分集介紹
第一集
明朝。嘉靖37年。
江南淳安縣儒生葉江東被他的同窗、吏部侍郎公子趙西樵強邀至家中喝酒，席間，一紅衣女子向他眉目傳情。趙西樵要葉江東在女郎彈奏一曲之間為賦詩一首，否則罰酒三觥。葉江東詩成，人卻還是被趙灌得大醉。夜半醒來，他驚訝地發現自己竟睡在紅衣女郎的身邊，而更也驚駭的是女郎已死！他恐懼萬分，倉皇逃離鄢府，直奔入學宮，求救於他的老師、縣學教諭海瑞。
海瑞一向器重葉江東，深信自己的學生不會淪為殺人犯。但縣令戴飛龍一來迫於侍郎府的威勢，二來也是對海瑞的耿介向來不滿，不僅派差役圍住學宮，強逼著海瑞交人，而且正式發出朱票，要求海瑞立即革除江東的秀才功名。海瑞認為這要求與情不順，與理不合，拒不照辦，親自陪同葉江東到縣衙投案，好心提醒戴縣令，一定要仔細調查，稟公而斷。戴飛龍見海瑞到了這種時候還如此強硬，十分之惱火。
戴飛龍之弟戴鳳翔也是海瑞的學生，見自己的兄長與自己的恩師發生衝突，非常難過和擔心。
第二集
縣衙公堂。戴縣令輕信趙西樵及其家人的一面之詞，又因趙侍郎派人催促，急於結案，遂嚴刑拷打葉江東，下獄問成死罪。海瑞認為葉江東尚有功名在身，不當受此重刑，為學生擊鼓鳴冤，當堂把戴縣令問了個啞口無言。戴縣令惱羞成怒，將海瑞轟下公堂，糊塗結案。
海瑞不屈不撓，暗地查明情況，趁巡按徐階到訪學宮，當面狀告戴縣令枉法循私，草菅人命，荼毒斯文，目無法度。徐階開始並不在意，當了解到趙西樵之父仍是首輔嚴嵩的黨羽趙文華，他忽然對此案發生強烈的關注。根據海瑞提供的線索，他巧妙引導，終於揭出了趙西樵逼奸其父所買小妾不成，勒掐致死又定計嫁禍於人的真相，使葉生冤案得雪。
在海瑞的堅持之下，徐階將戴縣令當場革職查辦，但出於他自己的理由，終不肯將趙西樵就地正法，而是決定將其縛送進京，將案子移交給其父和嚴嵩處置。這引起海瑞對徐階的不滿，在送別酒宴上，他借獻詩當眾譏刺徐階。
第三集
除階回朝，門生張居正向他通報，嚴嵩已向皇上舉薦趙文華出任通政司。徐階與張居正訂計，以趙西樵一案作為籌碼，同嚴嵩討價還價。最後雙方議定：徐階不以此案影響趙文華的升遷，而嚴嵩則同意由張居正接任吏部之缺。嚴嵩誇讚徐階處事老到。徐階不僅欣然答應自己的長孫女許配嚴嵩的孫子，還拿出海瑞的詩，證明自己為顧全嚴嵩的面子遭人怨恨，嚴嵩對徐階更加感激。張居正趁機提出，海瑞是個人才，可加以籠絡，將其提升為淳安知縣以取代被免職的戴飛龍。嚴嵩只好勉強答應。
史部批文下達，戴飛龍羞憤交加，一病而亡。戴鳳翔極其悲痛，要回原籍。海瑞要他留在自己身邊做事，勸他以其兄為戒，今後做一個忠孝兩全的好官。但戴鳳翔終於還是走了。
海瑞上任，恰值其母壽日，鄉紳富戶為討好新縣令，商議為其母祝壽，被海瑞嚴詞拒絕。他當眾宣布了自己擬訂的《興革條例》，表示要革除迎來送往的弊端，減輕百姓負擔。眾人口裡稱讚，心中不信。正在這時，驛站來人報告：新任驛丞葉江東因執行海瑞的條例，被人吊起毒打！
第四集
海瑞帶人趕到驛站，放下葉江東。江東報告說：打人者自稱是胡總督的公子，他不僅不按規定拿出火票以換取供應，反而逞凶打人，現揚長而去。這時差役報告，有一位胡公子正在大鬧歌樓。
海瑞到場制止，這位公子爺根本沒把七品縣令放在眼裡，當面出言不遜，態度極傲慢無禮。海瑞大怒，認定是流氓冒名，將其鎖拿下獄。沒想到，了解的結果，這位還真是胡總督的獨生寶貝兒子！
海瑞最後決定，學習徐階的辦法，將鬍子痛打一頓之後，仍以“假公子”之名縛送總督胡宗憲處理，並將其財物沒收入庫。胡宗憲心中恨恨，但什麼也說不也來。
海瑞的好友、御史吳時來路過淳安，海瑞用自己督差役們種的菜蔬相待。談起趙西樵和胡公子這些人的惡行，海瑞深為這些子弟們的道德敗壞而憂慮。吳時來認為這是嚴嵩把持朝政的結果。這使海瑞初次了解到朝政腐敗，大為感慨。
吳時來京，決心寫奏本彈劾嚴嵩。他把寫好的奏章拿給自己的好友張居正看，請他轉告徐階，一同把嚴嵩搬倒。張居正不僅不答應，反而勸他打消念頭，免致殺身之禍，因為皇上正要修道，絕離不開寫得一手好青詞的嚴閣老。吳時來很失望，獨自冒死上奏。
第五集
嘉靖皇帝見到吳時來的本章，將信將疑，他召見徐階和嚴嵩，將本章擲給他們看。徐階只表示驚訝，不置可否。嚴嵩假意辭職，但哭著要求為皇上寫完最後一道青詞再走。皇帝因此而大怒，將吳時來逮下詔獄。回到後宮，皇帝再拿出奏表來看，越看越覺得有理，不禁為之嘆息。
貴妃正是嚴嵩的侄女，她很快將這一情況通報出宮。嚴蒿大驚，與同黨趙文華、鄢懋卿等密商，假詔處死吳時來，並查尋同黨，斬草除根。因吳御史事先已將來往書信全部燒毀，故海瑞僥倖得免。
訊息傳到江南，海瑞很為吳時來痛惜。但另一條訊息更引起他的注意：因江南倭寇作亂，皇帝批准嚴嵩的保奏，令趙文華提督江南，並以鄢懋為欽差，巡察各地鹽政，籌措軍費。葉江東等僚屬都認為：這將對海大人不利！海瑞卻認為只要自己行得正，不怕別人抓把柄，其奈我何？
第六集
葉江東向海瑞請準探親假，實際是便裝打扮，先行去打聽訊息。他了解到，鄢懋卿攜其妻出京，威風一路，沿途官員紛紛高接遠迎，送上財貨，也親眼看見鄢懋等一行作威作福的排場。他還看到，山東歷城縣縣令、有名的清官薛禮勤自持帳目清楚，不肯逢迎招待，竟被鄢懋卿捏造罪名，請出有權先斬後奏的上方寶劍，當場斬首。更使他吃驚的，是在鄢懋卿的隨從人員中，他發現了趙西樵！
葉江東急急趕回淳安，把情況報告給海瑞，請他早作準備，卻見鄢欽差的旗牌官已先一步到了淳安縣衙，正在為沒有人迎接他在那兒大發脾氣！
第七集
趙文華、胡宗憲這些人確實有預謀，要借鄢懋卿此行除去海瑞，起碼也要好好整一整他！海瑞知道了全部情況，反而更加坦然鎮定。他以“咆哮公堂”的罪名，先打了旗牌官一頓板子，然後把自己和他對鎖起來，去見欽差大人。
海瑞的這一反常舉動使得鄢懋卿等人反而不知如何處理。海瑞當眾陳述自己的理由，在眾官面前，鄢懋卿只好不追究他打旗牌的事，但決定下一步就巡察淳安縣。
海瑞隆重而簡單地招待了鄢欽差一行。當欽差和欽差夫人對招待表示不滿時，海瑞搬出了太祖皇帝欽定的官員接待標準，弄得鄢懋等人敢怒而不敢言。鄢懋卿假意詢問海瑞：自己還有什麼行為不符合太祖的遺訓？海瑞毫不客氣，將他一路的行為逐一批駁，還拿出算盤，算出行賄受賄的帳目，算得鄢懋卿一頭冷汗。
鄢懋卿再也不想在淳安待下去了，他決定一早就走。趙西樵慫恿夫人，改旱路走為水路走，要求海瑞支派民夫為他們的官船拉縴。海瑞剛說了一句眼下正值農，鄢懋卿就大發雷霆。海瑞思索之下，一口答應下來。
第八集
次日，拉縴的民夫按時到齊，官船緩緩開動。鄢懋卿正在得意，趙西樵跑來告訴他：拉縴的原來是縣衙的差役們，而領頭的竟是海瑞！這使得鄢欽差大為緊張。在海瑞說出一番不能傷農的大道理和親眼看見老百姓對海瑞的擁戴之後，他再也不敢讓堂堂縣令為自己拉縴，狼狽地轉道旱路而去。
鄢懋卿回京，首先拜訪嚴嵩，送上大批珍貴的禮物。嚴嵩因為這些天皇上對自己冷淡，正在憂慮，見鄢懋卿弄到大批銀子，忙上奏皇上，討其歡心。皇帝破例接見鄢懋卿，大加慰勉。鄢懋卿在應對中，趁機說了些海瑞的壞話。皇帝不置可否。嚴嵩告訴鄢懋卿，一個小縣官的事，不要在皇帝面前嚕嗦，叫吏部將他罷了就是。
皇帝召見徐階和張居正，核實鄢懋卿所談的情況。徐階揣摩到皇帝已不喜歡嚴嵩，趁機講了些嚴嵩賣官受賄、堵塞言路的實情，皇帝已動心只是下不了決心把嚴嵩拿掉。徐階建議皇帝：不必問人，可以問天。皇帝會意。徐階讓張居正馬上與黃太監定計，買通道士，借扶乩整倒嚴嵩。皇帝果然相信乩詞，決心將嚴嵩拿下來。
嚴嵩一面急向徐階求救，一面用更多的錢買通太監和道士為自己說話，但嘉靖皇帝決心已下，嚴嵩終於被迫告老，他的兒子和他的黨羽，包括趙文華、鄢懋卿和胡宗憲在內，都抓的抓，罷的罷，如冰山解體，頃刻瓦解。
海瑞接到貶官的命令，剛把老母和妻子送走，第二道任命接著傳來，調他進京任職，對嚴嵩等人的處理也傳到淳安，使海瑞重新燃起治國救民的希望之火。
第九集
海瑞攜全家來到京城，按規定，要先去向首相徐階報到，卻因為沒有送上“門包”，管家徐華拒不給他傳話，時間一天天拖下來，海瑞不能就任，一家人十分狼狽。最後，他用母親、妻子的首飾作為禮物給了徐府管家，才算見到了徐階。徐階勉勵海瑞好好做官，好好處事。海瑞趁機把徐華索要“門包”的事報告了徐階。徐階叫來徐華，當面大罵一頓，叫他把首飾立即退還海瑞。徐華因此恨透海瑞。
海瑞任職戶部雲南司主事，接觸到了政權中心。他發現，嚴嵩雖然倒了，朝政卻照樣沒有起色。尤其是皇帝一心修道，祈求長生，大興土木，弄得國庫空虛，連籌來準備解往邊境的軍餉都被一次次挪用。海瑞為此同他的主官爭論起來。他向徐階反映，徐階對他表示同情，卻勸他還是尊從皇帝的意思辦。已改任太子佐官的張居正則把解決問題的希望寄託於今後。只有退休的大學士楊最贊同他的意見，但楊最就因為諫阻大興土木，偌大年歲幾乎被活活打死。
海瑞激怒了！他看出，所有問題的癥結是在皇帝一人身上，要解決，只有改變皇帝的想法和做法。滿朝已有二十年無人敢於直言了，連楊最這樣的老臣都遭到延杖，自己一個小小七品主事，這樣做會引起什麼後果？意見又如何上達天聽？他不能不認真考慮。
第十集
這時，曾是海瑞學生的戴鳳翔中了進士，並任職通政司，有權將下級官吏奏章挑選上送。海瑞去找他，請他幫忙，甚至不惜跪下相求，戴鳳翔終於答應。
海瑞求見徐階。徐階正忙著為皇帝起草求仙的青詞，沒時間見他。海瑞只好把自己奏章的副本交徐華代轉。徐華故意將它壓下來，沒有及時轉交。
海瑞把自己的決定告訴了妻子。妻子堅決反對他這樣做。海瑞給妻子寫下休書，又編了個理由，讓人送母親回鄉。
自己買下棺木，下決心拚死上奏。但到了上奏之前，他發現，母親和妻子都沒有離他而去。他為之感動，也為之氣揚。
海瑞的“天下第一言事”奏章終於送到了皇帝手中。嘉靖皇帝被奏章中的大膽直言所激怒，連呼讓左右去抓此人，不要讓其逃掉。當了解到了海瑞市棺上奏的決心，皇帝反而不知該怎么處理才好。
第十一集
三天了，嘉靖皇帝還下不了決心如何處置海瑞。他召見徐階，徐階替海瑞說了好話。皇帝表示想讓位給太子，自己專心求長生，徐階表示反對。這事引起太子主要佐官高拱的不滿，連張居正也摸不透徐階的用意。他去請教徐階，徐階笑而不言，他胸中有數，知道皇帝服藥太多，已不久於人世。這時，傳來聖旨：海瑞下詔獄論罪。
已任職縣令的葉江東來京述職，找到戴鳳翔，讓他陪自己去看望老師。海瑞在獄中，對自己的兩個學生仍侃侃大談忠孝之道。戴鳳翔突然跪下，哭著說自己害了老師。海瑞卻說是他幫自己達到了人格完成。葉江東被海瑞深深感動，聽說刑部已上報皇帝，將海瑞論絞刑，他悲憤不已，對朝政徹底失望，竟掛冠而去。
嘉靖皇帝對刑部的奏議壓下遲遲未批。海瑞的母親和妻子到處托人，但沒有人敢出頭說話。海瑞的母親愛子心切，急得責怪媳婦。海瑞的妻子有苦難言。
第十二集
嘉靖皇帝更沉溺於學道，日夜服藥無度，終因服藥過多，一命歸西。徐階胸有成竹，從容安排後事，急召張居正，代嘉靖皇帝起草遺詔。戴鳳翔因此而知道了訊息。
海瑞在獄中，抱定殺身成仁的決心，當戴鳳翔提著酒肉來到獄中看望的時候，他以為自己死期已到，坦然飲酒吃肉。當聽戴鳳翔說，皇帝已歸天，他出獄有期時，海瑞突然大為悲慟，跪地痛哭，把吃的東西都嘔了出來。
徐階和張居正扶太子登基，將嘉靖遺詔公諸天下，代皇帝檢討了生前的一系列錯誤，並根據這一遺詔，作出撥亂反正的一系列決定，其中之一便是釋放海瑞。
隆慶即位，徐階繼任首輔，高拱也入閣。朝廷有了一種新的氣息。但高拱因為徐階只找張居正草詔而不找他，心中怨恨，暗地唆使御史齊康用徐階在遺詔中揭出的嘉靖皇帝的錯誤_迷信長生，大興土木_反過來追究當時首輔徐階的責任，並涉及到徐階子弟的不法行為。徐階在猛烈攻擊之下，要求告老。皇帝交百官議論。大臣們不知聖意，都含糊其詞。只有剛重新入朝的海瑞，替徐階說了公道話，激烈抨擊齊康與高拱結黨營私，擾亂朝政。因而與高拱也結下了仇。
皇帝批准徐階退休，讓張居正入閣。徐階回鄉之日，張居正和海瑞前來送行。談起當日海瑞的獻詩，徐階大有感慨。海瑞聽張居正縱談天下利弊及改革方法，與自己看法完全一致，引為知音。
張居正也佩服海瑞的耿介，認為治亂世當用烈藥。他連連保舉海瑞，海瑞在一年中升了三級，但由於高拱作怪，給的都是無關緊要的閒職！海瑞不得已，以辭職相要挾。
第十三集
皇帝召高拱和張居正討論海瑞的辭呈。張居正力主挽留。正值江南水患，隆慶皇帝便任命海瑞為欽差，巡撫應天八府。
高拱讓人轉交給海瑞一份從江南傳到京城的關於徐階子弟為非作歹的揭帖，暗示這才是海瑞該做的事。張居正則在勉勵海瑞在江南大膽實施“一條鞭法”的同時，托他給徐階帶去京城的鹹菜疙瘩“春不老”，用意不言自明。已升為御史的戴鳳翔由此提醒海瑞：江南的事大不好辦，寧可不辦，不可亂辦。
聽說海瑞要來，江南一些不法鄉紳和貪官污吏大為恐慌。他們忙於上下打點，銷毀證據。有的為了不引起海瑞注意，甚至將朱紅色的大門改塗成黑色，或是舉家外逃。只有告老的徐階，認為自己于海瑞有恩，對他的到來泰然自若。
海瑞輕車簡從上任，一路查訪民情。他了解到，百姓不僅苦於水患，也苦於鄉紳盤剝。一些大戶富戶，勾結官府，用高利貸和強奪的手段，兼併田地，使農民淪為佃戶。他們勢壓一方，無惡不作，其中就有徐階的兒子徐瑛和管家徐華。百姓還把他們的惡行編成歌謠傳唱。
海瑞路過華亭，上門拜訪徐階。徐階對他說江南民風刁頑，勸他要小心行事，要站在鄉紳一邊。
海瑞到任，從官吏們那裡聽到的情況和從民間聽來的相反，似乎一切都太平無事。他掛牌放告數日，門庭冷落，連一個告狀的也沒有。他制定的治河方案雖得到朝廷批准，款子也撥下來，似乎一切進展順利，但他想不到，這些工程款子又都悄悄轉到了徐大管家的手裡。
第十四集
治河工程終因偷工減料而造成缺口。海瑞為之震怒，親自訊問，偵得徐府與縣官勾結、包工盤剝的實情。這時，被徐瑛強搶霸占的民女彩雲也從府中偷跑出來，向海瑞哭訴了父親被徐瑛活活打死的冤情。海瑞查對府縣的門薄，發現所有告發徐府的記錄都被人抽掉了。而這時，有關他與徐階的關係的傳言正在百姓中不徑而走，甚至說他從京城給徐閣老帶來貴重的禮物。
海瑞憤怒了。他決心拿徐家開刀，借朝廷三尺法殺一儆百，推行新法。他用“敲山震虎”之計，先免了貪髒的縣令，抓了徐府的管家徐華，逼徐瑛離府外逃，又放出徐瑛已被拿獲的訊息，扣留了前來說情營救的徐階的二弟。此舉震動了江南。
海瑞的母親因媳婦生的是女孩，很不高興，逼著海瑞立即納妾，海瑞只好順從。
徐階借賀喜為名，親自上門說情。海瑞表示：只要徐府帶頭退田，人可以放回，但徐瑛一定要投案接受審判。
第十五集
徐階不得已，只好答應退田。海瑞遵守約定，放回徐府二老爺和管家徐華。誰知徐家玩的是假退田，他們讓讓佃戶逐個在退田清冊上打了手印，但佃戶如果要田契，還得交一筆“退田金”，比當初徐府強買田地時給的錢還要高一兩倍！佃戶們哪裡拿得出這么多的錢？於是佃戶們和徐管家發生爭吵，最後，憤怒的農民們打傷了徐華，並圍住徐府，痛罵官家和鄉紳合夥欺騙他們。
事情鬧大了。徐階一面叫家丁把好大門，誰也不許出去，一面授意知縣和知府，不要干預此事，讓事情鬧得越大越好。他倒要看海瑞如何應付。
事情發展到這一步，海瑞也有些吃驚。他親自帶兵解了徐府的圍，抓了鬧事百姓的頭兒，又進府看望徐階，給他壓驚。徐階不客氣地教訓了他一頓。海瑞受了一肚子氣。回去提審鬧事的農民，才盡知詳情。原來所謂“民風刁頑”的根子在於有這些刁頑的鄉紳！
這時，派去守護徐府的差役報告：徐瑛回府了！這小子可能認為風頭已經過去，海瑞已經服軟，竟不顧官府的通緝令，就這么大搖大擺地回來了。
海瑞乾脆將計就計，讓人給徐瑛帶話，說要判處鬧事的佃農，同時把徐瑛的案子來個了結，請徐家派人監審。徐瑛聽到這一訊息，未通報徐階，就自作主張，和徐華一起，坐著轎子到了巡按衙門。海瑞升堂，將鬧事農民稍加責罰就予以釋放，卻把徐瑛和徐華押入大獄。
跟著趕到衙門的徐階想要制止，但還是晚了一步。
第十六集
徐階求海瑞放了他的小兒子，海瑞表示要依法行事。徐階表示願帶頭退田換兒子的命，海瑞說，田要退、法也要執行。徐階有意提起當年他對海瑞的栽培和救命之恩，海瑞仍不鬆口。徐階氣得當場昏了過去。
海瑞的舉動引起圍觀百姓的歡呼，都稱海瑞是“活包公”“海青天”。這時，疏浚後的吳淞江開始通水，百姓今後不用再擔心水旱災害了。
這些訊息全傳到京城，而徐階的二弟押著三萬兩銀子也同時來到。他是來活動最高層人物的，目的就是把海瑞搬倒。
張居正和高拱派戴鳳翔趕到了江南。戴鳳翔看到的情況是：百姓告鄉紳的狀紙堆積如山，真的假的都有，根本處理不過來。過往官吏抱怨到江南處處不方便了。鄉紳們也都切齒痛罵海瑞。百姓則把海瑞當神來供，給他燒香，說他是“海龍王”，“龍王一到，雨順風調”。海瑞對出現的這些情況既興奮又頭疼，但堅信這一切很決可以理順。他的計畫是徹底把“一條鞭法”在江南推行開，不出三年，民可以無凍餓之憂，而朝廷之稅收自然也可充盈。他對前途仍充滿著信心。他托戴御史回京，如實上奏。並請求在處理徐瑛的問題上，內閣重臣們能給予他支持。
戴鳳翔回京，發現朝廷大老們全都站在了反對海瑞一邊，連皇帝耳邊聽到的也全都是海瑞的壞話。在這種壓力和高拱的暗示下，戴鳳翔寫出了完全否定海瑞的報告，帶頭彈劾海瑞“庇護刁民，魚肉鄉紳，沽名亂政”。他知道這樣做對不起海瑞，可除了這樣做，他又有什麼選擇呢？
第十七集
海瑞等待朝廷的批覆，久等不來，傳來的都是壞訊息。他心情十分煩燥。這時，家庭又發生變故。由於不堪婆母的冷淡，海瑞的夫人服毒自殺，而海瑞的妾因為受到海瑞的責備，也在當晚自縊而亡。
這件事又成了眾人攻擊海瑞的藉口。他被說成是一個怪異的變態者，不合常情的瘋子，不然，何以妻妾同時死在同一天？
皇帝原還想對海瑞換個位置讓他發揮作用。這一來，只好同意高拱這些人的建議，把他降級，調一個最閒的差事讓他乾，高拱卻連這樣的閒差也不肯給他，讓吏部搞了個“並職”的把戲，存心羞辱海瑞。海瑞在這種情況下，只有要求退休。他以為無論如何也會有人替他講句公道活，誰知道，本章一上，馬上批准。
海瑞同押旨前來的戴鳳翔辦理交接。他表示並不太在意個人去留，關心的是，能不能把他開始做，而且認為該做的事做完。但他看到，隨著他交權，徐瑛馬上被無罪釋放，已退給農民的田被重新收回，鄉紳們彈冠相慶，受冤者無助痛哭……他完全失望了！在留給張居正的信中，他為自己所做的事辯護，痛責“滿朝諸公，盡婦人也！”但這又有什麼用？
在百姓的哭聲中，海瑞黯然掉頭，踏上遙遙歸路。
海瑞的信在朝廷引起大嘩。連張居正也認為他太過分了。但他利用海瑞的信，在皇帝面前巧妙地參了高拱一本，使高拱丟失了相位。
數年後，皇帝以英年突然駕崩，張居正成為小皇帝完全信賴和依靠的首輔重臣，現在，他可以放手從事他的新政了。主掌吏部的戴鳳翔因事去廣東視察，張居正突然向他問起海瑞。戴鳳翔猜度首輔的意圖，決定轉道海南，去看一看這個閒居的老臣。
海瑞在自己的草舍里接待了遠道來的客人。母親去世後，他一個人孤獨而清貧地生活著，但草屋的牆上，懸掛的仍是他手書的“忠孝”兩個大字，他對朝政仍十分關心，拋去他同舊日學生的恩恩怨怨，他問皇帝的起居，問首輔的健康，問新法的實行情況，最後，他把剛編定印出的自己的文集送給戴鳳翔，還請他給首輔張先生捎去一本，同時附去一封辭意懇切的信，期望還能有為朝廷效命的一天。
第十八集
海瑞等來的，不是朝廷的任命書，而是張居正用那龍飛鳳舞的草字給他的一封客客氣氣的回信。張居正表示，新政正在推行之中，他很忙，但還是瀏覽了海瑞的文集，他很佩服海瑞的至忠至孝，一直慚愧自己沒有魄力起用象海瑞這樣的能臣.但他會把海瑞等人的理想逐步加以實現的。實際上，他等於是拒絕了海瑞。極度失望的海瑞面對茫茫大海，遙望京城，不知當笑還是當哭。
十五年後，隨著權傾一時的張居正病故，一個訊息使朝野震動了：萬曆皇帝重新起用已經七十二歲的海瑞，而且他已經到了南京，將出任都御史的職務。
海瑞真的又回來了！他舊日的學生和屬僚、歸隱多年的葉江東特地趕來看望老師。海瑞憤憤地向他談起官場風氣的腐敗和官員們的腐化，葉江東驚諤的是：這些使海瑞感到不可容忍的事，在今日官場其實早已司空見慣。葉江東陪海瑞便服出遊，他們聽到百姓在紛紛傳說海瑞的重新出山，把一切希望全寄托在海瑞身上。在陪海瑞赴某御史的家宴時，人家為歡迎他，特地召來戲班助興，海瑞卻大發脾氣，說人家違背了太祖皇帝的遺訓，應該打板子。鬧得大家都不高興，葉江東只好將海瑞連拉帶勸地弄走。
海瑞不聽葉江東的勸告，給皇帝上了一道言詞激烈的奏章，要求以嚴厲的手段懲治腐敗，凡貪污八十貫以上者，都應該處以剝皮塞草的極刑！同時，他開始著手進行調查，受理百姓的上告。這使得滿朝官員大為恐慌。如果按海瑞的辦法，朝堂上還有可以立足的人嗎？
皇帝制止了百官對海瑞的交相攻擊，充分肯定海瑞節操可嘉，駁回了御史們要求海瑞離職的請求，但同時給了海瑞“迂戇”的評價，同意他“當局任事，恐非所長”，實際上否決了海瑞的意見。
海瑞完全失望了。他一再請求辭職，皇帝都不批准，因為他不想擔一個昏君的惡名。海瑞被冷凍起來，完全不起任何作用什麼事也不讓他管，什麼人也不同他來往，就在這種處境下，這個孤獨的老人悄悄死於南京任上。
戴鳳翔奉命辦理海瑞的事，他來到海瑞的官署，見到了葉江東，也看到自已的老師、這位朝廷正二品大員的清貧：破藤箱裡只有十兩銀子，連辦後事都不夠！他為之下淚，發起為海公募捐。連許多在海瑞生前攻擊過他的人也返過來讚揚他的品格，皇帝也為他加封太子太保——因為反正現在他對任何人都不構成威脅了。
海瑞的靈樞按他的遺囑，用船運回海南。扶樞的葉江東在艙中聽到隆隆的響聲，象打雷一樣，他走出艙，發現兩岸象突然下了一場大雪，一片白，原來是百姓們自發披麻戴孝，祭送海公，那雷聲就是哭聲。他含著淚，喃喃地呼喚著：老師，您看見了嗎？您聽見了嗎？
以海瑞為襯景，出字幕：
“海瑞死後二百七十八年，因《海瑞罷官》一劇，幕被平，骨殖被毀。又十年，墓重修，永久供人憑弔。”
(全劇終)
