內容簡介
《飛越顛峰》第一話 呀！我和姐姐都是駕駛員！？
第二話 不敵！天才少女之挑戰
第三話 初戀的心跳、初次的出擊
第四話 發進！！未完成的最終兵器！
第五話 請求！！給愛時間！
最終話 在無盡潮流的邊緣
宇宙怪獸，多來自銀河系外的行星，它們生性兇殘暴戾，使所有良善生物的天敵。它們有一個共同野心，就是要侵占地球。其實它們根本不需要到地球，在別處也能得到所需能源，但既然它們已看上地球，地球人便成為它們的障礙物，所以要將人類趕盡殺絕。在它們眼中，地球人只是一堆垃圾。
2015年12月19日，高谷典子的父親、超光速宇宙戰艦艦長的艦隊在距地球12000光年的空域遭宇宙怪獸襲擊，536名乘員遇難，只有47人奇蹟般生還。日後的太田教練是由於高谷提督讓出自己的位置才生還的，而提督本人留在了旗艦“宇宙號”上。由於高谷典子心目中還認為父親還活在宇宙的某個角落，因此上了帝國宇宙軍附屬沖繩女子宇宙高等學校，準備成為太空人，去太空尋找父親。
2021年，在沖繩女子高等宇宙學校，典子和赤井紀美子是一對好友。典子對運動較在行，但操作機械方面就比較差了，也因此遭到同學嘲笑。不過這裡也有成績優秀的學姐天野霞關心著典子。進軍宇宙的兩名代表被選出，一個是三年級的優秀學員天野霞，另一個竟出人意料的是一年級的典子！此時，典子才聽說教練就是父親艦上的生還者之一，還是一個關係人類生死存亡的計畫的負責人，並且頭一次聽到buster machine這個名字。被說為因為父親是高谷提督所以才能去宇宙的典子，受到三年級的立花的挑戰。認識到自己的責任重大的典子，在教練的鼓勵和指導下，進行了特訓，終於顯示了自己的實力。只學習了一個月的典子，戰勝了立花，也贏得了立花和天野霞的另眼看待。在同學的祝福中，典子、田野霞、教練三人踏上了旅途。
三人來到銀星衛星，他們將成為新造戰艦EXELION的成員。7個月才能後完成並出發的巨大的藍色戰艦EXELION是世界各國為對付宇宙怪獸共同建造的，在這裡，典子和霞認識了來自蘇聯（GAINAX難道認為蘇聯會重建嗎？）的天才駕駛員珍優古。優古和同樣是天才的霞不知不覺中成了競爭對手，並進行宇宙戰的較量。但二人實力旗鼓相當，並沒分出勝負，但因此無意中見到了宇宙怪獸的殘骸。此時，典子頭一次有了父親已經遠去的感覺。
由於發現有不明物體以光速的99.8%的速度朝太陽系直飛過來，太田教練提出用肉眼確認。典子和霞被選中乘坐加速器與教練一起調查該物體，整個行動時間定為10分鐘（包括加、減速）。由於速度接近光速，根據相對論，時間的流逝產生變化，那裡一分鐘是地球三個月，因此時間上絕對不能出差錯。
沒想到不明物體就是6年前典子父親的旗艦“宇宙號”！典子觸景生情，不顧教練阻撓進入艦內企圖找到父親，但卻看到被破壞的內部。幻想破滅的典子失去了信心，所幸被教練冒險進入戰艦強行帶出。
由於典子的行動，減速開始的時間慢了12秒。回到銀星衛星時，地球已過了6個多月，EXELION已經完成，一周后即將開始舉行進宙式。
EXELION進行亞空間飛行時，典子在遊戲時認識了史密斯並嘗到了初戀的滋味。在V64區，EXELION發現了宇宙怪獸的蹤跡並展開戰鬥，但也受到了損失，史密斯出擊後就再也沒有回來。典子為沒能幫到史密斯而傷心,終於明白自己的實力還不夠，她下決心要讓天野霞對她完全改觀。於是，教練對典子進行了適應GunBuster（鋼巴斯塔）的新式訓練。但此時典子還沒有克服因失去史密斯而產生的對太空的恐懼。
2023年4月23日，EXELION即將完成任務。在距地球軌道還有不到20分時，最意想不到的事發生了，EXELION在亞空間受到不知從何而來的攻擊。損傷嚴重的EXELION不能繼續維持亞空間飛行，只得脫出，卻發現無數宇宙怪獸早已等待多時。被敵人包圍的EXELION處境危險，部隊損失很大，此時典子終於鼓起勇氣登上了未完成的最終兵器Gunbuster，為大家的命運而決戰!“教練果然沒有看錯人！”田代艦長如此評價典子。努力的結果終於有了回報，在有限時間內典子只用buster beam便消滅大量敵人。最後敵人大型戰艦刺穿了Gunbuster,而Gunbuster用電擊摧毀了大型戰艦。爆炸過後，巨大的Gunbaster仍然屹立於宇宙之中。（有點像EVA中用N2爆雷轟炸第三使徒和初號機在使徒自爆後的情景，看來這是GAINAX慣用的手法了。）EXELION終於在Gunbuster的保護下勝利返航。
2032年7月31日（由於EXELION也使用近似光速的速度，因此地球上已過去了11年），典子和霞兩人終於在沖繩女子宇宙高等學校取得了畢業證書。對於他人那是遲到的畢業典禮，而對於典子來說，只上了四個月就畢業了。樂觀的典子認為17歲（戶籍上是27歲）就畢業，在人生上賺了不少。地球上11年間已產生了許多變化，立花已成為宇宙學校的老師，而典子的好友紀美子也結婚了，還有了已經3歲的可愛女兒高美。
2032年8月6日4時15分，天琴座3-26發現怪獸大軍團，數目之多，使宇宙中只見一團烏黑。6時20分，軍令部召開緊急會議思考對策。此時，田野霞因教練沒有接受自己的愛的告白而氣憤、沮喪。“現在人類正遭受自出現後最大的危機！”原來太田教練這時早已不顧自己受宇宙放射線感染的身體，只是在考慮人類的未來。他對典子說出了一段著名的話：“你和霞分開只是‘火’，而兩人合在一起就是‘炎’。成為火焰的Gunbuster是無敵的！”教練心中其實是深愛天野霞的，但他自知命不久矣，不願讓霞傷心。而霞卻早知道了此事，也因此在內心深處悲痛萬分。
帝都東京，地球防衛廳正召開緊急對策會議。由於新戰艦“埃魯塔尼姆”只完成16%，不能出擊，高官們一籌莫展。太田中校突然闖入，提出了自己的作戰計畫：由Gunbuster護送成為廢艦的EXELION進入敵人中心，放下緩衝器，讓進行亞空間飛行的陷縮爐（也有譯為“縮退爐”的）無限制運轉。依據波依特效應，在2分40秒後產生人工黑洞，可將數億敵人連同雷王星（假想的太陽系第十行星）一起吞噬。
2032年8月15日，典子和霞分乘buster machine 1、2號從富士宇宙基地出發，在宇宙同EXELION匯合，沖向敵人中心。敵人仿佛也察覺了行動，進行著拚死抵抗。戰鬥中，地球時間過了半年，一向沉穩的霞由於心愛的教練可能活不了半年，再也見不到了而喪失鬥志。典子鼓勵著霞，說出了教練內心中的矛盾，讓霞振作起來，不要讓教練賭在她們和Gunbuster身上的半年浪費。“在這六個月做給你看，為了你。而且這也是和你過相同時間的唯一辦法。”霞心中呼喊著，重新振作起來。二人的戰機合體為Gunbuster,在數億敵人中穿梭自如。“大家的未來，我們的未來，用這Gunbuster做給你們看！”完成後的Gunbuster,果然如教練所說，是無敵的！（一炮打掉幾千敵人，兩萬敵人的炮火可以用buster shield擋掉，真是現代的神話。）EXELION終於到達中心部，成功產生黑洞吸入99.8%的敵人，預計衝擊波六個月後到達地球。“這次總算得救了！”返航後，霞在箱根宇宙軍病院見到了還健在的太田教練，二人終於擁抱在一起。
15年後，2048年5月22日，沖繩。在“太田浩一郎”的墓前，被稱作“太田中校”的霞又見到了立花（此時已是校長了），即將出發去宇宙的霞受到了學生的祝福。由於在雷王星引起了60秒的超重力崩潰，所以吞沒了三顆行星，地球也受到超重力衝擊波的影響，但總算幸運的保存了下來。但這次宇宙怪獸傾巢出動，人類便放棄逃離地球的計畫，而採用了將宇宙怪獸的巢連同銀河系中心一起吞沒的“卡魯尼亞德斯”計畫。“但人類是否有那個權力呢？是要將銀河系全部破壞啊！”“不這樣人類會毀滅的！”以上的對話顯示了不同的意見，但人類還是要為活下去而努力的。霞將擔任輸送buster machine 3號（B.H爆彈）的工作。buster戰機3號也就是黑洞炸彈，以木星作為質量核心，加裝陷縮爐，一旦無限制陷縮，威力將比EXELION更為恐怖。
同日，艦隊正向銀河系中心前進，只等與主力--buster machine 3匯合。全長超過70KM的旗艦“埃魯特尼姆”仍由田代擔任艦長,典子與優古也在艦上（對他們來說，只過了半年）。buster 3號穿越亞空間到達，霞又見到了典子。
“卡魯尼亞德斯”計畫進入最後階段，90分鐘後，buster 3號核心的木星將開始第二次陷縮，而開始後56分32秒內要死守、防止本體破壞。第三次陷縮開始的同時，全艦開始長距離亞空間飛行，脫離戰場、逃往獵戶座，然後作戰便告終結。關係到人類存亡的作戰，一定要勝利！“讓你們看到被追到窮途的人會做什麼！”
優古將乘坐buster 2號的機會讓給了霞，這樣霞又和典子在一起了。敵人已經聚集了80億之多。“距離這么近，它們無法做亞空間飛行而來，12分鐘之差，我們贏了！”“這就叫做奇蹟。”田代艦長和副艦長話音剛落，就出現了重力震動。敵人集團進入亞空間！敵人好像發現了黑洞炸彈，自殺隊直接向炸彈撞去。“埃魯特尼姆”將防禦罩開到最大抵禦了第一波衝擊（有些類似《不可思議的海之藍莉亞》中“發掘戰艦”對“紅色諾亞”之戰，畢竟那也是GAINAX的作品。），可是敵人仍然接踵而來。“不論多少犧牲，死守住本體！還有22分鐘”在接下來的22分鐘內，經歷了慘烈的戰鬥，戰艦大破.轟沉1700艘，中破4500艘，戰機損失22800艘，但Gunbuster、buster 3健在，艦隊連“埃魯特尼姆”在內剩餘2562艘。
“人類賭上一切居然會如此！神及佛不存在嗎？”由於質量不足，控制器只發動了98%，不在中心部啟動連鎖陷縮，是不會爆炸的。“只是上天拋棄了我們而已。”副艦長感嘆道。奇蹟並未發生...
“不！奇蹟會發生，會讓它發生！”典子決定用buster 1號的大型陷縮爐引爆。田代艦長反對：“我不能用有人乘坐的東西作為引火線！等送來無人機以後再說...”“可那在敵人主力來到後會被破壞的！”典子還是沖向buster 3號。這是，霞的buster 2號與1號合體了。“這樣陷縮爐就有兩個，剩下一個就能回地球了！”
敵主力到達前8分，敵人在第14波攻擊後平靜下來，下次攻擊將是超過120億的數量。Gunbuser已到達buster 3號內部的木星表面，那裡的溫度6000攝氏度、外壓10546TPM的環境，連量產的希斯拉都無法承受，而Gunbuster的武器也會失效。“我們並不是要去死的，不是自殺的。”霞勸走了駕駛希斯拉.黑的優古。“只要活著，就會有明天。”儘管知道從這裡回去也會經過不知多少年，典子還是充滿自信地對優古說：“我一定會回去！”優古留著淚說道：“回來的話，我會向你說歡迎回來！”
木星中心部陷縮控制區，buster 1號的陷縮爐陷縮開始，終於突破臨界點，buster 3第三次陷縮終於開始！Gunbuster使用2號機的動力脫離。艦隊進入長距離亞空間飛行，脫離戰場。黑洞炸彈爆發了...
“不管多少年，我們都會等。一定要回來！”
1萬2千年後，14292年7月6日，破損嚴重的Gunbuser重新出現在宇宙中。“人類呢？看不見燈光...”望著黑洞洞的地球，典子發問。霞傷心地輕輕說：“果然人類是毀滅了！”正在哀嘆的時候，地球上的燈光突然亮了起來，並組成了字：“歡迎回來！”
“回來了，我們！”“謝謝你，Gunbuster！再見了！”霞和典子告別了Gunbuster，乘坐球形艙向地球飛去。地球上，新的一天開始了...
