簡介
生命系統發生樹生物分類學當中的三域系統是由CarlWoese在1990年提出的一種生物分類體系，將原核生物分成了兩大類，起初稱為真細菌(Eubacteria)和古細菌(Archaebacteria)。Woese依據16SrRNA序列上的差別，認為這兩類生物和真核生物一起從一個具有原始遺傳機制的共同祖先分別進化而來，因此將三者各置為一“域”(Domain)，作為比界高的分類系統，並分別命名為細菌域(Bacteria)、古菌域(Archaea)和真核域(Eukarya)。
分類
細菌域包括細菌、放線菌、藍細菌和各種除古菌以外的其他原核生物。
細菌（英文名：Bacteria）是生物的主要類群之一，屬於細菌域。細菌是所有生物中數量最多的一類，據估計，其總數約有5×10的30次方個。細菌的個體非常小，目前已知最小的細菌只有0.2微米長，因此大多只能在顯微鏡下看到它們。細菌一般是單細胞，細胞結構簡單，缺乏細胞核、細胞骨架以及膜狀胞器，例如粒線體和葉綠體。基於這些特徵，細菌屬於原核生物（Prokaryota）。原核生物中還有另一類生物稱做古細菌（Archaea），是科學家依據演化關係而另闢的類別。為了區別，本類生物也被稱做真細菌（Eubacteria）。
分布
細菌廣泛分布於土壤和水中，或著與其他生物共生。人體身上也帶有相當多的細菌。據估計，人體內及表皮上的細菌細胞總數約是人體細胞總數的十倍。此外，也有部分種類分布在極端的環境中，例如溫泉，甚至是放射性廢棄物中，它們被歸類為嗜極生物，其中最著名的種類之一是海棲熱袍菌（Thermotogamaritima），科學家是在義大利的一座海底火山中發現這種細菌的。然而，細菌的種類是如此之多，科學家研究過並命名的種類只占其中的小部份。細菌域下所有門中，只有約一半能在實驗室培養的種類。
營養方式
細菌的營養方式有自營及異營，其中異營的腐生細菌是生態系中重要的分解者，使碳循環能順利進行。部分細菌會進行固氮作用，使氮元素得以轉換為生物能利用的形式。細菌也對人類活動有很大的影響。一方面，細菌是許多疾病的病原體，包括肺結核、淋病、炭疽病、梅毒、鼠疫、砂眼等疾病都是由細菌所引發。然而，人類也時常利用細菌，例如乳酪及優酪乳的製作、部分抗生素的製造、廢水的處理等，都與細菌有關。在生物科技領域中，細菌有也著廣泛的運用。
