山國師妙慈弘濟大師”之號，簡稱“一山國師”。又敕將其塔建於龜山上皇廟側，並親撰“宋地萬人傑，本朝一國師”像贊，以示懷念之情。
一寧訪日，闡明朝廷修復中日睦鄰友好本意，結束了當時中日之間的戰爭狀態。他留居日本近二十年，為日本佛教界造就了一大批頗有影響的人才。木宮泰彥評論說：“……固高僧也。來日之後，在鎌倉、京都張法筵，前後凡二十年。上下之尊信極篤，所住之處，縉紳士庶之隨喜者，門庭如市。其及於日本精神界之影響極著。弘安以來，幾乎斷絕之中國留學，所以能再盛者，全由一寧刺戟而成”。一寧在日所傳禪學法系，為古代日本禪宗二十四個流派之一，號“一山派”。主要弟子有龍山德見、雪村友梅、無著良緣、無相良真、無惑良欽、蒿山居中、東林友丘等。其中雪村友梅最為出名，門下約占一山派的八成。雪村友梅等人及他們的門徒雪溪支山、太清宗渭和太白真玄、萬里集九、季瓊真蕊等都是室町時期五山禪林中的活躍人物。這些人中有許多曾入元尋師求法，禮拜祖庭。歸國後各化一方，為中日文化交流作出了巨大的貢獻。民國十四年（1925年），我國太虛法師、道階法師、王一亭居士等二十二人，於日本參加東亞佛教大會之時，並為一山一寧建立了紀念碑。
