1933年7月，中共山東臨時省委組織部長宋鳴時叛變，山東各地黨組織遭到嚴重破壞。、魯寶琦離開牟平，與黨組織失掉關係，便回到家鄉泰安，在范明樞、馮玉祥創辦的貧民國小任教務主任。中共山東省委重新建立後，魯寶琦才恢復了和黨組織的關係，並按省委指示，聯絡失散的黨員，臨時負責泰安黨的工作。
1937年，抗日戰爭爆發後，魯寶琦按省委書記黎玉的指示組成中共泰安縣臨時縣委並任書記。他與其他同志一起，．先後發動組織了“泰安縣各界抗敵後援會”、“泰安縣民眾抗日總動員委員會”、“泰安縣抗日救亡劇團”和“泰安人民抗敵自衛團”，並擔 任自衛團政治部主任。10月下旬，中共泰安縣委正式成立，魯寶琦任組織部長。12月31日，日寇侵占泰安城。魯寶琦等又帶領 60餘人參加了徂徠山抗日武裝起義。起義武裝組成“八路軍山東抗日游擊第四支隊”，魯寶琦任一中隊指導員。
1938年2月，魯寶琦受省委派遣，到夏村、蓖子店、省莊、舊縣等村聯絡同志，發動農民抗日積極分子組建了泰安獨立營，魯寶琦任教導員。1939年，魯寶琦調山東縱隊政治部任審訊科長。
1942年魯中軍區成立後，魯寶琦被派遣到泰山一帶敵占區搞敵偽軍情報和交通工作。為便於工作魯寶琦還兼任泰北縣委副書記、他經常活動於泰安、濟南一帶，整頓地下情報交通組織，還深入到泰安城內布置檢查工作，解決問題，使泰安情報交通聯絡站建立起了完整的組織機構，收集了大量情報，安全完成了對過路幹部的接應護送等任務。
1943年10月的一天魯寶琦和通信員到泰安城東與岱峰區中隊副隊長劉明交待工作，由於壞人告密，當夜在臥龍峪被泰安偽縣大隊包圍。突圍中，魯寶琦身中兩槍，傷勢嚴重，不幸被捕。
魯寶琦被捕後，任憑敵人百般折磨，始終堅強不屈，並拒絕飲食，拒絕治療，傷情急劇惡化，不幸於1943年10月20日犧牲，時年30歲。其遺體被掩埋在城東岱道庵村附近魯家老林。
