概述
1271年，忽必烈定國號為元，在加緊攻擊南宋的同時，集結兵力進攻日本。1274年10月，3萬元軍乘900艘戰船，從朝鮮半島南端出發，占領對馬島後在北九州登入。元軍採用集團作戰方式，並有火器助威，以騎射為主的日本軍隊苦戰，不斷敗退。日落時元軍回船休息，但當晚暴風雨交加，多數兵船沉沒，元軍損失慘重，被迫退回朝鮮半島。因為此戰發生在文永年間，史稱“文永之役”。1275年元朝再次派使節到日本要求臣服，幕府執權斬來使，並命令京都以西御家人、非御家人、寺院、貴族等均由各國守護率領，加強備戰。這些措施也強化了幕府對全國的統治基礎。1279年，元滅南宋後，忽必烈再次籌劃遠征日本。1281年，元軍分東、南兩路進攻日本。5月，4萬東路元軍從朝鮮半島出發，經對馬島攻入北九州的博多灣，但日本軍隊防守嚴密，未能登入。7月，從大陸寧波出發的10萬元軍出現在北九州海面，兩路大軍合流，準備發動總攻擊。此時遭到大型颱風襲擊，元軍4000艘船隻沉沒大半，元軍損失四分之三，被迫又一次敗退。因為此次戰役發生在弘安年間，所以史稱“弘安之役”。
儘管元軍征日未能成功，兩次戰役但對鎌倉幕府產生重大影響，首先是加強了幕府的專制統治。早在北條時賴執政末期，集體協商制度就遭到破壞，時常由北條家族嫡系決定重要事項。1268年任幕府執權的北條時宗進一步發展了北條家族專制的趨勢，以防禦蒙古來犯為藉口，不僅評定眾、引付眾的多數成員為北條家族成員，而且各國的守護職務也多更換為北條家族人士。在鎌倉幕府初期，擔任守護職務的北條家族成員只有兩名，到元軍第二次敗退後的1285年增加到33名，占全部60名守護的半數以上。到鎌倉幕府末期，進一步增加到38名；另外在1185年，將北九州的“鎮西奉行”改為“鎮西探題”，由北條家族成員擔任，其職責為統帥九州地區的御家人以及該地區的行政、司法事務。時宗這種任人唯親的做法使御家人發生分裂，其死後曾一度發生內訌，因而削弱了幕府的統治基礎。另一方面，抗元戰爭後鎌倉幕府沒有土地或財力賞賜那些有戰功的御家人，破壞了由“奉公”而得到“恩賞”的幕府與御家人關係基礎，加劇了御家人對幕府的不滿情緒。更為重要的是，御家人為彌補戰爭給自己造成的經濟損失，並恢復自己的經濟實力，在加緊侵占公有領地的同時，那些擔任地頭的御家人進一步拒絕向領主交納賦稅，並蠶食莊園土地。這種行為不僅使統治階級內部產生對立，也加劇了領主及地頭與農民之間的階級矛盾。因為領主與地頭均加重了對農民的剝奪，導致許多莊園農民被迫鋌而走險，淪為強盜，時稱“惡黨”運動。更多的御家人卻因戰爭負擔而窮困沒落，開始將自己擁有的少量土地典當給高利貸者或出賣。幕府為維持其政治軍事體制曾禁止御家人出賣或典當土地，難以取得實效後又在1297年頒布《德政令》，命令商人歸還購買或典當的御家人土地，但引起了經濟混亂以及商人的不滿，不得不很快將其取消。
進入14世紀以後，幕政更為混亂。14歲繼任執權的北條高時熱衷於歌舞與鬥狗，不理政事，大權旁落。1322年，奧州豪族安東氏因領地與其他家族發生糾紛，抗訴幕府以求解決，獨攬幕府大權的內管領（首席家臣）長崎高資收受雙方賄賂，故意久而不決，結果導致安東家族叛亂。儘管其叛亂被鎮壓下去，但幕府的權威一落千丈。
