劇情
途徑玄武國，得知寒洛伯父勾結朱雀國，篡奪王位。實質是朱雀國企圖將戰線推進。寒洛隨同主角趕往女子國，請求援兵。在與白虎國，氐人國的幫助下，朱雀國戰敗而逃。白虎國決定乘勝追擊，眾人來到戰爭前線。在得知了戰爭真相後，主角決定直接潛入朱雀國。在地下宮殿中，發現朱雀帝正在釋放被封印的朱雀聖獸。在眾人與朱雀帝斗的兩敗俱傷的時候，一名青衣女子（青魃）出現，帶走了朱雀聖獸。原來，青龍聖者所說朱雀聖獸造成天象異常是錯誤的，實際是這名青衣女子想利用聖獸的力量解開自己的封印。
為了復仇，青魃在獲得真身之後將青龍，白虎，朱雀，玄武四國全部毀滅，並揚言在毀滅山海界後還將繼續毀滅軒轅界。主角在眾人幫助下，來到山海界中央地帶。打敗青魃，並讓青魃認識到自己的怨恨起於一場誤解。最後青魃自願接受封印。
原來逐鹿之戰的時候，青魃深愛黃帝，為了幫助他戰爭蚩尤，她偷來了軒轅劍，並為之消耗了自己的力量，導致戰爭結束後，青魃的體熱使一個地區乾旱不斷。黃帝為了整個軒轅界子民，用東皇鍾創造了新天地，忍痛將青魃與戰敗的炎帝部落一同移進去。隨後，青龍，白虎，朱雀，玄武也驅趕她，並將她封印，從此青魃誤以為自己付出全部卻得到這樣下場，決心復仇。
而普通結局在眾人進入朱雀國地下宮殿時開始，朱雀帝已經被皇甫暮雲和青魃打到，青魃正要解開朱雀聖獸封印，眾人前去阻攔。皇甫暮雲出於保護青魃，企圖武力阻止主角行動，卻遲遲不能下手。此時青魃打到皇甫，放出聖獸與大家決鬥。青魃戰敗身亡，皇甫為了報仇，邀約與主角單獨決鬥。最後同歸於盡。
按照《軒轅劍三外傳•天之痕》中一段對話的描寫，‘劍’、‘塔’曾有一度失去力量，無法恢復人形的例子，固尚未玩出隱藏結局的玩家，認為才是正統，但在隱藏結局中，劍塔都曾失去力量，塔是劍所殺，之後藉助鍾劍的力量重生，隨後劍為證明黃帝後悔的證據自毀，亦符合劍塔曾一度失去力量，固DOMO後來有言隱藏結局才是正統後續，唯一的迷團是盤古斧跟軒轅劍如何回去人間界。
經歷
主角經歷的山海界國家依次是：毛民國，氐人國，一目國，周饒國，青龍國，玄武國，女子國，白虎國，白民國，長臂國，厭火國，朱雀國，奇肱國。
