CytoScape

Cytoscape是一款圖形化顯示網路並進行分析和編輯的軟體，見圖1，它支持多種網路描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文檔或Microsoft Excel檔案作為輸入，或者利用軟體本身的編輯器模組直接構建網路。

Cytoscape還能夠為網路添加豐富的注釋信息，並且可以利用自身以及第三方開發的大量功能外掛程式，針對網路問題進行深入分析。　Cytoscape對非盈利性客戶免費，在他的官網上有下載地址。