SSR檢測

  SSR檢測也稱簡單重複序列(SSR),是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重複序列。微衛星位點通常通過PCR擴增和電泳檢測,並根據片段大小分離等位基因進行分析;擴增後的等位微衛星可以用多種方法檢測,傳統方法採用聚丙烯醯胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法,費時費力效率低。閱微基因基於5年的經驗,利用ABI遺傳分析儀對螢光標記的DNA片段進行檢測,結合分子量內標進行DNA片段長度計算,使STR分型變得高效快捷,結果也更加精確。

SSR檢測簡介

SSR檢測也稱簡單重複序列(SSR),是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重複序列。微衛星位點通常通過PCR擴增和電泳檢測,並根據片段大小分離等位基因進行分析;擴增後的等位微衛星可以用多種方法檢測,傳統方法採用聚丙烯醯胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法,費時費力效率低。閱微基因基於5年的經驗,利用ABI遺傳分析儀對螢光標記的DNA片段進行檢測,結合分子量內標進行DNA片段長度計算,使STR分型變得高效快捷,結果也更加精確。

服務項目

1.SSR引物開發
通過富集微衛星序列,開發出20-30條具有一定重複特徵的微衛星序列,並且對序列進行多態性和特異性驗證。
2.引物篩選
選取部分代表性樣本,利用普通引物進行PCR擴增,然後利用高解析度晶片電泳或PAGE驗證引物的特異性、擴增效率和基因座多態性等信息。
3.樣本批量擴增
用帶有螢光標記(FAM/HEX/TMR/ROX等)的引物,對批量樣本進行PCR擴增。我公司擁有高通量PCR儀平台,可以滿足大量樣本擴增需求。
4.測序儀檢測
帶有螢光標記的PCR產物進行稀釋後與分子量內標混合,用3730xl等測序儀進行毛細管電泳,並得到原始數據。 5.原始數據分析
編制panel和bin等檔案,使用正版GeneMapper v4.0軟體分析測序儀得到的fsa檔案,並生成PDF圖譜和Excel文檔(包括size、基因分型等信息),分析後的電泳圖譜。
6.群體遺傳學分析
利用生物信息學軟體(POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等)對上述數據進行進一步分析,繪製遺傳連鎖圖譜、分析連鎖不平衡和分析多態性等。

送樣要求

細胞(≥10)、組織(≥300mg)、血液(≥1ml)、基因組DNA(≥20μl,濃度≥ 50ng/μl);引物信息、片段長度範圍、瓊脂糖電泳圖等。

提供結果

引物、微衛星分析的原始數據以及GeneMapper生成的PDF圖譜、包含片段長度等信息的Excel文檔和進一步的分析結果等。

成功案例

到目前為止,閱微基因與上百家科研機構建立合作,進行過多個物種的引物開發、多態性分析、種系鑑定和連鎖圖譜構建等工作,包括人、小鼠、大鼠、兔、馬、犬、牛、大熊貓、魚、蝦、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜蟲、瓢蟲、小麥、玉米、大豆、棉花、楊樹、蘋果、葡萄和真菌等。

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