背景
阿克陶縣巴仁鄉是“中國巴仁杏”的產地，位於帕米爾高原腳下、塔克拉瑪乾沙漠邊緣，地處阿克陶縣城西南部，面積共1087平方公里，下轄14個村民委員會，114個村民小組，1個鄉直農場，總人口不足3萬，主要是維吾爾族人。1980年代末，維吾爾族青年則丁·玉素甫師從喀什地區葉城縣大毛拉阿不力克木·買合蘇木學習《古蘭經》經文。1989年，他回到巴仁鄉以後，創建“東突厥斯坦伊斯蘭黨”，積極發展成員，聲稱準備“聖戰”，企圖通過武裝暴亂推翻人民政府，成立“東突厥斯坦”獨立國。1990年2月初，則丁·玉素甫在沙依清真寺舉行第二次會議，同年3月15日，在買海提·庫西馬克家中舉行第三次會議，討論武器彈藥、刀、白布、白球鞋等的準備工作，並且規定要嚴格保密，泄密者將被殺光全家。同年3月25日，在沙依清真寺舉行第四次會議，研究此次武裝暴亂的組織和分工，決定則丁·玉素甫任總指揮，阿不都艾尼·吐遜任副總指揮，加馬力·買買提任軍事指揮，艾海提·阿瓦地負責率領第一部分人，吐魯洪·沙克負責率領第二部分人，吾不力卡斯木·伊布拉音任騎兵班班長，依沙克·吾守負責財務及後勤保障，阿不都·吐爾地、買買提吐遜任聯絡總指揮，熱合買江·艾買提負責保管並分發自製炸藥包、手榴彈等等武器。在此次會議上，則丁·玉素甫宣布，一旦他死去，由阿不都艾尼·吐爾遜繼續指揮並發展整個隊伍。他們還抓緊進行格鬥和體能訓練。根據則丁·玉素甫編的《聖戰法規》，第一條便是：“消滅異教徒，向異教徒發起進攻。”
利用在清真寺做“乃瑪孜”之機，則丁·玉素甫等人強迫伊斯蘭教教民捐錢，要求每人“抱經宣誓”，參加“東突厥斯坦伊斯蘭黨”。加入該黨的人，每人至少交50元人民幣，其中20元作為活動經費，20元購買白球鞋，10元購買刀子。
此後在3月中旬，他們的活動由秘密轉向公開，開始公開要求村民交納糧食和錢款。3月17日晚，他們闖到浩罕村村民委員會主任依明·吾買爾家，強迫其捐款1500元人民幣，依明·吾買爾問他們要錢何用，他們回答：“為了振興伊斯蘭”，若不交就要“考慮你的命”。同日，浩罕村的另一位農民也被迫交1000元人民幣。3月20日到3月31日，他們在巴仁村、浩罕村等4個村強行徵收錢款和糧食，規定每戶必須交納玉米10斤、小麥5斤，結果在這4個村一共徵收到15麻袋糧食。他們用強徵得的錢款，陸續購買或製造炸藥、手榴彈、炸藥包、長刀、1輛機車、4匹馬。事後經過警方查證，他們一共籌得資金1.3萬元人民幣。
3月27日伊斯蘭教的齋月開始以後，他們行事更加張揚。他們在巴仁鄉土爾村清真寺的院子裡架設高音喇叭，鼓吹“聖戰”。他們說：“穆罕默德同異教徒打過仗，我們也不得不打仗，每天做五次乃瑪孜不解決問題，要打仗。”3月29日，他們砸碎在街頭賣優酪乳的小孩手中的瓦罐，將賣煙小販的菸草傾倒在街上。有人還強迫民眾組織慶祝“聖戰節”的大遊行，呼喊分裂國家的口號。
此外還有一個插曲。4月2日，兩個人來到英吉沙縣艾古斯鄉農民達尼西（維吾爾族）家中。達尼西擅長馬術，是著名的叨羊賽冠軍。那兩個人下了機車之後，對達尼西說：“我們來買你的那匹馬，那匹叨羊比賽得頭一名的駿馬。”但達尼西捨不得賣。來人便自稱買馬是要先占領巴仁鄉，再占領英吉沙縣，成立東突厥斯坦伊斯蘭共和國，並邀請達尼西加入“伊斯蘭聖戰隊”。但達尼西推託說賣馬是大事，要同父親商量，因為維吾爾族人尊重長輩的意見。來人便離去。達尼西隨即向鄉里報告了這些情況。後來在4月7日，達尼西聽說武警部隊追剿分隊要進山，便牽著這匹馬送到部隊，他說：“暴徒認識我的馬。如果在山裡遇見他們，他們會先向馬開槍，槍一響，解放軍就有時間隱蔽射擊。馬受傷或犧牲了我感到光榮。”
從3月中旬開始，巴仁鄉的異常情況引起了阿克陶縣黨委、政府乃至克孜勒蘇柯爾克孜自治州黨委、政府的注意。3月底到4月初，阿克陶縣公安局多次派員調查巴仁鄉的情況。4月2日，阿克陶縣公安局副局長阿巴拜克到巴仁鄉調查。大毛拉瓦力斯前來匯報稱，4月1日，他的兩個兒子深夜被人騙到清真寺，“東突”分子強迫他倆參加“伊斯蘭聖戰隊”，他倆反對，結果遭到毒打。阿巴拜克又找到巴仁鄉的幹部以及巴仁村、浩罕村的民眾了解情況，得知這種情況在巴仁鄉已經十分普遍，幾乎每村都有。還有人反映，這些人聲稱：“星期四（1990年4月5日），我們要把旗幟插到鄉里去！”還揚言：“封齋期間，誰開飯館，就砸毀，女人上街要剪掉頭髮。”阿巴拜克趕緊向中共阿克陶縣委匯報，並通過電話向克孜勒蘇柯爾克孜自治州公安局匯報。
4月3日上午，中共阿克陶縣委召開常委會議，研究巴仁鄉的異常情況，決定當晚派中共阿克陶縣委副書記吐爾遜和阿克陶縣公安局副局長阿巴拜克到阿圖什向中共克孜勒蘇柯爾克孜自治州委書記牛秉信報告。 4月4日清晨，牛秉信來到阿克陶縣，召開阿克陶縣五套班子領導會議，研究巴仁鄉問題，決定採取五條措施，並派吐爾遜副書記到巴仁鄉做民眾工作。4月4日上午，吐爾遜等克孜勒蘇柯爾克孜自治州、阿克陶縣派出的60多名幹部到巴仁鄉做工作。這些幹部抵達巴仁鄉人民政府，要求巴仁鄉的幹部、民眾、宗教人士同壞人作鬥爭。
4月4日下午，30多人來到巴仁鄉派出所的艾里木·烏拉木家中鬧事，切克村清真寺也有200多人聚集。吐爾遜和阿巴拜克聞訊趕往切克村，向聚集在切克村清真寺的200多人做工作，宣傳中共的政策，同“東突”分子進行4個多小時辯論，但無效果，只好撤離，向中共克孜勒蘇柯爾克孜自治州委書記牛秉信報告了情況。
經過
4月5日凌晨，則丁·玉素甫率領大約200人打手電筒在街頭列隊前進，邊走邊念誦表達決心的《古蘭經》經文，包圍巴仁鄉人民政府示威。他們試圖占領巴仁鄉，隨後擴大占領區，成立“東突厥斯坦共和國”。4月5日下午18時30分，克孜勒蘇柯爾克孜自治州公安局局長率領62名武警前往維持秩序時，在巴仁鄉人民政府門外遭圍攻，200多名聚集者開始圍攻巴仁鄉人民政府，向巴仁鄉人民政府院內扔石頭，兩名武警和兩名司機被打傷。此外，有5名前去執行任務的公安幹警被劫持為人質，暴亂分子以此要挾政府。
4月5日晚21時，前來增援的喀什武警支隊13人乘坐兩輛軍車，在巴仁鄉人民政府門外的十字路口遭攔截和襲擊，兩輛軍車被砸碎玻璃，13名武警官兵被石頭砸傷。武警下車將這些人驅離後，才進入巴仁鄉人民政府院內。4月5日晚23時，乘坐一輛小車赴巴仁鄉執行聯絡任務的4名漢族公安邊防官兵（新疆維吾爾自治區公安邊防總隊克孜勒蘇柯爾克孜自治州支隊阿克陶邊防大隊副教導員許新建，戰士盧建輝、王景平、郭學文），在巴仁鄉人民政府旁邊的大橋邊遭到“東突”分子攔截，被“東突”分子用長刀和斧頭活活砍死。其中，戰士盧建輝的頸部被幾乎砍斷，只剩下一層皮連線頭和身體；戰士王景平的手指被剁掉，後頸接連被砍4刀。隨後乘坐一輛小汽車趕來的喀什武警支隊六中隊副隊長艾里·牙生（維吾爾族）、班長吳勇、副班長田崇峰也遭圍攻及毆打，副隊長艾里·牙生被扣為人質，班長吳勇、副班長田崇峰遭到殺害，汽車被推翻到大橋下面，1支手槍、3支衝鋒鎗、400發子彈遭搶走。其中，吳勇起初被用木棍和鐵鍬毒打，隨後頭髮被拴在木樁上，導致整個頭皮剝落，身上被捅30多刀。
4月6日4時10分，中共新疆維吾爾自治區委通知南疆指揮部稱，已接到中央批示，事件性質為武裝暴亂，武警和公安人員可以還擊（此前因為事件性質有待確定，並為避免傷及信教的維吾爾族民眾，現場全體武警都一直執行不開槍的命令，即便有武警已經被殺）。暴亂分子向巴仁鄉人民政府大院內投擲10多枚手榴彈及炸藥包，隨即開槍掃射，喀什武警支隊四中隊戰士董喜民、楊培忠，五中隊戰士杜永亮被打傷。武警戰士對空鳴槍警告，但暴亂分子繼續向巴仁鄉人民政府院內射擊並投擲手榴彈，巴仁鄉人民政府大院的圍牆被炸出3個豁口。暴亂分子準備從圍牆豁口衝進大院時，4時44分，武警、公安幹警在鳴槍警告無效的情況下，當場擊斃正在現場指揮的則丁·玉素甫；另有1名暴亂分子在引爆土製手榴彈時被擊中，從而導致3名暴亂分子被這土製手榴彈炸死；還有2名暴亂分子被擊斃。
4月6日9時，前來增援的武警部隊和各民族民兵先後趕到。9時14分，部隊控制了制高點，少數暴亂分子躲到民房內，繼續向外面射擊，經過勸降和清剿，多數暴亂分子投降。9時50分，巴仁鄉武裝暴亂被平息。至此總共有上述6名暴亂分子在戰鬥中被擊斃。拒不投降的艾買提·買買提等50多名暴亂分子被擊潰。阿不都艾尼·吐爾遜等16名暴亂分子持槍逃走。
事後
暴亂平息後，阿不都艾尼·吐爾遜等16名暴亂分子持槍逃往崑崙山。武警部隊派出三個民族共23名官兵組成一支馬隊，進軍崑崙山，買買提·艾力是這支追剿分隊的總指揮。喀什地區、克孜勒蘇柯爾克孜自治州所屬各縣紛紛派出武警、公安幹警、民兵連配合圍堵暴亂分子。4月5日晚至4月7日凌晨，英吉沙縣武警、公安幹警、民兵連在龍甫鄉附近地區抓獲19名逃竄的暴亂分子，繳獲2匹馬、3枚土造手榴彈、30發子彈、1把刀、1060元人民幣現金，並且根據暴亂分子的供認，起獲一支埋藏起來的“五四”式手槍。1990年4月8日凌晨5時30分，買買提·艾力率領的追剿分隊沿小路南行。抵達河岔口時，出現三條方向不同的小路，買買提·艾力派出以艾尼·托乎提為首的偵察小組，發現暴亂分子在通往西南方向的土路上行走150米後，脫鞋趟過河，改向東南方向逃跑。追剿分隊向東南追到皮得力克村時，暴亂分子占據村內有利地形展開槍戰，戰鬥持續3個小時，6名“東突”分子被擊斃，3名被俘虜，其他幾名“東突”分子逃往更深的雪山。
1990年4月9日凌晨，追剿分隊向雪山深處進發，兩側都是絕壁，上方雲霧繚繞，溝底雪深無法行進，只能走絕壁上的一條小路。追剿分隊的戰士們跳下馬，忍著飢餓，在海拔4000餘米的雪山上爬行。4月9日晚19時30分，追剿分隊遭遇“東突”分子，隨即分為3個組進攻。“東突”分子占據了正面的山腰，前面是開闊地，以火力壓制追剿分隊。“東突”分子占據的山腰左側有一數百米的絕壁。追剿分隊的一名戰士和主動擔任嚮導的阿克陶縣武裝部翻譯阿迪力·伊敏（維吾爾族）從左側攀登上絕壁，向敵人掃射。翻譯阿迪力·伊敏在戰鬥中犧牲，成為平息巴仁鄉暴亂中犧牲的唯一一位維吾爾族烈士。這些“東突”分子迅速全部被擊斃或俘虜。到4月10日，參加巴仁鄉暴亂的“東突”分子全部被殲滅。在阿不都艾尼·吐爾遜等16名“東突”分子中，擊斃9名，俘虜7名。
巴仁鄉暴亂的規模和影響都比1980年代的分裂活動大得多，分裂分子實行武裝對抗，公開試圖推翻地方黨委、政府。巴仁鄉暴亂是1990年代新疆暴力恐怖活動的開端。
