《黃飛鴻之西域雄師》故事梗概：清末民初，廣東省民團總教練黃飛鴻(李連杰飾)在廣州設立寶芝林醫館，與一班弟子鋤強扶弱，發揚中華武術。其弟子牙擦蘇(陳國邦飾)亦於舊金山開設分館，圖將中華國術發揚海外。飛鴻為視察分館業務並順道探望阿蘇，決定與十三姨(關芝琳飾)及弟子鬼腳七(熊欣欣飾)遠赴舊金山一行。
一行三人初抵西域，便遇上連番事故，首先是在途中救起迷途沙漠的西部牛仔Billy，並與之結成好友，接著是遇上不明印第安人的襲擊，飛鴻為救十三姨而墮下河流，頭部受到撞擊而失去記憶。幸好飛鴻及時為印第安人飛鷹族所救，與族人們在草原上過著遊牧的生活，且與族中少女產生感情。而十三姨，阿七及阿蘇四處尋找飛鴻不果，卻遇上自私專橫的西部鎮長，眼見中華同胞備受壓迫，但因飛鴻下落不明而不敢莽動。
在一次飛鷹族與另一部族紅毛族戰鬥中，飛鴻逐漸拾回記憶，大顯身手，擊退紅毛族，成為大英雄，而恢復記憶的飛鴻亦離開印第安人，在鎮上與十三姨等會合。
西部鎮長勾結馬賊及銀行行長，洗劫小鎮銀行，馬賊首領更槍殺銀行行長滅口；另一方面，鎮長買通漢奸將部份贓款偷偷放入寶芝林醫館內，以圖插贓嫁禍飛鴻等人。飛鴻為免禍及無辜，惟有與寶芝林內各人認罪。當飛鴻，阿蘇，十三姨，鬼腳七及Billy等人被問吊之際，洗劫銀行之馬賊亦正進入小鎮準備血洗小鎮，原來貪心怕死的鎮長亦出賣了馬賊，獨吞大量贓款，為了保護中國同胞的安全以及還自己的清白，飛鴻惟有出手，以中國武術大戰西域槍手……
