自孢囊

代表種多為灰燼小莢孢囊菌。 代表種為橘橙指孢囊菌。 代表種為橘橙動孢囊菌。

支持孢子囊的菌絲分枝。毛霉的孢囊梗多為細絲狀，水玉霉屬（pilobolus）等的孢囊梗是膨大的，成熟後變成具有彈射孢子囊作用的器官。小克銀漢霉屬（Cunninghamella）和笄霉屬的孢囊梗則呈頭狀。
放線菌目中特為形成小孢囊的放線菌而建立的1科。孢囊莢狀、指狀或棒狀,內含1～20個孢囊孢子，帶鞭毛者能運動，無鞭毛者不遊動。現含9屬。

　小莢孢囊菌屬

　棒狀或莢狀小孢囊著生在基內菌絲和氣生菌絲側面的短孢囊柄上,成熟孢囊長2～9微米,直徑1.3～3.6微米，內含1～5有時達6～7個孢子，無鞭毛，不遊動，孢囊壁薄，破裂釋放出孢囊孢子；細胞壁化學組份Ⅰ型，即以左旋二氨基庚二酸和甘氨酸為特徵性組份；DNA中的G+C克分子含量為68.6％。代表種多為灰燼小莢孢囊菌。

　鞘孢囊菌屬

　基內菌絲上形成莢狀，棒狀或梭狀小孢囊，單個或成叢；孢囊壁薄，通常含有3～5個單行不能遊動的孢囊孢子，有時就地萌發；氣生菌絲上形成分生孢子鏈,僅巴西鞘孢囊菌1種。國際上大多數人認為此屬應歸小莢孢囊菌屬。

　鏈異壁菌屬

　基內菌絲上形成渾圓、偶爾呈花生狀的孢囊,含1～4個或更多的孢子,成直行或V形排列,孢子卵圓形或桿狀；氣生菌絲形成長孢子鏈，偶爾形成菌核；細胞壁含內消旋二氨基庚二酸以及半乳糖、甘露糖和少量鼠李糖。只記述印度斯坦鏈異壁菌1種。

　間孢菌屬

　在基內菌絲或頂端形成孢囊，一般圓形、檸檬形，直徑5～15微米，內含1～20個孢囊孢子；孢子圓形或橢圓，直徑1～2微米，無鞭毛，不遊動；細胞壁化學組份Ⅰ型。代表種為禿裸間孢囊菌。

　北里氏菌屬

　在基內菌絲和氣生菌絲上形成棒狀孢囊、有短柄，其中成直行的少數球形、橢圓或柱形的孢囊孢子，時常連結成對，游離端單極生長鞭毛；氣生菌絲豐茂，有粗菌絲和細菌絲兩種類型；產氯黴素等抗生素。代表種為絳紅北里氏菌。

　指孢囊菌屬

　在基內菌絲的短孢囊柄上形成指狀孢囊，長4～6微米，寬1.0～1.2微米,含3～4個(有時5個)孢子，排成一直行；有的種孢囊長得多，可含10個左右孢子；孢囊孢子橢圓或桿狀，有鞭毛，能遊動；一般無氣生菌絲，如有也是直而短，可能是由不生孢子的孢囊所構成；細胞壁化學組份Ⅱ型，含阿拉伯糖和木糖。代表種為橘橙指孢囊菌。

　遊動單孢菌屬

　在長氣生菌絲上形成只含1個孢子的桿狀孢囊,有或無柄,時常成雙排列，狀如棕櫚葉；孢囊(3.5～4.5)×1.5微米,所含單個孢子大小几乎與孢囊相等，常周生鞭毛，能遊動；細胞壁化學組份Ⅲ型，以內消旋二氨基庚二酸為特徵性組分。代表種為排孢遊動單孢菌。

　遊動雙孢菌屬

　在氣生菌絲上形成含1縱對孢子的長桿狀孢囊,(6～8)×1.2微米，一般有短柄，單個或成叢；孢囊孢子桿狀，(1.0～1.2)×(2.6～4.0)微米，具固生鞭毛。細胞壁化學組份Ⅲ型。代表種為長孢遊動雙孢菌。

　動孢囊菌屬

　在基內菌絲側枝頂端形成含1個孢子的橢圓或棒狀孢囊;孢囊孢子卵或梨形,長1～2微米；帶極生鞭毛，能遊動；通常無氣生菌絲；細胞壁化學組份Ⅰ型，即以左旋二氨基庚二酸和甘氨酸為特徵組份，還含有少量賴氨酸以及木糖、阿拉伯糖和半乳糖。代表種為橘橙動孢囊菌。