歷史
1978年，歷經十年浩劫的中國百廢待興、百事待舉。對真理標準的大討論，喚醒了國人沉睡的心靈，解放了人們禁錮僵化的思想。改革開放的春雨沐浴著中國大地，實現四化、趕超世界先進水平的雄心壯志振奮著人民的精神。在中國科學的春天使科技界春意盎然，生機勃勃的時刻，中國科學院昆明植物植物研究所的萬象義等六位科學工作者，抓住這一歷史機遇，向雲南省領導提出了成立“雲南省微生物研究所”的最初動議（1978年11月）。1979年3月26日，雲南省科學技術委員會黨組正式向中共雲南省委提出“關於建立雲南省微生物研究所的報告”。5月29日，中共雲南省委批覆了雲南省科委黨組“關於建立雲南省微生物研究所的報告”，同意由雲南大學、中國科學院昆明植物研究所、中國科學院昆明動物研究所從事微生物專業教學和科研的人員組建雲南省微生物研究所。並決定由在國內外享有盛譽，德高望重的著名生態學家、雲南大學教授曲仲湘先生擔任建所籌備組組長，從此，雲南省微生物研究所迅速在雲南大學孕育成長。1979年11月6日，雲南省微生物研究所發出第一號檔案，啟用雲南省微生物研究所印章，標誌著雲南省微生物研究所正式誕生。
成就
30年來，雲南省微生物研究所伴隨著祖國改革開放的步伐，一步一個腳印地實踐“體制立足雲大，學術面向世界，成果服務雲南”的宗旨，在開發和利用雲南省豐富的微生物資源的科學技術研究活動中，在教書育人，培養高級科學技術人才方面取得了一個又一個成果，獲得了一個又一個進步。
在基礎研究方面：從1983年獲得中國科學院自然科學基金資助的第一個項目至今，連續獲得國家基金面上項目30餘項，參與建議和組織重大項目、並承擔其中子課題1項；承擔科技部重大基礎研究前期專項2項，973項目子課題2項，聯合基金重點資助項目1項，國家自然科學基金委、國家科技部、省科技廳國際合作項目12項。先後完成雲南土壤放線菌生態分布和雲南高原湖泊水生放線菌研究及雲南溫泉高溫菌研究，重點開展了極端環境放線菌研究，發現我國新疆存在大量未知嗜鹽嗜鹼放線菌，可能產生大量未知化合物；主持召開了有十多個國家和地區學者參加的“第一次極端環境放線菌生物學國際討論會”和“微生物資源國際學術討論會”，推動了這兩個領域的研究。完全靠國內的工作，發表了新亞目2個，新科7個，新屬25個，新種200餘個。獲得2007年度世界菌種保藏聯盟（WFCC）斯克爾曼分類學獎，在微生物資源分離方法、分類方法上取得突出進步，在世界微生物分類學領域占有一席之地。
出版了《微生物資源學》、《高溫菌生物學》等8部專著。獲雲南省自然科學獎一等獎3項，其他省部級科技進步獎二、三等獎4項；培養博士25名（其中國外5名），博士後5名（含在站印度籍1名）。參與國家自然科技資源平台“微生物資源標準化整理整合與共享試點”項目，分離和保藏了上萬株有套用前途的微生物，保藏機構在世界菌種保藏聯盟數據中心（WDCM）登記註冊。
在套用基礎研究方面：完成國家計委高技術產業化推進項目1項，成功推出福貝微生物菌肥，獲得農業部生產許可證。完成雲南省自然科學基金重點項目1項，承擔國家支撐計畫項目2項，863項目1項和多項與企業合作的橫向項目。申請或獲得授權專利50餘件。通過對2000多株“三七”發酵菌的篩選，發現一種團青黴（專利申請號01141480.4）和土生麴黴（專利申請號02118254.X）能夠提高“三七”中的抗凝血成分Rg含量約50%，經昆明醫學院天然藥物研究重點實驗室驗證，其效果優於血塞通。發現能產生燈盞乙素的內生真菌——燈盞細辛內生真菌（專利申請號01139975.9），可能形成人工培養生產燈盞細辛的新工藝。分離的紫杉醇產生菌被用於太空運載試驗研究，發現用微生物發酵薏苡，可使薏苡中BHA含量提高1倍以上，並具有更強的抗腫瘤活性。最可喜的是在完成國家支撐計畫“新農業創製”項目過程中，獲得具有很強的光譜抗真菌病害的骨架全新的先導化合物——新磷氮黴素，具有極高的套用開發價值。此外，還發現、保藏收集了一大批在能源、環保、醫藥和農業等方面極有套用潛力的資源菌種。
在產業化套用方面：由雲南省微生物研究所研製的治療外陰白色病變和瘢痕疙瘩的特效藥竹紅菌素軟膏至今仍在大理州製藥廠和昆明振華製藥廠生產套用，面向全國銷售；取得國家發明獎的無霉宣威火腿製作工藝也在雲南開花結果，在雲南宣威等地廣泛使用，產品至今受到全國消費者的青睞。獲得1984年雲南科技進步四等獎的“普洱茶發酵工藝原理研究”早在上世紀80年代就在昆明茶廠套用，是最早利用人工接種成功發酵普洱茶的範例。“祿豐香醋的生產及其工藝”至今還在雲南祿豐鼎鑫醋業有限公司（原祿豐香醋廠）生產銷售頗受歡迎。“糖蜜酒精廢液生產單細胞蛋白的研究”成果曾在建水糖廠和開遠糖廠推廣使用。先後解決了“維酶素生產菌種容易退化和生產過程污染”的問題，使生產廠家保住了剛剛引進的新產品，扭虧為嬴，獲得雲南省科技進步3等獎；在“腦心舒”生產原料蜜環菌培養發生大規模黴菌污染時，採用“子母管”培養技術，及時解決了種源污染問題，保證了生產原料的供給，創造了良好的經濟效益。利用果酒發酵生產技術開發出了天然發酵的“青梅酒”，為廠家解決了沉澱和風味問題。模擬天然條件固體培養冬蟲夏草菌菌絲體技術和一步法提取多糖技術達到國內先進水平，獲2002年度雲南省科技進步3等獎。在冬蟲夏草菌產品的開發研究上步步深入，形成冬蟲夏草菌精粉、多糖和化學單體三個物質結構漸趨明朗，作用功效更加集中的產品研發層次，研究開發的產品已使有關企業獲利潤數千萬元。目前“冬蟲夏草菌精粉”和“冬蟲夏草菌多糖”已在國內外市場銷售，經濟前景非常可觀。
現有14為高級研究人員，12位博士，雲南省科技創新團隊一個。
教育部微生物資源開放研究重點實驗室
雲南大學“教育部微生物資源開放研究重點實驗室”是國家教育部2000年8月批准建立的，由雲南大學雲南省微生物研究所承擔建設。
“微生物藥物國家工程研究中心”是華北製藥集團與雲南大學省委生物研究所聯合、2004年國家發改委批准建立的，在該室建立雲南基地。實驗室以微生物資源（放線菌、真菌、細菌及其基因資源為主）的發掘利用研究為中心，以從微生物中發現新的生物活性物質為重點，以研究極端環境微生物和植物內生真菌資源研究為特色，為微生物醫藥、農藥、酶、肥料等提供創新性成果，是以基礎研究和套用基礎研究並重的重點實驗室。
室主任姜成林教授，副主任徐麗華研究員，學術委員會主任張克勤教授，管理委員會主任葉燎原教授。現有教授、研究員8人，副研究員5人，中級研究員4人，其中具有博士學位的8人；國內外客座教授18人，是一支結構合理、勇於創新、團結奮進的科研隊伍。
實驗室設有“國家南方農藥創新中心上海基地雲南工作站”，“中國雲南省微生物研究所與德國天然產物研究所天然產物聯合實驗室”。實驗室與雲南大學兄弟單位一起設有微生物學碩士點、博士點，生物學一級學科博士授權點和博士後流動站。實驗室對國內外開放，接受國內外訪問學者、博士生、博士後人員，是培養和凝聚微生物資源研究創新人才的重要基地。
2003年,雲南省微生物研究所菌種包藏中心已經完成加入了世界菌種聯盟世界微生物信息中心(WFCC-MIRCENWorldDataCenterforMicroorganism)的註冊手續,註冊號:YMWDCM832;註冊英文名:StainsCollectionofYunnanInstituteofMicrobiology,YunnanUniversity,China,YunnanInstituteofMicrobiology,YunnanUniversity(YIM);中心負責人:彭謙研究員;網址:http://wdcm.nig.ac.jp/CCINFO/CCINFO.xml?832.
目前,實驗室的主要研究工作集中在以下幾個方面:
資源微生物的分類：主要是放線菌、真菌、極端環境微生物及植物內生菌的分離及系統學研究;建立資源菌種庫。目前已保存的資源放線菌22000多株，真菌34000多株。
極端環境微生物分子生態研究：重點研究極端環境微生物生態與進化。目前的重點是嗜鹽、嗜鹼、嗜酸、高溫、低溫菌研究。
有用代謝產物功能基因組研究：目前的重點是發現有用次生代謝產物的功能基因，研究其結構和功能，構建高表達工程菌
微生物代謝產物化學研究：重點是放線菌、藥用植物內生真菌活性成分的分離，純化及結構解析，發現新的生物活性物質。目前現已保存12000多個放線菌提取物和240多個各種類型的化合物。
微生物活性物質的前期開發：與國外合作單位一起，主要進行微生物產生的醫藥、農藥先導化合物、酶及其他生物活性物質的開發。
