vector NTI

Vector NTI Suite是一套功能強大、界面美觀而又友好的分子生物學套用軟體包。它主要包括四個組件,分別對DNA、RNA和蛋白質進行各種分析和操作。

分析支持

(一)對分子序列的操作

我們以一個DNA序列為例,進行一系列的常規分析;最後將此DNA序列翻譯成胺基酸序列,並對此胺基酸序列進行各種分析。

A,DNA序列為豬生長激素的cDNA序列,長為761bp。首先使用Vector NTI的Create New命令將此序列導入到Vector NTI的資料庫中:

1,第一種方法:如果只知道序列時,點擊Molecule才選單中的Create New——Using Sequence Editor(DNA/RNA……);

2,在出現的“New DNA/RNA Molecule”對話框中,首先在General填入導入序列的名稱——PGH;

3,在DNA/RNA Molecule活頁中,選中Linear DNA, Animal/other Eukaryotes,Replicon Type中選Chromosome;

4,Description中填入:S.Scrofa Growth hormone mRNA;

5,在Sequence and Maps中點擊“Edit Sequence”按鈕,將DNA序列複製後,點“Paste”按鈕-點“OK”-確認後就可以完成序列導入。

B,如果是一個從GenBank上下載的序列檔案,則:點擊 “Molecule” 選單-Open-Molecule files命令,找到序列檔案,在File format中選中GenBank Files;點擊OK。

(二)常規操作

當序列導入完成後,在桌面出現三個視窗,上左側的視窗中顯示的是該序列的常規信息,上右側視窗則以圖形的格式展示序列的特徵區及酶切圖譜等。下面一個視窗顯示的是序列:默認狀態下以雙鏈形式出現,也可以更改為單鏈顯示。

1.選擇序列區域:在圖形區域或序列區域直接拖動滑鼠左鍵,同時在最下端的狀態欄中顯示出所選區域的範圍。

2.刪除:選中後直接點擊鍵盤上的Delete鍵,確認後即可刪除。

3.選中序列片段後,點擊Edit選單,用其中的命令可以完成對此片段的剪下、複製、刪除、定義為新的特徵區和用其它序列來代替等。

4.當點在其一特定位置時,我們也可以在此位置插入新的序列:Edit – New – Insert Sequence as

5.當希望序列顯示單鏈時,點擊View – Show Both Strands

(三)常規分析

1.設計PCR Sequence Primer, Hybridization, Probes:

選中設計引物的模板區或點擊Analyze中的相應命令即可。 需要注意的是,在設計前,首先得將序列存入資料庫中,具體設計由於我們推薦使用Oligo,所以此處不詳述。

2.序列基本信息分析:

選中序列區段後,選Analyze – Oligo Analysis, 在Oligo Analysis對話框中,點擊Analyze按鈕,即可得到分子量、GC含量、Tm值、3‘端的自由能、迴文結構及重複序列等基本信息。

3.酶切圖譜分析

點擊Analyze選單中Restriction Sites命令,出現“Restriction Map Setup”對話框,點擊Add按鈕,填入需要分析的位點,不需要的位點也可以選中後點Remove按鈕移除。為了顯示正確,我們可以設定超過一定位點數量的酶不顯示,可以限定分析的區域等。點擊OK後程式自動完成酶切分析。

4.Motif查找

點擊Analyze選單中的Motifs命令,在出現的Motifs Setup對話框中我們可以添加新的Oligo或從Oligo Database和Oligo List中選取;選中後點擊OK按鈕,程式完成Motif的查找,同時給出相似性的百分比。

5.ORF查找

點擊Analyze選單中的ORF命令,在出現的ORF Setup對話框中,填入ORF的最小長度(多少個密碼子)以及其它一些設定後點擊OK,程式自動完成ORF的查找。

6.翻譯

翻譯前選中一個ORF或一個區域,這裡我們希望把pGH cDNA基因完全翻譯成蛋白質,因此選中最長的一個ORF(7-657bp)。點擊Analyze選單中的Translate命令中的“Into New Protein”-“Direct Strand”,在出現的“New Protein Molecule”對話框中給出新蛋白質的名稱後點擊確定,程式完成翻譯並打開一個新的視窗,顯示胺基酸序列。

7.反翻譯

選中胺基酸序列片斷,點擊Analyze選單中的BackTranslate命令,確認是“整個序列”還是“僅為選中的序列”後,即可設定簡併度及組織特異性來完成反翻譯。

(四)圖形操作

對於圖形展示的序列信息,我們可以對圖形進行各種修飾和改動,並最終導出需要的圖形,如果序列是質粒,則可得到質粒圖譜。 我們還是以SSPGH序列為例:

1.激活圖形欄,點擊工具列中的Edit Picture。此時,點擊任意一個需要改動的組件,則滑鼠變為四方向箭頭,按住左側則可以任意拖動其位置。

2.點擊左鍵,選中Properties命令,則在Properties對話框中可以改變文字,字型,連線的粗細和顏色。

3.對於特徵序列,我們還可改變其填充方式,箭頭方向等。

4.加入注釋:點擊工具列中的回形針按鈕,出現Annotation對話框,輸入注釋文字(支持中、英文),如:“這是一個測試Sequence”。點擊確定後,文字就出現在圖示視窗中,同樣可以改變其位置、字型、顏色等。

5.修改完成後,點工具列中的命令,同樣可以到剪貼簿或檔案。

組件

AlignX

運行AlignX後出現四個視窗,從上到下,從左到右分別為序列信息視窗,進化樹視窗,同源比較圖示視窗和序列比較視窗。對於同源比較可以分為兩類:一類是兩個或幾個序列(包括DNA/RNA和蛋白質序列)的比較,此時僅限於比較序列的相似性;另一類則是多個序列間的比較並得出系統進化樹。

(一)導入外源序列的方法

點擊Project選單中Add Files命令,選擇需要比較的序列檔案,點擊打開按鈕,確認是DNA/RNA還是Protein Sequence後,點擊Import按鈕就可以完成序列的導入任務。

(二)以演示Project來講述AlignX的使用

1.選擇Project選單Open命令,找到Vector NTI的Demo Projects資料夾,打開DNA.apr檔案;

2.在文本視窗中,使用滑鼠左鍵雙擊任一檔案名稱,就可以得到該檔案的所有基本信息;

3.建立一個新的比較策略並進行比較:

①在文本視窗中,按住Ctrl鍵選中四個序列:AF××××

②點擊Alignment選單中Alignment Setup命令,出現Alignment Setup對話框,在此對話框中有30個選項來確定最終比較結果展示方式,這裡我們使用默認值即可。

③點擊Alignment選單中的Align Selected Sequence命令,片刻後程式完成比較並給出結果和進化樹;

④在View選單中,我們可以通過Edit Alignment命令來編輯比較結果,使用Display Setup命令來改變結果的展示方式和顏色等。

4.結果的導出:

①進化樹的導出:激活進化樹視窗,點擊工具列中的Export Tree按鈕即可將進化樹保存為.Ph檔案,並可被其他樹編輯軟體所識別。或者點擊Edit選單中的Camera命令,將圖像保存到剪貼簿後在Word等文檔編輯軟體中貼上;

②序列比較結果的導出;點擊Project選單中的Export MSF Format命令,將結果保存為.msf檔案後,用GeneDoc打開進一步進行編輯和修飾。

Contig Express

該組件讓您能夠直接從測序儀或其它檔案格式(如GenBank和Fasta等)中導入序列,並將這些阿序列片段拼接成一個長片段。在拼接的過程中可以顯示測序圖譜,可以自動去除載體序列及測序模糊序列。同時能在拼接的完成序列鹼基的改動。

1.點擊Project選單中的Open命令,找到Demo Project資料夾中的DNA.cep檔案。當然我們也可以導入自己的序列,方法是點Project選單中的Add Fragments命令,在此可以導入各種格式的檔案。

2.建立拼接策略:點擊Assemble選單中的Assembly Setup命令,出現Assembly Setup對話框,在此我們使用程式的默認值,不作改動。

3.使用Ctrl鍵將.abi檔案全部選中,並點擊Assemble選單中的Assemble Selected Fragment命令,程式自從完成拼接並出現一個Contig1的圖示。

4.雙擊Contig1圖示,出現另一個視窗展示一個8片段拼接結果。

5.激活序列視窗後,點擊View選單中的Show All Chromatograms命令,就可以顯示每個序列的測序圖譜。 6.編輯圖譜及序列:如果想改變圖譜或序列上的某個鹼基,就可以用框標點擊該鹼基,後輸入新的鹼基即可。同時,在圖形視窗雙擊任一片段就可以打開一個新的視窗,在此視窗中可以對此序列進行直接的改變了。

7.拼接結果的導出:點擊Edit選單中的Select All命令選上拼接結果序列,在此點擊Edit選單,使用Copy命令將拼接結果複製出來。

BioPlot

該組件可以完成對DNA、RNA和胺基酸序列的各種理化特性的分析,實際上在DNAStar中有兩個組件來分別完成對DNA/RNA和胺基酸序列的分析,其分析效果並不比BioPlot差,所以在此不再詳述。

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