背景
早在1872年，美國長老會即傳入濟南。至1876年，其傳教士莫約翰等人亦來濟南傳教。當時濟南城內西大街一帶較為繁華，著名的濼源書院就坐落在這條街的西半部。傳教士們認為，若能在西大街設立講堂和醫院，必將推動教會在濟南的發展。1880年秋，莫約翰、洪士提反選定鄰近濼源書院的一所房屋。鑒於當時民眾仇教情緒很深，莫約翰等人深知自己出面去買，房主焦同興必不肯賣，遂唆使教徒劉玉亭出面購買。1881年1月19日，劉玉亭串通街民刁四作中人，先付3100兩白銀將焦同興房屋買定，然後就將所有紅契交付莫約翰等收存。
4個月後，銀、房兩清，即召人開工興修，莫約翰等深恐引起紳民的反對，因而行動詭秘，連房屋式樣亦不敢更動。但訊息還是傳開了。紳民們了解到事情真相後，均甚憤怒。濼源書院的先生聞訊，尤為惱火。7月12日，濟南紳民商討對策，準備次日前往阻止施工，不成即搗毀房屋。由於事機不密，當日就有人將此訊息透露給了教會。莫約翰等人十分恐慌，急赴道署請道台潘元音“出示彈壓”。
事件發展
7月13日上午9時，濟南紳民在濼源書院先生帶領下，成群湧向教堂工地。當時，道台潘元音正在濼源書院開導，聞院內先生不遵院長約束，已聚眾上街，隨即趕往出事地點。但這時紳民們已一擁而前，“即將房內物件損失，並重毆承作工頭”，同時又捕獲劉玉亭及中人刁四，一併押送府署刑責收監。在濟南紳民們的壓力下，官府將此房封閉。
事件發生後，莫約翰等人前往府署與知府梅啟熙交涉，“請將劉玉亭開釋”，未果，又迭次往撫署求見。他們表示“願將此房退讓，但須在西大街盡頭之處，另覓房間互換”。山東巡撫周恆祺只答應“將房價及傷損物件所值之價交還”，並“允嗣後如於別處尋妥房間，可以協助辦理”。莫約翰等人亦未同意。
7月15日，城內到處可見匿名揭帖，“請省內紳士共議洋人新買房間一事”。16日，街頭巷尾又流傳“明日欲將所有外國人及習教之人均行殺害”之語，教士、教民惶惶不可終日。17日一早，莫約翰等人“攜帶執照前往道署求其保護”。潘元音立即設法彈壓，終得大致平息。
其後，山東巡撫周恆祺委派候補道張蔭桓等5人“查辦此事”。他們和潘元音一道與莫約翰等進行了協商。這些官員表示：“允於別處另覓房間互換，並將所損物件估價賠償。惟所尋房間，若仍欲在西大街地方，則決不依允。”雙方發生爭執，不歡而散。莫約翰等遂將此案情形報告美國駐華公使安吉立，請其與總理衙門直接交涉。
8月2日，安吉立根據莫約翰等人的報告，照會總理衙門，指責地方官保護不力，要求行文山東巡撫，對滋事之人及為首主謀者“嚴拿懲辦”；“務於此街西盡頭之處，為該教士覓一妥善之區，以憑互換”，並將劉玉亭“即行開釋”。總理衙門一時未置可否。
莫約翰等人與山東地方官府相商互換之時，濼源書院以西之西大街，適有房屋3處，均貼有出售告白。及該教士向地方官指明有此數處可換時，各處貼出的出售告白，次日即行揭去。秋間，地方官在濟南東大街看定民房一所，“業主允為官價買換洋人改建教堂，紳民四鄰均無異詞”。這所民房，總計64間，較之莫約翰等人原買焦同興之房多至數倍，地基亦較為“高朗”。官府曾“屢催教士互換”，但莫約翰、洪士提反卻藉口“該處地基卑濕，不堪居處”，不肯互換。其後，地方官府又另外尋得一所房屋，因房屋“座落道署、首府署中間之小巷內”，亦不合教士之意，莫約翰等“總以未接京都（美使）覆信，不敢做主”為由拒絕，以至案件懸宕莫結。
新任山東巡撫任道鎔到任後，處理教案的態度較前任強硬。教士幾次求見，均未允準。至11月間，撫署才通知教會，令教士前往負責此案官員處商辦，並表示以前所議，均作為廢論，須重新另行商辦。按任道鎔的意見，“不允另尋房互換，仍將房價照數交還”。所以，在重新開議時，委員張蔭桓態度強硬，表示：“我等尚可通融，仍將東門內房間換給。現實爾等若不允從，則無別法可商，嗣後亦不能與爾等再商。”而莫約翰等則威脅說：“如果新撫院不肯換給房間，及不肯照前撫院所允之言，教士亦無別法，只可將此案稟呈駐京大臣辦理”。後張蔭桓再邀莫約翰等人往談，莫約翰等竟不肯前往，反向駐京美使控告張蔭桓。美署使何天爵據此照會總理衙門，清政府被迫將張蔭桓撤委。
11月12日，何天爵照會總理衙門，指責地方官不查拿滋事者，反拿教民劉玉亭等，要求總理衙門“轉咨該處地方官，即與教士秉公商議，互換房間；將該教士所失物件，按照（原價）賠償；並嚴拿滋事首犯懲辦，或出示曉諭，或設別法，以免該教士嗣後被人欺侮”。當時，美國政府接到關於濟南教案的情況報告後，命令美署使何天爵加緊同清政府交涉，保護在華美國教士的一切利益。1882年2月7日，何天爵又據莫、洪兩教士的報告，照會總理衙門，仍指責“地方官先後均未盡心於本國人（美國教士）”，同時提出兩項要求：一、設法伸教士所受無故之屈，並保其嗣後平安，不再受擾；二、設法辦張蔭桓（時已赴安徽蕪湖關道任）“欺辱本國（美國）之過”。
3月4日，總理衙門照知何天爵，告以：山東巡撫已遵囑“持平辦理此案”，並據山東巡撫函，另覓“青州公所”一處與教士互換，“此外民房，地方官萬難違約強買”；山東巡撫已派知府積慶會同印官再議互換事宜，“請轉飭該教士與所派委員相商，以期早日了結”。
3月9日，何天爵指示莫、洪兩教士：“該公所房間如能合式，不致吃虧，即可允換定結。”但必須有先決條件，即“須將說合原房之中人，請官免究開釋，不得有所勒索”；“須將上年滋事時所損之件，請其估價賠償”；“須將新換房間，請官照例給與蓋印契據”。並表示：“如仍不得妥協完結，自必由本館差派委員前往濟南辦理”。
莫、洪兩教士有何天爵撐腰，與積慶等會談時，態度蠻橫，雙方僵持不下。何天爵即委派美國駐天津領事色克及美國駐華使館翻譯德爾樂為委員，前往濟南查辦此案。色克與德爾樂到濟南後，不幾日，街頭巷尾竟有4種揭帖張貼出來，有的稱“如有將房售于洋人，必加以重害”，有的稱“如有買（賣）于洋人，將其房拆毀，捆送其家眷，生食其肉”。色克要求撫院“飭差揭去告白，出示禁止”。任道鎔卻謂“與洋人無乾”。及言及濟南一案，任道鎔“仍將教士前所不允之房，請為互換”。交涉近1個月，色克和德爾樂不得要領，只好返回。
5月20日，何天爵又據《天津條約》等有關規定，指責清政府保護不力，並重擬此案的四項解決辦法：一、將該教士原置之房仍行交還，實力保護；二、事發時所損失各（物）件，估價賠償；三、將為首滋事者查拿，按律例嚴懲；四、出示諭以免美國人嗣後再被欺凌（同上書，第21頁）。
6月18日，總理衙門照復何天爵：山東巡撫擬仍派員與紳士熟籌，另覓一地；但鑒於房屋甚不易得，只得從容圖之，不能過於迅速。同時指出，教士原買焦同興之房，“並未報官印契’，而劉玉亭、刁四等設計欺哄焦同興，分肥房價，紳民“迫於公憤”，起而阻攔，教士因而退房，既未拆毀，更非逐去。希望何天爵“轉飭莫、洪兩教士與委員和衷商議，以期完結”。此後，總理衙門與美使館迭次交涉，迄無結果。
1882年8月，美國政府任命楊約翰為駐華公使。根據美國外交部關於“此案安大臣及何署大臣一切辦法，均屬準行”的指示精神，楊約翰到任不久即與清政府重新進行交涉。至1883年4月28日，楊約翰又照會總理衙門，要求清政府轉咨山東地方官，按何天爵所擬四法辦理。這時，陳士杰已就任山東巡撫，他對教案的態度較為溫和，但開始亦不肯答應美國人的處理辦法，並有意加以拖延。至11月間，楊約翰見美國教士一直不能達到目的，便決定派曾參與此案交涉的前署理駐華公使、使館參贊何天爵“前往與該省撫院面商了結”，並於11月31日照知總理衙門。
結果
1883年12月間，何天爵到達濟南。陳士杰對何天爵格外優待，甚至於其往返途次，亦均飭地方官妥為照料。而這時清廷在楊約翰一再照會的壓力下，已完全趨於妥協退讓，故命陳士杰設法速結。陳士杰秉承清廷旨意，與何天爵交涉再三，最後於1884年初基本答應了何天爵的要求，以退還原房價，賠償損失結案。1月9日，何天爵回京交差。2月16日，楊約翰即照會總理衙門銷案。於是，交涉數年的濟南教案終於了結。
