1912年2月15日，袁世凱任中華民國臨時大總統。
1913年10月6日袁世凱當選中華民國首任正式大總統後北洋政府正式形成。北洋政府是中國歷史上第一個以和平的方式完整繼承前朝疆域的政權，也是中國繼清朝滅亡後第一個被國際承認的中國政府。
1925年中國南方成立國民政府，
1926年7月，開始北伐，1927年，蔣介石於4月18日在南京市成立國民政府。9月同武漢國民政府合併，史稱“寧漢合流”。
1928年6月8日，國民黨軍隊進入北京，北洋政府在中國的統治最後結束。同年12月29日，張學良宣布“東北易幟”，全國實現了形式上的統一。
1948年5月20日召開“國大“，蔣介石任民國總統，國民政府改組為總統府，政府主席改中華民國總統，進入“憲政時期”。
1949年（即民國38年），暫遷台北市。
1971年在國際上中華人民共和國政府完全取代原中華民國政府的席位代表中國。
內戰後，中華民國大陸地區淪陷，政府遷至台北市，其轄權所及之地僅為台灣地區，今日國際主要傳媒普遍以“台北政府”來指稱現在的中華民國政府。
中華人民共和國政府於大陸地區成立後，宣稱其已取代中華民國政府，為唯一合法政府。
中華民國“一府五院”的中央政府體制（別稱中樞）中，“一府”是指中華民國總統及其幕僚單位：總統府，“五院”則指行政院、立法院、司法院、考試院與監察院。而地方政府則指直轄市、縣、市；縣市政府之下再設定鄉、鎮、市、區。
依照《中華民國憲法》，中華民國的地方政府架構共分為省、縣、鄉等三級，但“省”的功能於1998年起被精簡化，故一般均將省級剔除。而原本屬於省級的直轄市，目前暫劃入縣級之中，惟其仍擁有比縣市政府更高的自治權力。
北洋政府時期
原則上，1910年代－1920年代末期，臨時政府與北洋政府所稱之中華民國政府應為中華民國大總統與國務總理雙首長為主的三權分立制度。細分下，行政外交軍事權歸中華民國大總統與國務總理、立法權歸參議院，而司法權歸法院。經過折衝後，1912年以臨時約法成立的中華民國政府，是採取接近內閣制的雙首長制。總統與總理均由參議院選出，總統職務為執行法律、發布命令、統率全國陸海軍隊、任命官員、外交權、依法宣布戒嚴、特赦、減刑復權。不過，以上各權利均需經由參議院同意。而與總統相同實際政權統治的國務總理則負責實際中國之內政治理及法律副署權。
雖說政府設計如此，在此年代期間中華民國政府仍為人治為主。1912年，袁世凱將總統職權擴大，甚至於1915年短暫宣布帝制。1916年北洋政府雖短暫回歸雙首長制，不過仍發生府院之爭的混亂場面。
國民政府時期
國共內戰期間中華民國中央政府所在地遷移圖雖然國民政府前身為孫中山於廣州成立之護法政府或軍政府等機構，但是因其主權治權未及全部中華民國領土，故不能稱之為“中華民國政府”。而事實上，1925年7月1日於廣州成立、1927年9月20日定都南京之國民政府，直到1928年10月攻下底定北京後，才獲得西班牙、德國、法國等大國承認。而1929年1月，張學良決定服膺國民政府後，國民政府才真正成為中國唯一合法政府。國民政府特色為委員制。一般來說，政府的運作主要決策者為國民黨黨內機構遴選出之國民政府委員所組成的國民政府委員會，而除了國民政府委員會之外，國民政府也有許多機構多採取委員制。而這種體制直到1948年實際行憲後，才有所更動。依照《中華民國國民政府組織法》規定，國民政府委員定額早期為12-16人，1930年代之後增為24-36人，而國民政府委員會主席、行政院長、立法院長、監察院長、考試院長、司法院長、及其副院長均由該委員會推選。
如再就職權細分，一般來說，在1930年代－1940年代，國民政府主席為中國政府元首，與國民委員會共同負責外交與軍事及中國國家統治權，內政則由行政院負責。而國民政府從1930年蔣中正內閣開始，到1949年遷徙至台灣為止，國民政府共在中國大陸組閣過十數次。
另外，中國因為抗日戰爭，於1938年宣布實施戰時政府制度，軍事權由國民政府主席轉為國民政府軍事委員會。而到1948年行憲並由國民大會選出中華民國總統、同時國民政府委員會與軍事委員會同時裁撤後，中華民國政府才真正成為“一府五院的內閣制”。
國民政府主席為林森長期擔任，任期自1931年開始至1943年去世。1943年之後為蔣中正，直至1948年國民政府結束運作移交民選的中華民國政府。
就整體來看，於大陸時期之國民政府一直是以蔣中正為主，其他國民黨中心幹部為輔的黨國政府。通常中央政府職權劃分，都是以蔣中正量身定作。而1929年－1975年為止，不論職務是國民政府主席、行政院長、軍事委員會委員長、還是中華民國總統，蔣中正一直都是中華民國政府的核心。
行憲至今
中華民國憲法是基本的法律，基於國共政協憲草決議案藍本，於1946年制憲國民大會制定通過。1948年全國民選國大代表並召開了行憲國民大會，選舉總統副總統。隨後組成中華民國政府。在1949年，中華民國政府遷到台北時，沿用了整套原來在南京制定的中央政府機制。直到1990年代開始對憲法的進行重大修正，在憲法中加入了很多專門針對台灣所設計的條款。1987年7月15日，中華民國政府宣布終止“戒嚴令”；1996年，中華民國政府中央元首首次民選。2000年，中華民國政府首次政黨輪替，民主逐步成熟；2008年中華民國完成二次政黨輪替。中央政府
1948年行憲後第一屆中華民國政府人員總統府
總統、副總統任期4年。總統為國家元首，對外代表國家，統率全國陸海空軍，依法公布法律、發布命令、宣布戒嚴、任免文武官員、授與榮典、行使大赦、特赦、減刑及復權之權，以及行使締結條約及宣戰、媾和之權。總統依據憲法行使職權，設總統府，置秘書長1人、副秘書長2人，另有資政、國策顧問及戰略顧問，對國家大計及戰略、國防等事項，向總統提供意見，並備諮詢。| 第1任中華民國臨時大總統 | 孫中山（1912） |
| 第1、2、2、3、4、5任中華民國總統 | 蔣介石（1948-1975） |
| 第5任中華民國總統 | 嚴家淦（1975-1978） |
| 第6、7任中華民國總統 | 蔣經國（1978-1988） |
| 第7、8、9任中華民國總統 | 李登輝（1988-2000） |
| 第10、11任中華民國總統 | 陳水扁（2000-2008） |
| 第12、13任中華民國總統 | 馬英九（2008-2016） |
| 第13任中華民國總統 | 蔡英文（2016-今） |
行政院
為國家最高行政機關，置院長1人，由總統任命；副院長1人，兼任部會首長之政務委員10人，不管部會之政務委員7人，均由行政院院長提請總統任命，共同組成行政院會議，以院長為主席，議決重大施政方針及向立法院提出法律、預算、戒嚴、大赦、宣戰、媾和、條約等案。院長 劉兆玄（2008年5月20日）
副院長 邱正雄（2008年5月20日－）
秘書長 薛香川（2008年5月20日－）
立法院
為國家最高立法機關，由人民直接選舉之立法委員組成，代表人民行使立法權。立法院得對行政院院長提出不信任案，對總統、副總統犯內亂外患罪提彈劾案及對監察院審計部審計長之任命行使同意權，並有議決法律案、預算案、戒嚴案、大赦案、宣戰案、媾和案、條約案及國家其他重要事項之職權。立法院置院長、副院長各1人，由立法委員互選產生。立法委員自第7屆（2008年）起由225人減為113人，任期4年。有向行政院院長及各部會首長質詢之權，並可以決議或覆議行政院重要政策。院長 王金平（2008年2月1日－）
副院長 曾永權（2008年2月1日－）
司法院
為國家最高司法機關，掌理解釋權、審判權、懲戒權、司法行政權。司法院置大法官15人，並以其中1人為院長、1人為副院長，由總統提名，經立法院同意任命。大法官以會議方式行使解釋憲法及統一解釋法律、命令之職權，並組成憲法法庭，審理總統、副總統之彈劾及政黨違憲之解散事項。憲法規定法官須超出黨派以外，獨立行使職權，並為終身職。司法院設各級法院、行政法院及公務員懲戒委員會。院長 賴英照（2007年10月－）
副院長 謝在全（2007年10月－）
考試院
為國家最聯考試機關，置院長、副院長各1人，考試委員若干人，均為特任，任期為6年，由總統提名，經立法院同意任命之。考試委員須超出黨派以外，依法獨立行使職權。考試院之職掌，依憲法增修條文第6條規定為： 1. 考試。 2. 公務人員之銓敘、保障、撫恤、退休。 3. 公務人員任免、考績、級俸、升遷、褒獎之法制事項。 考試院下設考選部、銓敘部、公務人員保障暨培訓委員會及公務人員退休撫恤基金監理委員會。院長 關中（2008年11月14日－）
副院長 伍錦霖（2008年9月1日－）
監察院
為國家最高監察機關，行使彈劾、糾舉及審計權。置監察委員29人，並以其中1人為院長，1人為副院長，任期6年，由總統提名，經立法院同意任命之。監察委員須超出黨派以外，依據法律獨立行使職權。監察院設審計長，由總統提名，經立法院同意任命。審計長應於行政院提出決算後3個月內，依法完成審核，並提出審核報告於立法院。監察院為行使審計權，設審計部。院長 王建煊（2008年8月1日）
副院長 陳進利（2008年11月14日－）
地方政府
直轄市地方自治團體，直接隸屬於行政院，人口聚居達125萬人以上，且在政治、經濟、文化及都會區域發展上，有特殊需要之地區，得設直轄市。市以下分設區，區以下設里，里之下設有鄰。
台北市（1967年7月1日升格）
高雄市（1979年7月1日升格）
準直轄市
地方自治團體，人口達200萬人以上，在未升格為直轄市前，準用直轄市規定。
台北縣（2007年10月1日升格）
縣
台灣省精省前各縣直隸於省政府，精省後則視業務，分受行政院各部會駐中部辦公室，或區域聯合服務中心管轄，使台灣省政府實際上名存實亡，惟金門連江兩縣仍受福建省政府管轄。以下再分設有鄉、鎮、縣轄市。鄉以下設有村，鎮、縣轄市下設有里。村里之下設有鄰。 （共16縣）
桃園縣
新竹縣
苗栗縣
台中縣
彰化縣
南投縣
雲林縣
嘉義縣
台南縣
高雄縣
屏東縣
宜蘭縣
花蓮縣
台東縣
澎湖縣
金門縣
連江縣（馬祖）
註：東沙島與南沙太平島、中洲礁隸屬於高雄市旗津區中興里，馬祖列島隸屬於連江縣；釣魚台列嶼行政上劃歸宜蘭縣頭城鎮，但目前由日本沖繩縣實質管轄。
市（與縣同級）
舊稱省轄市，精省前曾隸於台灣省政府，現今則視業務，分受行政院各部會駐中部辦公室，或區域聯合服務中心管轄，在現行法律中稱為“市”。人口聚居達50萬人以上未滿125萬人，且在政治、經濟及文化上地位重要之地區，得設市。市以下分設區，區以下設里，里之下設有鄰。
基隆市
新竹市
台中市
嘉義市
台南市
區域聯合服務中心
區域聯合服務中心為相當於省級之非正規中央政府派出機關，由行政院各部會派駐該區域的各派駐機關集中聯合辦公而組成，中心名義首長為主任，由行政院副院長、經濟建設委員會主任委員或政務委員兼任，實際政務由中心執行長（由行政院顧問或台灣省政府委員一員兼任）負責。區域聯合服務中心管轄區系依《台灣地區國土綜合開發計畫》所劃訂的台灣本島四大區域——北部、中部、南部、東部區域，及由福建省金門、連江兩縣所組成的金馬區域；目前已設者包括行政院南部聯合服務中心、行政院中部聯合服務中心及行政院東部聯合服務中心；福建省政府曾經推動改制為行政院金馬聯合服務中心，惟暫停進行。
