郭曉棠1938年冬黨的六屆六中全會之後，劉少奇化名“胡服”來到河南，在豫西省委舉辦的黨訓班上，作了《中共黨史》、《黨員修養》兩個報告。事後，由郭曉棠根據記錄將兩個報告整理成稿，首次發表在省委主辦的《前鋒報》上。
1939年初，中共河南省委成立，郭曉棠任常委、宣傳部長、統戰部長。次年4月代理省委書記。他在主持河南省委工作期間，先後根據中央領導朱德、彭德懷的指示，在貫徹白區工作方針、培訓游擊幹部、做好統戰工作等方面作了大量的工作，使河南的黨組織和黨員幹部在國民黨兩次反共高潮中，經受住了考驗，基本上保存了下來，並向華北、鄂中等敵後及延安輸送了一批黨員幹部。7月，根據中央指示，河南省委及部分區級幹部撤至延安。郭曉棠向中央匯報了河南黨的工作情況，並撰寫了《關於大後方反對頑固派的鬥爭經驗》，對白區黨的工作進行了總結。中央根據陳雲的建議，在中央政治局下設“白區與統戰工作小組委員會”，共3人，郭曉棠是其中之一。
1943年4月3日，在整風審乾中，康生硬把河南黨誣陷為“紅旗黨”，大搞逼供信，竟對王志傑、危拱之、郭曉棠等河南黨的主要負責人關押審訊，並停止組織生活，使他們蒙受不白之冤。郭曉棠親自寫了《上毛主席書》，為河南黨員幹部申辯。經過1944、1949年的甄別複議，1950年由中央組織部審查，中共中央批准，恢復了郭曉棠的黨籍。帥孟奇同他談話時，表揚了他在停止組織生活期間仍積極為黨工作的堅強黨性。
1969年3月11日，郭曉棠蒙冤去世，終年59歲。1978年12月21日，中共河南省委在鄭州為郭曉棠舉行追悼大會，陳雲、粟裕和省委、省革委、省軍區、省政協送了花圈。
