國內大事
1999年6月13日，教育部推出公共英語等級考試體系（簡稱PETS）。
麒麟概念車1999年6月13日，應哈爾濱市政府的邀請，卡拉米市市長艾薩克·馬蘭古率領該市政府代表團訪問了哈爾濱市，並參加了哈爾濱經濟貿易洽談會。在訪問期間，雙方簽署了《中國哈爾濱市與南非共和國卡拉米市關於加強友好合作與交流的會談紀要》，雙方一致同意建立友好城市關係。
1999年6月13日，由泛亞汽車設計出來的麒麟概念車在第8屆上海國際汽車展上亮相。
1999年6月13日，中共中央國務院發布《關於深化教育改革全面推進素質教育的決定》。
1999年6月13日至19日，全國各地在文化部的部署下開展了以“經營盜版違法，使用盜版有害”為主題的第一屆音像市場法制宣傳活動。文化部決定從1999年開始每年舉辦一次該活動，每一次的宣傳主題都不相同。
1999年6月13日，富康轎車獲得“1999全國汽車拉力賽”煙臺站2L組和S3組兩項冠軍。
1999年6月13日，湖南省常務副省長周伯華主持召開會議，專題研究近尾洲水電工程復工建設問題，確定五凌公司為近尾州水電工程的項目法人，接收並續建該項工程，工程所需資金由五凌公司籌措，並對該項工程制定了一些優惠政策。
1999年6月13日，重慶市團中央追授蘆振龍同志“全國優秀共青團員”榮譽稱號儀式在霧都賓館舉行，團中央書記處書記趙勇，市委常委邢元敏，團中央權益部副部長劉曉平及團市委、市公安局、高新區領導出席了大會，首屆“重慶市傑出青年衛士”代表、公安民警、武警戰士和西南政法大學的學生代表近400人參加了大會。
1999年6月13日上午，中共中央山東省團區委統戰部部長、自治區青聯秘書長廖偉福等人參加團中央組織的中國青年考察團，赴美國進行訪問。
1999年6月13日至15日，全國保護母親河行動領導小組專家組成員高賢棟、劉天柱、胡玉法（該項目專家組組長為高賢棟）對四川樂山項目的前期準備工作情況進行了考察。
1999年6月13日至18日，應韓國大田市市長洪善基的邀請，南京市體育代表團以市體委副主任舒建平為團長一行38人，對韓國大田市進行了友好訪問，並與大田廣域市少年女子籃球隊、少年男子擊劍隊、武術隊和保齡球隊進行了友誼比賽。
1999年6月13日，教育部召開各省市主管教育的副省長、市長和教育廳長參加的緊急會議，部署安排高校擴招工作。1999年最終擴大招生51萬人，增長幅度達47.4%。
1999年6月13日，湖北籍大學教師向春梅在臨終前志願捐角膜，成了深圳首例眼角膜捐贈者以來的近7年時間裡，深圳眼角膜捐贈的豐碑上，一共刻下了93個人的名字。他們的角膜前後被移植到206個人的眼睛裡。
1999年6月13日上午，時任中共中央政治局委員、書記處書記、中宣部部長丁關根等一行5人到人民日報網路版，就網路媒體發展問題進行調研，並發表重要講話，稱讚“人民日報在網路版上是下了很大的工夫，做出了很好的成績，而且還有繼續往前走的雄心”。
1999年6月13日，全國政協副主席楊汝岱抵柳檢查指導工作。
1999年6月13日，“99反假幣宣傳周”活動在全國範圍內拉開序幕。宣傳周的第一天，記者就這次宣傳周活動及反假貨幣工作相關問題採訪了國務院反假貨幣工作聯席會議辦公室負責人。
國際大事
1999年6月13日，NBA官方宣布喬丹再次退役，並且“99.9％”不會再復出。
