簡介
蛇口街道（1站）：深圳灣口岸一期：深圳灣口岸至上屋，串聯南山深圳灣總部基地、科技園、西麗高鐵樞紐、留仙洞總部基地、白芒科研機構以及寶安石岩片區。將會成為西部偏東的重要交通線路。
二期：從上屋延伸，串聯光明城高鐵站、光明鳳凰城新區，直至光明公明街道的公明北站與東莞軌道交通R5線換乘。有效串聯起深圳與東莞的交通聯繫。
目前13號線一期即將開工。站點為：
上屋（換乘6）-寶石路（遠期換乘）-羅租-應人石-白芒-留仙洞（換乘5）-石鼓-西麗火車站（換乘15與遠期線路）-松坪（遠期換乘）-科興（遠期換乘）-深大（換乘1/20）-粵海門（換乘9）-科苑（換乘2）-後海（換乘2/11）-登良東-深圳灣口岸
一期站點分布：
南山區
招商街道（1站）：登良東
粵海街道（5站）：後海、科苑、粵海門、深大、科興
西麗街道（5站）：松坪、西麗火車站、石鼓、留仙洞、白芒
寶安區
石岩街道（4站）：應人石、羅租、寶石路、上屋
於深圳灣口岸站附近設定內湖停車場。一期全長22.5km，16站。本項目已於2017年12月28日開工。
遠期規劃：
二期從上屋站向北延伸，依次設如下站點
光明城站（換乘18）
同觀路站
觀光站（換乘6）
東周路站
公明南站
公明廣場站（換乘6）
水蔭路站
公明北站
預計第四期第二批會上報
原先規劃的13號線三期東莞段站點變為東莞R5線，站點如下：
松山湖南站
華為站
松木山站
大郎西站
松山湖北站（換乘東莞R3與莞惠城際）
