一月
1月8日，沈有容全殲竄入台灣的倭寇。明朝將領沈有容率14艘戰船追擊7艘入侵的倭船，“倭破, 收泊大員”。
1月15日，“中國現代科學之父”徐光啟在南京由羅如望神父付洗，聖名保祿。
二月
2月12日，德川家康得天皇敕命，任左大臣，征夷大將軍，於江戶開設幕府。
四月
4月5日，伯茨凱被選為特蘭西瓦尼亞大公，兩個月後成為了匈牙利大公。
五月
5月30日，鍾祥發生5.5級地震。
八月
1603年8月，東印度公司在荷蘭出售了1200大捆來自中國的生絲，獲利225萬荷蘭盾。
1603年8月，泉州海水暴漲，溺死萬餘人。
九月
赫洛普科領導的由逃亡農奴和農民組成的起義軍一度活動於莫斯科附近。1603年9月，政府派遣重兵前往鎮壓。在首都附近的一次激戰中，起義軍遭到失敗，致使運動略有衰退。
中國歷史紀事
啟部議行條鞭法
萬曆三十一年（1603）四月十一日，戶部上疏請令有司奉行一條鞭法，既酌量徵收以充公費，不得僉派里長，挨月輪直，以滋苛刻。一、庫役不許僉派民間富戶充當。二、不許於預備倉庫僉編計級看管。三、條鞭所載供應上官及過往使客，俱有定額，不許分外巧立富民、義民名色，藉以供應。四、條鞭夫馬，歲有定額，輸銀在官，而雇役於民。不許遇夫馬緊急，再於糧上重納。五、不許以保甲人戶充迎送、色攝罪犯、打卯應差。六、不許省祭義民充勾攝管工承委之役。七、不許派民當行價值半給，支領衍期。八、不許有司於罰贖之外，橫肆科罪，折銀充索。九、征銀不許糧甲串同保歇吏書任意侵沒；征糧不許糧長串同吏書花戶任意折乾。官收官解，則嚴禁火面。十、通行江南直省府州縣，將一應田土查核見在戶名，征糧之日，先行開派，定限收納，拖欠者坐名查比，以免賠累。十一，凡內庫之生絹、闊布，俱照光祿寺料銀，供用庫麻、蠟，改從官解。戶部奏疏呈上，神宗可其請，令頒行。
冊封諸王
萬曆三十一年（1603）五月初七日，封蜀府奉爵為隆昌王，唐府器增為寶慶王，益府常漴為安義王，朱由（木玄）嗣羅川王，周府朱肅濛嗣柘城王，朱肅溱嗣瑞金王，朱在（予全）嗣鄢陵王。
南北大水成災
萬曆三十一年（1603）夏秋，南北各地相繼發生大水。六月二十八日，山東泰安州大水為災，淹死男女八百餘人，毀壞民舍數千區。七月二十三日，京師大雨，保定府祁州、安肅縣同時連降暴雨，頃刻水深尺余，拔樹折木、苗稼盡傷。其中，祁州因為大水，田舍俱沒，城垣倒圯。八月初四日，福建泉州府發生洪水，溺死萬餘人，毀壞民居不計其數。同月，該府同安縣颶風大作，暴雨隨至，海溢潮湧，沖壞民居、死人無數。
江北等地農民起義
萬曆三十一年（1603）中，江北地方及鄰近各省，因“災傷重大”，不斷發生饑民起義。同年九月十一日，鳳陽漕運巡撫李三才言：近來江北各處大風拔木，洪水滔天，饑民蜂起。徐州有趙古元起義，毫州李大榮起義，河南睢州則有楊思敬起義。
詔定福王歲祿
萬曆三十一年（1603）十一月初六日，神宗命令戶部：福王朱常洵每年祿米一萬石。今在京每年先支給三千石。鈔一萬貫。待正式到藩府之後，全數供給。
逝世
威廉·吉爾伯特3月24日，英格蘭女王伊莉莎白一世去世，蘇格蘭國王詹姆士六世繼承英格蘭王位，成為詹姆士一世。
11月30日，威廉·吉爾伯特逝世，英國物理學家。
馮琦逝世，馮琦（1558－1603），字用韞，又字琢庵，山東臨朐縣人。萬曆五年（1577）進士，改庶吉士，授編修，進侍講，充日講官，升少詹事，晉禮部右侍郎。
江鐸逝世，江鐸（？－1603），字士振，浙江仁和縣（今浙江杭州）人。萬曆二年（1574）進士，歷任刑部主事、兵部員外郎、福州知府、蘇松常鎮兵備、淮安監軍、揚州參政、山西按察使。播州楊應龍起兵反叛以後，川、貴騷動，湖廣震驚。廷議以楚地遼闊，非派重臣駐偏沅不能節制。遂添設偏沅巡撫一員，並特別任命江鐸為右僉都御史，巡撫偏沅。江鐸赴任以後，料理器具，指授方略，分布要害，鎮守險阻，一切事務皆不遺餘力。官軍平楊應龍後，以江鐸夾攻楊慶龍有功，蔭一子世襲錦衣指揮。遇母喪回家守制，再起參加討平皮林各寨苗民起義。萬曆三十一年九月二十八日死於家，贈兵部右侍郎。
孫坤逝世，孫坤（？－1603），河南睢州縣人，嘉靖四十一年（1565）進士，歷刑部主事、員外郎、山西僉事、陝西參議、副使、四川參政與按察使、布政使、太常卿。後以右副都御史巡撫湖廣，參加征剿苗民唐喬起事。萬曆十五年（1587），自陳致仕回家。三十一年十月初二日卒。
