劇情簡介
精靈寶可夢：超級願望新的相遇，結識艾莉絲與神奇寶貝酒侍天桐的同時，各種各樣的邂逅，了解同伴的重要，在戰鬥中洋溢熾熱的友情，不斷成長。
角色介紹
| 小智（サトシ） 配音演員：松本梨香，汪世瑋 來自關都地方真新鎮的神奇寶貝訓練家。 最大的夢想是成為神奇寶貝大師.同夥伴皮卡丘一起繼續修行之旅,神奇寶貝的事情比誰都喜歡.討厭歪門邪道的事情。神奇寶貝戰鬥的風格屬於總是進攻的類型.不過也會有創意的閃光, |  小智（サトシ） |
| 皮卡丘（ピカチュウ） 配音演員：大谷育江 小智自故鄉真新鎮出發時得到的最初的神奇寶貝。 迄今為止，與小智共渡難關，經歷冒險，是小智最強的搭檔。在神奇寶貝戰鬥中有著不到最後決不放棄的強烈意志，對速度有絕對的信賴感。也有淘氣的一面。 |  皮卡丘 |
| 艾莉絲（アイリス） 配音演員：悠木碧，林美秀 喜歡爬樹，精通樹果，具有野生的行動力的女孩子。 因為某種原因，同龍系神奇寶貝牙牙一起旅行。 |  艾莉絲（アイリス） |
| 天桐（デント） 配音演員：宮野真守，于正昇 合眾地方最初的道館的道館訓練家。 以豐富的知識和經驗為基礎，能夠判斷訓練家和神奇寶貝的性格及相性，提出友好相處的建議，因此也是一名神奇寶貝酒侍。 |  天桐（デント） |
| 帕卡（パーカー） 配音演員：加藤將之 傑可羅拉群島郵輪的乘務員。 困難時刻與小智解釋，是小智強有力的夥伴。對於傑可羅拉群島什麼都知道。 |  帕卡 |
| 火箭隊（ロケット団） 目標是征服世界的邪惡組織。 在合眾地方捲土重來。以捕獲皮卡丘為目的，再次乘坐喵喵氣球出現在小智一行人身邊。他們的下一個目標是什麼？ |  火箭隊（ロケット団） |
| 紅豆杉博士（アララギ博士） 配音演員：進藤尚美，林美秀 合眾地方研究所的神奇寶貝博士。 有贈予新人神奇寶貝訓練家初學者神奇寶貝的任務。 |  紅豆杉博士（アララギ博士） |
| 大木博士（オーキド博士） 配音演員：石冢運升，孫中台 坐鎮關都地方真新鎮研究所，調查所有神奇寶貝生態的神奇寶貝研究的權威。 在各地的電視節目演出、被邀請公開演講，領袖人物的超凡魅力收到歡迎。 |  大木博士（オーキド博士） |
製作人員
劇集信息
各話目錄
第一季
| 編號 | 日文標題 | 中文標題 | 日本首播日期 |
|---|---|---|---|
| BW001 | イッシュ地方へ！ゼクロムの影！！ | 前往合眾地方！捷克羅姆的身影！！ | 2010年9月23日 |
| BW002 | アイリスとキバゴ！！ | 艾莉絲與牙牙！！ | 2010年9月23日 |
| BW003 | ミジュマル！メグロコ!危機一髪！！ | 水水獺！黑眼鱷！危在旦夕！！ | 2010年9月30日 |
| BW004 | バトルクラブ！謎のポケモン現る！！ | 對戰俱樂部！神秘的神奇寶貝現身！！ | 2010年10月7日 |
| BW005 | サンヨウジム！VSバオップ,ヒヤップ,ヤナップ！！ | 三曜道館！VS爆香猴、冷水猴、花椰猴！！ | 2010年10月14日 |
| BW006 | 夢の跡地！ムンナとムシャーナ！！ | 夢的遺址！食夢夢和夢夢蝕！！ | 2010年10月21日 |
| BW007 | ツタージャ·ゲットでメロメロ！？ | 藤藤蛇·迷人收服！？ | 2010年10月28日 |
| BW008 | ダルマッカとヒヒダルマ！時計塔の秘密！！ | 火紅不倒翁與達摩狒狒！鐘塔的秘密！！ | 2010年11月4日 |
| BW009 | ぺントラー暴走！キバゴを救え！！ | 蜈蚣王發飆！救出牙牙！！ | 2010年11月11日 |
| BW010 | ライバルバトル！強敵プルリル！！ | 勁敵對戰！強敵輕飄飄！！ | 2010年11月18日 |
| BW011 | イシズマイ！自分の家をとりもどせ！！ | 石居蟹！取回自己的家吧！！ | 2010年12月2日 |
| BW012 | ヤブクロン戦隊と秘密基地！？ | 破破袋戰隊與秘密基地！？ | 2010年12月9日 |
| BW013 | チラーミィはきれいずき！？ | 泡沫栗鼠有潔癖！？ | 2010年12月16日 |
| BW014 | シッポウシティー！博物館で大冒険！！ | 七寶市！博物館大冒險！！ | 2010年12月23日 |
| BW015 | シッポウジム戦！VSジムリーダー·アロエ！！ | 七寶道館賽！VS道館訓練家·蘆薈！！ | 2011年1月6日 |
| BW016 | 再戦シッポウジム！新技炸裂！！ | 再次挑戰七寶道館！新絕招爆發！！ | 2011年1月13日 |
| BW017 | ゴからかえったあばれん坊！！ | 從蛋中孵出的小霸王！！ | 2011年1月20日 |
| BW018 | ヤグルマの森！クルミルとアーティ！！ | 矢車森林！蟲寶包與亞堤！！ | 2011年1月27日 |
| BW019 | ソムリエ対決！イシズマイVSフタチマル！！ | 酒侍對決！石居蟹VS雙刃丸！！ | 2011年2月17日 |
| BW020 | ピカチュウVSメグロコVSコアルヒー！！ | 皮卡丘VS黑眼鱷VS鴨寶寶！！ | 2011年2月24日 |
| BW021 | スカイアローブリッジとゴチルゼル！！ | 天之箭橋與歌德小姐！！ | 2011年3月3日 |
| BW022 | ヒウンシティ！フシデパニック！！ | 飛雲市！百足蜈蚣恐慌！！ | 2011年3月10日 |
| * | ロケット団VSプラズマ団！-前編- | 火箭隊對電漿團！-前篇- | |
| * | ロケット団VSプラズマ団！-後編- | 火箭隊對電漿團！-後篇- | |
| BW023 | ヒウンジム戦！純情ハートの蟲ポケモンバトル！！ | 飛雲道館賽！純情之心的蟲系神奇寶貝對戰！！ | 2011年3月17日 |
| BW024 | かわいい顏に要注意！エモンガでシビレビレ！！ | 要小心可愛臉蛋！被導電飛鼠電到發麻！！ | 2011年3月24日 |
| BW025 | エモンガVSツタージャ！ボルトチェンジで大混亂！！ | 導電飛鼠VS藤藤蛇！交換伏特大混亂！！ | 2011年3月31日 |
| BW026 | ヒトモシ屋敷のこわ～い話！！ | 燭光靈大宅的恐～怖故事！！ | 2011年4月7日 |
| BW027 | ドラゴンマスターへの道！キバゴVSクリムガン！！ | 通往龍系大師之道！牙牙VS赤面龍！！ | 2011年4月14日 |
| BW028 | 消えたホタチ！ミジュマル最大の危機！！ | 消失的扇貝貝！水水獺最大的危機！！ | 2011年4月21日 |
| BW029 | 戀するモンメン風に乗って！！ | 戀愛中的木棉球乘風飛翔！！ | 2011年4月28日 |
| BW030 | リグレーと未確認飛行物體！！ | 小灰怪與不明飛行物體！！ | 2011年5月5日 |
| BW031 | ライバルバトル！バニプッチ、ドッコラー參戦！！ | 勁敵對戰！迷你冰、搬運小匠參戰！！ | 2011年5月12日 |
| BW032 | ガマガル、マッギョ！水辺の戦い！！ | 藍蟾蜍、泥巴魚！水邊的戰鬥！！ | 2011年5月19日 |
| BW033 | ドラゴンバスター登場！アイリスとドリュウズ！！ | 龍之破壞者登場！艾莉絲與龍頭地鼠！！ | 2011年5月26日 |
| BW034 | ダンゴロ！ラスターカノン発射せよ！！ | 石丸子！發射電炮光澤吧！！ | 2011年6月2日 |
| BW035 | ソムリエ探偵デント！タブンネ失蹤事件！！ | 酒侍偵探天桐！差不多娃娃失蹤事件！！ | 2011年6月9日 |
| BW036 | 化石復活！古代怪鳥アーケオス！！ | 化石復活！古代怪鳥始祖大鳥！！ | 2011年6月16日 |
| BW037 | 釣りソムリエ！デント登場！！ | 釣魚酒侍！天桐登場！！ | 2011年6月23日 |
| BW038 | ゾロア·ザ·ムービー！ポケモンナイトの伝說！！ | 索羅亞電影！神奇寶貝騎士傳說！！ | 2011年6月30日 |
| BW039 | 全員集合！ドンバトル！！ | 全體集合！東·喬治對戰！！ | 2011年7月7日 |
| BW040 | 熱闘ドンバトル！ツタージャVSコマタナ！！ | 激戰東·喬治對戰！藤藤蛇VS駒刀小兵！！ | 2011年7月21日 |
| BW041 | 白熱ドンバトル！エモンガVSダゲキ！！ | 火熱的東·喬治對戰！導電飛鼠VS打擊鬼！！ | 2011年8月4日 |
| BW042 | 決戦ドンバトル！サトシ対アイリス！！ | 決戰東·喬治對戰！小智對艾莉絲！！ | 2011年8月11日 |
| BW043 | ニャゴシエーター·ニャース！ズルズキン說得作戦！！ | 交涉喵·喵喵！頭巾混混說服作戰！！ | 2011年8月18日 |
| BW044 | チョロネコに御用心！ニャースとミジュマル！！ | 小心扒手貓！喵喵與小水獺！！ | 2011年8月25日 |
| BW045 | オーベムとダブランと夢泥棒！！ | 大宇怪與雙卵細胞球與夢境小偷！！ | 2011年9月1日 |
| BW046 | ニャゴシエーター·ニャース！ツンベアーの森を突破せよ！！ | 交涉喵·喵喵！突破凍原熊的森林吧！！ | 2011年9月8日 |
| BW047 | 激走！バトルサブウェイ！！（前篇） | 疾奔！對戰地下鐵！！（前篇） | 2011年9月15日 |
| BW048 | 激走！バトルサブウェイ！！（後篇） | 疾奔！對戰地下鐵！！（後篇） | 2011年9月15日 |
| BW049 | ジムリーダーはカリスマモデル！カミツレ登場！！ | 道館訓練家是超級模特兒！小菊兒登場！！ | 2011年9月22日 |
| BW050 | ライモンジム！華麗なる電撃バトル！！ | 雷文道館！華麗的電擊對戰！！ | 2011年9月29日 |
| BW051 | サトシ、デントVSサブウェイマスター！！ | 小智、天桐VS地下鐵總控官！！ | 2011年10月6日 |
| BW052 | サトシVSチャンピオン·アデク！！ | 小智VS冠軍·阿戴克！！ | 2011年10月13日 |
| BW053 | 虹の彼方へ！マラカッチでミュージカル！！ | 前往彩虹另一頭！街頭沙鈴的音樂劇！！ | 2011年10月27日 |
| BW054 | メブキジカ！春夏秋冬勢揃い！！ | 芽吹鹿！春夏秋冬全部到齊！！ | 2011年11月3日 |
| BW055 | ズルッグとわがままゴチム！！ | 滑頭小子與任性的哥德寶寶！！ | 2011年11月10日 |
| BW056 | アイリスとモノズ！育て屋修行！！ | 艾莉絲與單首龍！撫養家修行！！ | 2011年11月24日 |
| BW057 | 怪傑ア☆ギルダーVSフリージ男！！ | 敏捷☆戰士VS幾何雪男！！ | 2011年12月1日 |
| BW058 | デントとポッド兄弟バトル！バオップVSヤナップ！！ | 天桐與伯特，兄弟對決！爆香猴VS花椰猴！！ | 2011年12月8日 |
| BW059 | トルネロスVSボルトロスVSランドロス！！（前編） | 龍捲雲VS雷電雲VS土地雲！！（前篇） | 2011年12月15日 |
| BW060 | トルネロスVSボルトロスVSランドロス！！（後編） | 龍捲雲VS雷電雲VS土地雲！！（後篇） | 2011年12月22日 |
| BW061 | 地底のジム戦VSヤーコン！！ | 地底的道館賽VS菊老大！！ | 2012年1月5日 |
| BW062 | バチュル、デンチュラ！電気石の洞穴！！ | 電電蟲、電蜘蛛！電石洞穴！！ | 2012年1月12日 |
| BW063 | 通信交換進化！シュバルゴとアギルダー！！ | 通訊交換進化！騎士蝸牛與敏捷蟲！！ | 2012年1月19日 |
| BW064 | 黒き英雄の遺蹟！シンボラーとデスカーン！！ | 黑英雄的遺蹟！象徵鳥與死神棺！！ | 2012年1月26日 |
| BW065 | ダブルバトル！ピカチュウワルビルVSペンドラーガマゲロゲ！！ | 二對二對戰！皮卡丘·混混鱷VS蜈蚣王·蟾蜍王！！ | 2012年2月2日 |
| BW066 | アフロでGO！バッフロンはNO！！ | 爆炸頭GO！爆爆頭水牛NO！！ | 2012年2月16日 |
| BW067 | フキヨセジムのエアバトル！挑戦者デント！？ | 吹寄道館的空想對戰！挑戰者天桐！？ | 2012年2月23日 |
| BW068 | フキヨセジム！VSフウロ空中決戦！！ | 吹寄道館！VS風露空中決戰！！ | 2012年3月1日 |
| BW069 | 難関突破！天空の塔を登れ！！ | 突破難關！登上天空之塔！！ | 2012年3月8日 |
| BW070 | ドンナマイト開幕！ズルッグVSヤナッキー！！ | 東·喬治格鬥大會開幕！滑頭小子VS花椰猿！！ | 2012年3月15日 |
| BW071 | どんどん続くよドンナマイト！クリムガンVSキリキザン！！ | 不斷繼續吧東·喬治格鬥大會！赤面龍VS劈斬司令！！ | 2012年3月22日 |
| BW072 | 熱闘ドンナマイト！キリキザンVSエンブオー！！ | 激戰東·喬治格鬥大會！劈斬司令VS炎武王！！ | 2012年3月29日 |
| BW073 | 決戦ドンナマイト！ナゲキVSダゲキ！！ | 決戰東·喬治格鬥大會！投射鬼VS打擊鬼！！D/ | 2012年4月5日 |
| BW074 | キバゴ救出！アイアントの巣窟！！ | 救出牙牙！鐵蟻的巢穴！！ | 2012年4月12日 |
| BW075 | ネジ山の激闘！アバゴーラの奇蹟！！（前編） | 羅斯山的激戰！肋骨海龜的奇蹪！！（前篇） | 2012年4月19日 |
| BW076 | ネジ山の激闘！アバゴーラの奇蹟！！（後編） | 羅斯山的激戰！肋骨海龜的奇蹪！！（後篇） | 2012年4月26日 |
| BW077 | 炎のメモリー！ポカブVSエンブオー！！ | 炎之回憶！暖暖豬VS炎武王！！ | 2012年5月3日 |
| BW078 | ハチク登場！ウルガモスの聖なる山！！ | 哈奇庫登場！火神蟲的聖山！！ | 2012年5月10日 |
| BW079 | セッカジム戦！氷のバトルフィールド！！ | 雪花道館賽！冰之對戰場地！！ | 2012年5月17日 |
| BW080 | ポケモンソムリエ対決！テイスティングバトル！！ | 神奇寶貝酒侍對決！品評對戰！！ | 2012年5月24日 |
| BW081 | テッシード研究所！アイリスとバイバニラ！！ | 種子鐵球研究所！艾莉絲與雙倍多多冰！！ | 2012年5月31日 |
| BW082 | 映畫対決！出撃イッシュ防衛隊！！ | 電影對決！合眾防衛隊，出擊！！ | 2012年6月7日 |
| BW083 | 激闘タチワキジム！VSホミカ！！（前編） | 激戰立涌道館！VS霍米加！！（前篇） | 2012年6月14日 |
| BW084 | 激闘タチワキジム！VSホミカ！！（後編） | 激戰立涌道館！VS霍米加！！（後篇） | 2012年6月14日 |
第二季
| 編號 | 日文標題 | 中文標題 | 日本首播日期 |
|---|---|---|---|
| BW085 | 歌えメロエッタ！愛の鏇律！！ | 歌唱吧，美洛耶塔！愛的鏇律！！ | 2012年6月21日 |
| BW086 | ポッチャマVSヤナップ！華麗なるバトル！！ | 波加曼VS花椰猴！華麗的對戰！！ | 2012年6月28日 |
| BW087 | イワークの島でサバイバル！！ | 大岩蛇島野外求生！！ | 2012年7月5日 |
| BW088 | ソムリエ探偵デント！消えたクマシュンの謎！！ | 酒侍偵探天桐！消失的噴嚏熊之謎！！ | 2012年7月19日 |
| BW089 | アイリスと暴れ者カイリュー！！ | 艾莉絲與小霸王快龍！！ | 2012年7月26日 |
| BW090 | ジュニアカップ開幕！カイリューVSツンベアー！！ | 青少年杯開幕！快龍VS凍原熊！！ | 2012年8月2日 |
| BW091 | パワーバトル！アイリスVSヒカリ！！ | 力量對戰！艾莉絲VS小光！！ | 2012年8月23日 |
| BW092 | サトシ、アイリス、シューティー！最後のバトル！！ | 小智、艾莉絲、修帝！最後的對戰！！ | 2012年8月30日 |
| BW093 | 別れと出會いのジュニアカップ！！ | 道別與相遇的青少年杯！！ | 2012年9月6日 |
| BW094 | セイガイハジム戦！マンタインVSダイケンキ！！ | 青海波道館賽！巨翅飛魚VS大劍鬼！！ | 2012年9月13日 |
| BW095 | ポケモン保育園は大騒ぎ！ワシボンとバルチャイ！！ | 神奇寶貝幼稚園大騷動！毛頭小鷹與禿鷹小子！！ | 2012年9月20日 |
| BW096 | メロエッタと海底の神殿！！ | 美洛耶塔與海底的神殿！！ | 2012年9月27日 |
| BW097 | 霊獣フォルム総進撃！イッシュ最大の危機！！ | 靈獸形態合力進擊！合眾最大的危機！！ | 2012年10月4日 |
| BW098 | 世界一華麗なポケモン！？チラチーノVSツタージャ！！ | 世界上第一華麗的神奇寶貝！？奇諾栗鼠VS藤藤蛇！！ | 2012年10月11日 |
| BW099 | 大空と大地のタッグバトル！！ | 天空和大地的雙打對戰！！ | 2012年10月18日 |
| BW100 | アイリス、竜の里へ帰る！！ | 艾莉絲、回到龍之鄉！！ | 2012年10月25日 |
| BW101 | ソウリュウジム！アイリスVSシャガ！！ | 雙龍道館！艾莉絲VS夏卡！！ | 2012年11月8日 |
| BW102 | チームイーブイ出動せよ！ポケモンレスキュー隊！！ | 伊布隊出動！神奇寶貝救援隊！！ | 2012年11月15日 |
| BW103 | 開幕イッシュリーグ·ヒガキ大會！サトシ対シューティー！！ | 開幕合眾聯盟·檜垣大會！小智對修帝！！ | 2012年11月22日 |
| BW104 | 熱闘！ライバルバトルを勝ちぬけ！！ | 熱斗！從勁敵對戰中勝出！！ | 2012年11月29日 |
| BW105 | キバゴ迷子になる！！ | 牙牙！迷路走失了！！ | 2012年12月6日 |
| BW106 | ダゲキ登場！サトシ対ケニヤン！！ | 打擊鬼登場！小智對肯尼洋！！ | 2012年12月13日 |
| BW107 | サトシ対コテツ！秘密兵器サザンドラ！！ | 小智對虎徹！秘密武器三頭龍！！ | 2012年12月20日 |
| BW108 | 決著イッシュリーグ！ピカチュウ対ルカリオ！！ | 決戰合眾聯盟！皮卡丘對路卡利歐！！ | 2013年1月10日 |
| 編號 | 日文標題 | 中文標題 | 日本首播日期 |
|---|---|---|---|
| BW109 | アララギ研究所！新たなる旅立ち！！ | 紅豆杉研究所！展開新旅行！！ | 2013年1月17日 |
| BW110 | トモダチ…その名はN！！ | 朋友…他的名字是N！！ | 2013年1月24日 |
| BW111 | 新ジムリーダー·チェレン！！ | 新道館訓練家·黑連！！ | 2013年1月31日 |
| BW112 | アクロマVSハンサム！プラズマ団の陰謀！！ | 阿克羅瑪VS帥哥！電漿團的陰謀！！ | 2013年2月7日 |
| BW113 | 霧のサンギ牧場！デンリュウのあかり！！ | 霧之算木牧場！電龍的燈光！！ | 2013年2月14日 |
| BW114 | N再ひ！ウォ一グル救出作戦！！ | N再度登場！救出勇士鷹作戰！！ | 2013年2月21日 |
| BW115 | 急げ！ポケモン港岸救助隊！！ | 緊急出動！神奇寶貝海岸救援隊！！ | 2013年2月28日 |
| BW116 | 燃えよリザードン！VSカイリュー！！ | 燃燒吧噴火龍！VS快龍！！ | 2013年3月7日 |
| BW117 | プラズマ団の野望！操られたポケモンたち！！ | 電漿團的野心！被操縱的神奇寶貝們！！ | 2013年3月14日 |
| BW118 | Nの秘密…霧の彼方に！！ | N的秘密…在霧的遠方！！ | 2013年3月21日 |
| BW119 | ロケット団VSプラズマ団！ニャースとアクロマ！！ | 火箭隊VS電漿團！喵喵與阿克羅瑪！！ | 2013年3月28日 |
| BW120 | 白の遺蹟！サトシ対N！！ | 白之遺蹟！小智對N！！ | 2013年4月4日 |
| BW121 | プラスマ団襲撃！復活の儀式！！ | 電漿團襲擊！復活的儀式！！ | 2013年4月11日 |
| BW122 | レシラム対N！理想と真実の彼方へ！！ | 雷希拉姆對N！理想和真實的那一方！！ | 2013年4月18日 |
| 編號 | 日文標題 | 中文標題 | 日本首播日期 |
|---|---|---|---|
| BW123 | さらばイッシュ！新たなる船出！！ | 再見了合眾！新的乘船之旅！！ | 2013年4月25日 |
| BW124 | 甘いハニーミツには危険がいっぱい！！ | 香甜的三蜂蜜總是帶著危險！！ | 2013年5月2日 |
| BW125 | ソムリエ探偵デント！大海原の密室！！ | 酒侍偵探天桐！大海上的密室！！ | 2013年5月9日 |
| BW126 | さらばミジュマル！？ホタチキングへの道！！ | 再見了水水獺！？邁向扇貝貝王之路！！ | 2013年5月16日 |
| BW127 | 幻影の島！霧の中のゾロアーク！！ | 幻影之島！濃霧之中的索羅亞克！！ | 2013年5月23日 |
| BW128 | ロトムVSオーキド博士！！ | 洛托姆VS大木博士！！ | 2013年5月30日 |
| BW129 | デコロラ諸島の海賊王！！ | 傑可羅拉群島的海賊王！！ | 2013年6月6日 |
| BW130 | サトシと巴大蝶！また會う日まで！！ | 小智與巴大蝴！總有一天再見面！！ | 2013年6月13日 |
| BW131 | サトシと絕交するアイリス？別れのまっすぐな道！！ | 小智與艾莉絲絕交？離別的直路！！ | 2013年6月20日 |
| BW132 | ジラーチにお願いを！七日間の奇蹟！！ | 向基拉祈許願吧！七日的奇蹟！！ | 2013年6月27日 |
| BW133 | 発光のUFO！大宇怪の城！！ | 光之飛碟！大宇怪之城！！ | 2013年7月4日 |
| BW134 | パンジー登場！エリキテルとゴーゴート！！ | 三色堇登場！發電蜥與指路羊！！ | 2013年7月18日 |
| BW135 | お寶の謎！無人島アドベンチャー！！ | 寶藏之謎！無人島大冒險！！ | 2013年7月25日 |
| BW136 | イブキとアイリス！色ちがいクリムガン！！ | 小樁與艾莉絲！顏色不同的赤面龍！！ | 2013年8月1日 |
| BW137 | オンバーン登場！彗星と勇者の伝說！！ | 音波飛龍登場！彗星與勇者的傳說！！ | 2013年8月15日 |
| BW138 | ゴーゴーゴーゴート！！ | 前進吧！指路羊！！ | 2013年8月22日 |
| BW139 | エモンガ、ロケット団に入る！？ | 導電飛鼠、加入火箭隊！？ | 2013年9月5日 |
| BW140 | デントVS氷の挑戦者！サンヨウジムの危機！！ | 天桐VS冰之挑戰者！三曜道館的危機！！ | 2013年9月12日 |
| BW141 | ベストウィッシュ！また會う日まで！！ | 超級願望！直到再會的那一天！！ | 2013年9月19日 |
| BW142 | オレの夢、ポケモンマスター！！ | 我的夢想、神奇寶貝大師！！ | 2013年9月26日 |
| BW143 | デントとタケシ！ギャラドスのげきりん！！ | 天桐與小剛！暴鯉龍的龍鱗之怒！！ | 2013年10月3日 |
| BW144 | アイリスVSイブキ！ドラゴンマスターへの道!! | 艾莉絲VS小椿！通往龍系大師之路!! | 2014年3月27日 |
分集劇情
第1集前往合眾地方！捷克羅姆的身影！！
《精靈寶可夢：超級願望》劇照第2集艾莉絲與牙牙！
雖然皮卡丘身上發生的異變令人困惑，小智他們仍決定要在合眾地方旅行。首先是為了收服這個地方的寶貝而進入森林，然後就發現搖搖晃晃的草叢。急忙用圖鑑判別，結果顯示是「牙神奇寶貝」牙牙。小智馬上丟出神奇寶貝球要收服它！但是，神奇寶貝球擊中草叢後卻傳出人的聲音。接著，衝出來的並不是牙牙，是個女孩子。她叫做艾莉絲，而目標牙牙躲在她的頭髮里。
第3集水水獺！黑眼鱷！危在旦夕！！
小智首先以第一間道館的所在地三曜市為目標。接著，不知為何同行的艾莉絲，在路上遇到叫做阿丹的少年。他家好像在附近開設溫泉渡假旅館，有很自傲的沙浴的樣子。正當大家準備做沙浴的時候，周圍卻不斷冒出「沙漠鱷魚神奇寶貝」黑眼鱷！照阿丹的說法，它們平常非常溫順，會和訓練家一起享受沙浴。但是，這些黑眼鱷卻突然開始拚命的挖掘地面。在它們掀起的煙塵中出現的是，帶著墨鏡的黑眼鱷！無視於一旁驚訝的小智等人，它張開大嘴把皮卡丘與牙牙、以及偷偷跟來的水水獺帶走了。
第4集對戰俱樂部！神秘的神奇寶貝現身！！
朝著三曜市持續旅行的小智一行人，在途中經過的城鎮發現有趣的設施。那是被稱為“神奇寶貝對戰俱樂部”、讓訓練家可以自由對戰的場所。幹勁十足的小智猛衝進對戰俱樂部！出來迎接的是俱樂部的經理東·喬治。一番對談後，他很快就讓帶著合眾地方很少見的皮卡丘的小智上場。然後，對戰開始！但是，正準備一口氣發動攻擊取得先機的時候，刺耳的警報聲大作！似乎是有什麼人侵入倉庫的樣子。
第5集三曜道館VS爆香猴、冷水猴、花椰猴
終於到了三曜市！小智為了在合眾地方的第一場道館賽興奮不已，這時他面前出現一名叫做天桐的青年。天桐看到艾莉絲與牙牙相處融洽的樣子，判斷他們的適性很好。原來他具有“神奇寶貝酒侍”的資格，可以看出訓練家與神奇寶貝的適合度。因為難得遇到，於是一行人一邊聊一邊請他帶路到三曜道館。然後，眼前出現了期待已久的三曜道館。
第6集夢的遺址！食夢夢和夢夢蝕！！
結束道館賽，小智一行人來到神奇寶貝中心讓疲累的神奇寶貝復原。這時艾莉絲抱著牙牙急急忙忙衝進來！她懷中的牙牙發出淺淺的粉紅色光芒，沉沉昏睡。照她的說法，睡著的牙牙完全叫不起來！就在大家為這件事困惑的時候，一位帶著“食夢神奇寶貝”食夢夢的女性出現了！她叫做真菰博士，而且好像知道這種昏睡的原因。小智一行人為了解決這件事而衝出中心，卻看到驚人的景象！粉紅色光點從天而降，君莎小姐也發出緊急警告。
第7集藤藤蛇．迷人收服！？
小智、艾莉絲、天桐，決定一起旅行的3個人在森林裡休息時，“草蛇神奇寶貝”藤藤蛇出現，擅自吃起天桐做的蛋糕！皮卡丘急忙要去阻止它，卻莫名其妙地眼冒愛心！看來，似乎是重了藤藤蛇的“迷人”。擺出一副輕視模樣看皮卡丘的藤藤蛇，以敏捷的動作逃走。但是，因此燃起熊熊鬥志的小智，下定決心非收服它不可，於是開始緊追不捨。
第8集火紅不倒翁與達摩狒狒！鐘塔的秘密！
朝著下一個目的地前進的路途中，小智一行人與神奇寶貝在河邊吃午餐。正當大家和樂融融的用餐時，皮卡丘與牙牙的神奇寶貝食物不見了！正要找出是誰搞的鬼時，出現了2隻“不倒翁神奇寶貝”火紅不倒翁！它們使出“噴射火焰”甩開追上去的小智等人，一轉眼就逃跑了。雖然想抓它們，不過治療受傷的神奇寶貝比較重要，所以大家趕往神奇寶貝中心。可是，2隻火紅不倒翁居然出現在那裡，而且還再度搶走食物。
第9集蜈蚣王發飆！救出牙牙！！
艾莉絲與牙牙、天桐與花椰猴，相對的兩組人馬正在練習對戰！但是，面對目前還力量不足的牙牙，花椰猴也降低了絕招的威力。艾莉絲告訴牙牙慢慢變強就好了。牙牙最喜歡總是溫柔照顧自己的艾莉絲，於是決定去森林裡找樹果送她。然後，發現某棵高聳的樹上有似乎很美味的樹果！牙牙不理會急忙跑來阻止的皮卡丘，爬上了尖細的樹枝要摘樹果。就在只差一點點的時候，樹枝折斷讓它倒頭摔了下來，還落在"巨大蜈蚣神奇寶貝"蜈蚣王身上。
第10集勁敵對戰！強敵輕飄飄！！
以七寶道館為目標，繼續旅行的小智一行人，在路過的城鎮發現神奇寶貝對戰俱樂部！小智馬上就跑去找對戰對手。結果竟然發現修帝的資料！他立刻提出對戰要求，請東·喬治先生用實況轉播器聯絡修帝。為了意料外的再戰熱血沸騰的小智，與一如以往冷淡登場的修帝，展開5對5的對戰。小智派的第一隻是水水獺、修帝則選擇了“野鴿神奇寶貝”波波鴿。小智與水水獺利用扇貝貝進行獨創的攻擊，可是，修帝的波波鴿也不遑多讓的使出絕招。
第11集石居蟹！去奪回自己的房子吧！！
持續朝著七寶市旅行的小智一行人，在路途中遇見在切割岩石打造住居的「石居神奇寶貝」石居蟹。在他們觀察著這珍貴景象時，又新冒出了三隻石居蟹！其中一隻頂著特別大的石塊，就像是當中的老大一樣。這個老大看重的，就是石居蟹努力打造出來的家！下一刻，這3隻竟然一起攻擊石居蟹，奪走了它的石頭住家！目睹這種卑劣舉動的小智一行人，主動表示要幫石居蟹把家搶回來。石居蟹一開始還是很警戒，不過後來漸漸打開了心扉，接著作戰行動終於展開！到底會有何結果呢！？
第12集破破袋戰隊與秘密基地！？
《精靈寶可夢：超級願望》劇照第13集泡沫栗鼠有潔癖！？
小智一行人朝著七寶道館繼續旅行。途中突然冒出一名少女撞向他們！原來她叫白露，是紅豆杉博士拜託她來轉交東西給小智的。而轉交的物品則是徽章收集盒！但是，被收在包包底層的盒子沾滿灰塵、髒兮兮的。不過，拿到重要收集盒的小智還是很高興。可是他高高舉起的徽章收集盒突然從手中消失了！同時，有一隻「栗鼠神奇寶貝」泡沫栗鼠跑走！它口中就咬著重要的徽章收集盒！小智他們立刻慌張地追上去。兵荒馬亂的追逐戰，到底會怎麼樣呢！？
第14集七寶市！博物館大冒險！！
終於抵達七寶市的小智一行人，目標當然是在七寶道館獲勝、得到第二個徽章！大家與幹勁十足的小智一起前往七寶道館！可是，位於博物館的七寶道館門戶緊閉，而且看來不太對勁……正當小智準備進行確認、伸手要開門探看的時候，從一名男性發出慘叫、從長廊另一頭跑來！這名驚慌失措的男性叫做木立，是博物館的副館長，而他似乎被捲入了大麻煩。仔細詢問木立之後才知道，這座博物館似乎有如妖怪作祟，連續發生了奇妙的現象……
第15集七寶道館賽！VS道館訓練家．蘆蕙！
解決博物館奇妙謎團的小智一行人，見到了道館訓練家蘆蕙，終於要開始期待已久的道館賽！不過，要前往對戰場地，好像得要回答蘆蕙出的任務才行。雖然對意外的發展感到困惑，大家還是驚險過關！總算抵達對戰場地。使用一般系神奇寶貝的蘆蕙，高聲宣告要派出步哨鼠與小約克。向對手展現自己的陣容來觀察反應，似乎是七寶道館的風格。小智也緊握自己選好的2顆神奇寶貝球，接著，對戰賽開始！蘆蕙最初派出的「小狗神奇寶貝」小約克！小智則是派出暖暖豬。可是這場對戰賽，竟然出現難以置信的發展！
第16集再次挑戰七寶道館！新絕招爆發！！
賭上第2個徽章，與蘆蕙進行的道館賽。可是小智卻因為「吼叫」與「黑色眼光」這組聯合招式而敗下陣來。一心雪恥的小智，到對戰俱樂部接受東‧喬治的特訓。當然，暖暖豬與水水獺也一起受訓！小智首先與暖暖豬一起，為了對付蘆蕙的小約克那招強力「影子球」，進行閃躲球的特訓，接著是與水水獺一起下泳池，做逆流而上的特訓。他與學會新絕招的2隻神奇寶貝，再度前往七寶道館！可是，對手是身經百戰的道館訓練家。對戰賽出現意外的發展……
第17集蛋中孵出的小霸王！
之前幫助幼稚園老師由梨時得到的神奇寶貝蛋出現變化！大家對它一邊不斷搖晃又一邊發光的樣子興味盎然。尤其是牙牙，大概是很高興增加新同伴，特別熱心地一直觀察。就在閃爍速度變快，看來終於要孵化的時候，開心得手舞足蹈的牙牙竟然撞到了蛋！而蛋就以飛快的速度滾下斜坡！小智等人急忙追上去，可是不斷加速的蛋被石頭彈起，飛向空中了！這樣直接砸到地面的話蛋會破掉的！突然發生重大危機！到底會有什麼結果呢！？
第18集矢車森林！蟲寶包與亞堤！！
繼續踏上旅程，前往下一間道館所在地飛雲市的小智一行人，在矢車森林遇到一隻「裁縫神奇寶貝」蟲寶包。為了收服好強不認輸的蟲寶包，小智熱血沸騰地直接往森林深處沖！結果，大家在像迷宮一樣的森林裡迷路了！3人努力想要回到進森林的路，於是爬上高聳大樹找路。可是，小智沒有找到路，卻找到了吊在樹枝上的巨大樹葉堆！下一個瞬間，樹葉散開，飛雲道館的道館訓練家‧亞堤竟然颯爽現身！大家一邊談話一邊走入森林，就看到剛才見過的蟲寶包……
第19集酒侍對決！石居蟹VS雙刃丸！！
在前往飛雲道館的路上，躍入小智一行人眼帘中的，是新開幕的友好商店！興奮期待的往裡面一看，可以看到最裡面出現排隊人潮。看樣子，似乎是公認神奇寶貝酒侍，在那裡品評訓練家與神奇寶貝的樣子！很感興趣的小智一跑進去，就遇到一個女孩子。她的名字叫赤霞珠，據說確實具有公認的酒侍資格。小智讓她看自己最自豪的神奇寶貝。可是下一個瞬間，眯起眼睛、對著神奇寶貝圖鑑開口的赤霞珠，說出令人不敢置信的話……
第20集皮卡丘對黑眼鱷對鴨寶寶！！
小智與皮卡丘目前陪著從蛋里孵出來的滑頭小子進行特訓。就在打算休息一下吃午餐的時候，他們掉進隧道狀的洞穴里了！在抵達地點等著他們的，是以前見過的戴墨鏡黑眼鱷！它似乎是為了挑戰皮卡丘要求對戰，才會挖洞找大家來的。面對鬥志高昂的黑眼鱷，小智與皮卡丘決定答應對戰。可是，這時冒出一隻「水鳥神奇寶貝」鴨寶寶，搶走了黑眼鱷的墨鏡！其實這隻鴨寶寶超愛惡作劇，它接二連三地做出讓小智他們感到困擾的惡作劇，但是……
第21集天之箭橋與哥德小姐！
小智一行人抵達通往飛雲市的大橋「天之箭橋」，但是橋上卻起了霧、讓人看不清楚。無論如何都要趕著過橋的小智他們，毫不在意的開始過橋。這時候，「天體神奇寶貝」哥德小姐從霧中現身，出手攻擊他們！不得以之下，小智派出藤藤蛇應戰，四周卻突然被光線包圍，回神過來就發現大夥又回到橋下了。可是，周圍看起來卻不太對勁……在小智等人正感到不安的時候，一個叫莎麗的少女向他們打招呼！而帶著笑容跟在她身邊的，正是襲擊小智他們的哥德小姐！
第22集飛雲市！百足蜈蚣恐慌！！
總算抵達飛雲市了。當地不愧是被稱為合眾地方中心的城市，四處都是高聳的建築大廈。小智的目的當然是與亞堤進行道館賽……可是，在街上與一行人偶遇的亞堤卻說，現在有很掛心的事情，沒心思進行道館賽。問題就在，城裡的蟲系神奇寶貝們出現奇怪的反應。為了查明原因，小智他們展開共同行動，最後追到了地下水道。就在那裡，出現了一隻「蜈蚣神奇寶貝」百足蜈蚣。而且，它就像亞堤說的一樣，情緒躁動又顯出強烈的敵意。而這個變異，隱藏著令人恐懼的事實！！
第23集飛雲道館賽！
小光漂亮的晉級到第二次審查，接下來終於要進行華麗對戰賽！小光與神奇寶貝們都氣勢十足。這次是要以象牙豬、帕奇利茲搭檔配合，不斷特訓的「冰燦水晶燈」一決勝負。阻擋在小光面前的對手，是在第一次審查演出至今無人見過的強烈表演的烏拉拉！在興奮狂熱的會場，對戰開始！首先發動攻勢的，是順著高昂氣勢出手的烏拉拉。尖牙陸鯊與火精靈的組合招式爆發威力！相對於隨後一口氣趁勝追擊的烏拉拉，小光他們一直難以抓到機會扭轉情勢。要讓這種狀況逆轉，只能以大絕招放手一搏……究竟這場對戰，會由誰獲勝！？
第24集要小心可愛臉蛋被導電飛鼠電到發麻
在與白露同行前往雷文市的途中，「飛鼠神奇寶貝」導電飛鼠出現在小智一行人面前！導電飛鼠幫牙牙撿回樹果的可愛模樣，把神奇寶貝們都迷倒了。那可愛的模樣讓白露興奮不已，馬上決定要進行對戰收服它！可是，導電飛鼠在對戰中使用迷人讓對手無法戰鬥，直接逃走了。白露急急忙忙追上去，但是牙牙不知道為什麼也一起追過去了。它似乎是想要向幫了自己的導電飛鼠回禮。可是這隻導電飛鼠有著令人意想不到的秘密……
第25集導電飛鼠VS藤藤蛇交換伏特大混亂
艾莉絲才剛收服導電飛鼠，就馬上開始進行對戰特訓。可是，一開始和白露的泡沫栗鼠對戰，導電飛鼠就在沒有指示的狀況下使出「交換伏特」，和其他神奇寶貝交換！而且，它的交換伏特有點奇特，就連小智和天桐的神奇寶貝都被拉出來交換！躲在樹上高高興興看大家慌成一團的導電飛鼠，似乎很愛惡作劇的樣子。它使用迷人使喚異性神奇寶貝，又裝哭讓大家向它道歉，為所欲為！但是，有隻以銳利眼神觀察這一切的神奇寶貝……
第26集燭光靈大宅的恐～怖故事！
以雷文市為目的地，持續旅行的小智一行人，因為突然下起大雨而四處找地方躲雨。接著小智他們總算找到一棟在山丘上的洋房，決定進去休息一下。但是這時候，書架和花瓶自己動了起來，開始攻擊小智一行人！大家一邊逃命，一邊靠皮卡丘的十萬伏特勉強甩開攻擊。其實這是「蠟燭神奇寶貝」燭光靈搞的鬼！發現這點的小智等人，追問燭光靈這麼做的原因。而透過螢幕監視他們的人影是……這座宅第隱藏的恐怖秘密即將真相大白！
第27集通往龍之大師之道！牙牙對赤面龍！！
在牙牙與滑頭小子進行對戰特訓時，森林中傳來神奇寶貝的吼叫聲。那聲音是「洞穴神奇寶貝」赤面龍發出來的！它還突然使出集氣彈攻擊，讓小智一行人急忙閃避。這時候，有位追著赤面龍而來的訓練家。名叫艾咪的少女是赤面龍的訓練家，她似乎是跟丟了突然開始大鬧的赤面龍。對龍系神奇寶貝特別有興趣的艾莉絲靠近一看，發現赤面龍的腳上纏了粗重的鋼索。看來它是因為這樣才開始大鬧的。看到艾莉絲的應對方式，艾咪拜託她教導自己龍系神奇寶貝的養育方法……
第28集失的扇貝貝！水水獺最大的危機！！
朝雷文市繼續旅行的小智一行人，遇上帶著「帶電神奇寶貝」斑斑馬的訓練家‧甘尼洋要求對戰！自願在這場對戰中出場的，竟然是水系的水水獺！它幹勁十足，打算用自傲的扇貝貝把任何攻擊都打回去。水水獺在對戰剛開始的時候華麗的閃躲過電系絕招，但是在被斑斑馬威力強大的「連環腿」擊中時，重要的扇貝貝被打飛到很遠的地方去！水水獺與小智急忙跑去尋找，可是到處都找不到扇貝貝。失去最大的武器，讓水水獺啞然失色。為了鼓勵水水獺，小智等人開始尋找可以代替扇貝貝的東西，可是……
第29集戀愛中的木棉球乘風飛翔！
小智他們像往常一樣進行特訓，結果有一隻「棉球神奇寶貝」木棉球跑了出來。照天桐的說法，這個時期木棉球會集體行動，然後成雙成對的踏上旅程。這隻木棉球似乎是和團體走散了。可是他這樣是有理由的。滑頭小子在草叢的對面發現另一隻木棉球！看來最初遇到的木棉球，是因為喜歡上這一隻才追過來的。要得到芳心就得展現自己的堅強實力，這是木棉球的規矩。可是，最初遇到的那隻木棉球在對戰中被輕鬆打敗了。看到它後悔不甘的樣子，小智一行人決定幫忙進行對戰特訓……
第30集小灰怪與不明飛行物體！
為了準備應付前往雷文市的漫長旅程，小智一行人沉沉睡去休養生息時，突然有發出驚人光芒的神秘飛行物體飛過，那行動看來就像幽浮一樣……天亮之後，小智他們馬上四處打聽有關神秘飛行物體的情報，得知有位井守博士住在郊外的研究所。為了向他請教，大夥決定前往研究所，可是，到了門口的3人卻遇上不可思議的現象！腦中突然浮現從來沒有看過的影像！突然發生的事情讓大家感到不安，而且，有個在暗處觀察這狀況的身影。那是手上光點會不規則閃爍的「腦神奇寶貝」小灰怪……
第31集勁敵對戰！迷你冰、搬運小匠參戰！
小智一行人繼續旅行，在準備吃午餐的時候，意外遇到了帶著「新雪神奇寶貝」迷你冰，打算進行對戰收服藍蟾蜍的修帝！但是，小智打亂狀況，讓藍蟾蜍跑掉了。在修帝打算離開的時候，小智要求進行對戰。原本要拒絕的修帝，因為被艾莉絲笑他想逃走，答應進行3對3對戰！小智最先派出的是藤藤蛇！而修帝派出的是藤藤蛇的進化型，青藤蛇！第3次的勁敵對戰，會由誰獲勝！？
第32集藍蟾蜍、泥巴魚！水邊的戰鬥！！
在與修帝對戰時，小智發現到水水獺的意外弱點，那就是「在水中睜不開眼睛」。為了立刻開始特訓，它們來到一個大水池！小智將其他同伴交給艾莉絲照顧，陪著水水獺特訓，但是卻一直沒有成果。同一時間，艾莉絲放任神奇寶貝四處玩耍，可是滑頭小子竟然對躲在草叢中的「蘑菇神奇寶貝」寶貝球菇"使出鐵頭功！結果，生氣的寶貝球菇對大家噴出毒粉末，讓大家都中毒倒地！附近沒有神奇寶貝中心，在這種危急狀況下，能依靠的只有水水獺……最後到底會怎麼樣呢！？
第33集龍之破壞者登場艾莉絲與龍頭地鼠
在前往雷文市的旅途中，突然出現一名攔路挑釁的少女‧藍葛雷。她的目標是來自龍之鄉的艾莉絲！藍葛雷似乎是被稱為「龍之破壞者」的冰系訓練家，而且好像是為了與艾莉絲對戰而刻意埋伏等待。受到囂張挑釁讓艾莉絲非常憤怒，決定答應進行對戰！藍葛雷派出的是「結凍神奇寶貝」凍原熊。艾莉絲則是理所當然地選了牙牙應戰！可是，不只是適性不佳，遇上凍原熊壓倒性的力量，牙牙一下子就失去戰鬥能力。懊悔不已的艾莉絲，對小智他們說出了藏在心裡的想法……
第34集石丸子！發射電炮光澤吧！
繼續踏上旅程前往雷文市的小智一行人，在某座森林休息。這時候，冒出了一隻「地幔神奇寶貝」石丸子，而且大鬧一場！它的舉動挑起小智的收服意願，馬上派出水水獺、暖暖豬應戰，沒想到卻慘敗！最後還不得不到神奇寶貝中心去治療。石丸子看著一行人離去，而它會大鬧似乎是有原因的……結束治療後，大家與喬伊小姐聊天的時候，有位男性出現了。他好像是來為突然斷水的神奇寶貝中心維修管線。但是，建築物內都沒有問題，原因似乎出現洞窟的水源。而且，這個水源地似乎隱藏著不得了的秘密！！
第35集酒侍偵探天桐！差不多娃娃失蹤事件！
持續旅行的小智一行人，在濃霧瀰漫的森林中迷路了。這時眼前出現人影……大夥兒為了問路靠過去，才發現那是「聽力神奇寶貝」差不多娃娃！可是，它看起來不太對勁，完全無視小智他們，搖搖晃晃的走掉了。大家正急著要追上去時，君莎小姐卻像要攔路一樣的出現了。而且，她竟然還說要逮捕小智一行人！大家想盡辦法解開君莎小姐的誤會，向她打聽詳細的狀況。根據她的說法，城鎮裡各處的差不多娃娃都突然失蹤了！小智等人也決定協助處理這種異常狀態！可是，這個事件卻有著意想不到的結局！！
第36集化石復活！古代怪鳥始祖大鳥！
小智一行人，在某個城鎮與紅豆杉博士及真菰博士重逢。2位博士正打算以「羽之化石」讓「最古鳥神奇寶貝」始祖小鳥復活。將化石放入巨大機械中按下開關、靠夢夢蝕的能量將出力提高後，伴隨著機械中傳來的吵雜叫聲，一隻始祖小鳥出現了！只是，才剛醒過來、處於興奮狀態的始祖小鳥向各處胡亂使出「龍吸」！成功安撫始祖小鳥的是小智一行人。感情融洽的小智與始祖小鳥展開了飛上天的特訓，火箭隊卻在這時出現……
第37集釣魚酒侍‧天桐登場！
繼續旅行的小智一行人，又遇到那個很吵鬧的人物……被猛力撞上的小智，照例摔進了河中。一直鞠躬道歉的少女，原來是白露！她是為了報名參加附近城鎮的釣魚大賽而急著趕路。天桐一聽說這件事就徹底變臉！他似乎是熱愛釣魚到有了釣魚酒侍的別名。敗在幹勁十足的天桐的氣勢下，於是大家和白露一起去登記參賽。在河邊特別設定的會場裡，有一大群充滿活力的水系神奇寶貝！可是，這場釣魚大會隱藏了某個秘密…
第38集索羅亞電影！神奇寶貝騎士傳說！
小智他們在半路經過的電影院，有了驚人的邂逅！竟然有「惡狐神奇寶貝」索羅亞出現！訓練家路克總是用這隻愛變成電影女主角的索羅亞當主角拍電影，受到他的邀請，小智一行人也一起參加了電影拍攝！小智演出的，是為了解救索羅亞扮演的公主，勇敢對抗海盜天桐的神奇寶貝騎士！一邊為不習慣的演戲苦戰，一邊努力拍到了劇情高潮場景，也就是完成在傳說的龍之大師‧艾莉絲指導下的修行，終於要與天桐決戰的時刻！可是這時候，出現意想不到的人來搗亂，讓電影陷入作廢的危機……
第39集全體集合！東‧喬治對戰！
完成電影拍攝工作的小智一行人，為了參加東‧喬治主辦的「東‧喬治對戰」，與路克一起來到了雷文鎮。至今在旅途中遇到的訓練家們也都齊聚一堂！名字很容易叫錯的甘尼洋、神奇寶貝酒侍赤霞珠、龍之破壞者藍葛雷、吵吵鬧鬧的白露，還有勁敵‧修帝！而且連天桐、艾莉絲與路克都決定參賽，小智的鬥志飆到最高點！伴隨著東‧喬治的開賽宣言，對戰分組也陸續出爐。終於到了發表小智對戰對手的時候，螢幕上應出來的，竟然是……
40集激戰東‧喬治對戰藤藤蛇VS駒刀小兵
雷文鎮的「東‧喬治對戰」終於開始了。在神奇寶貝對戰俱樂部的東‧喬治所主辦的這場對戰錦標賽中，小智與碧霞珠展開對戰！大顯身手的藍蟾蜍讓小智漂亮的通過第一輪。但是，從天桐VS修帝、白露VS甘尼洋開始，第一輪就接連出現火熱的對戰！繼藍葛雷、安東尼、小智之後，能夠晉級第2輪的究竟是誰？接著發表的第2輪對戰分組，小智的對手出人意料的是！而藤藤蛇也面臨危機！？小智慧型夠扳倒強敵、順利的打入東‧喬治對戰的準決賽嗎？而最後獲勝的又會是誰……
第41集火熱的東喬治對戰導電飛鼠VS打擊鬼
雷文鎮神奇寶貝對戰俱樂部的東‧喬治舉辦了對戰錦標賽「東‧喬治對戰」。小智在第2輪與龍之破壞者‧藍葛雷展開激戰，被逼入走投無路的絕境。藍葛雷的駒刀小兵銳利的攻擊，讓小智的藤藤蛇苦於應對。小智慧型夠突破這個危機，晉級準決賽嗎！？隨後上場的是天桐VS路克、艾莉絲VS甘尼洋的對戰。天桐的泥巴魚與路克的燃燒蟲、艾莉絲的導電飛鼠與甘尼洋的打擊鬼火花四射的猛烈衝突！白熱化的對戰之後，贏得準決賽的人物，究竟是誰！？
第42集決戰東‧喬治對戰！小智對艾莉絲
東‧喬治舉辦了對戰錦標賽「東‧喬治對戰」。小智一路過關斬將，朝著決賽前進。接下來的準決賽第2場比賽是艾莉絲VS路克。艾莉絲的牙牙在大賽中初次參加對戰賽，路克的泥偶小人發出的連續攻擊令它束手無策，陷入只能閃躲逃避的危機。可是，牙牙在緊要關頭使出了新絕招，漂亮的逆轉擊敗路克的泥偶小人，讓艾莉絲拿下通往決賽的門票。到了決賽，小智與艾莉絲展開了熾烈的對戰！小智‧艾莉絲在決賽中會選擇什麼神奇寶貝！？稱霸命運之戰，成為東‧喬治對戰優勝者的到底是誰！？
第43集交涉喵‧喵喵頭巾混混說服作戰
小智他們為了達成得到第4個徽章的目標，繼續旅行前往下一間道館的所在地雷文市……可是，他們發現火箭隊的喵喵遍體鱗傷地倒在路邊。在小智等人的治療下，喵喵恢復了意識。喵喵說，它是因為執行任務失敗而被總部宣布開除，與武藏、小次郎分道揚鑣，身心俱疲的四處流浪。看到喵喵這個樣子，小智、艾莉絲與天桐提議要它跟大家一起旅行。喵喵也決定答應不再做壞事的約定，加入他們旅行。這時候，牙牙被頭巾混混綁走了！？
第44集小心扒手貓！喵喵與水水獺！！
因緣際會下開始與喵喵一起旅行的小智他們，遇上了一隻扒手貓。一眼就被「刁蠻神奇寶貝」扒手貓的可愛模樣迷倒，喵喵與水水獺竟然為了吸引扒手貓的注意，展開了追求大戰。扒手貓則對它們表示自己的朋友被困在洞窟，拜託它們前去幫忙。以前曾經在扒手貓手下吃過苦頭的天桐，表明了他不信任對方的立場。但是，小智和艾莉絲還有喵喵和水水獺相信扒手貓，決定跟著它到洞窟去！？
第45集大宇怪與雙卵細胞球與夢境小偷！！
小智一行人帶著喵喵這個新成員，一起前往雷文市。因為天色暗了下來，一行人開始準備露營，喵喵則去尋找適合當柴火的樹枝。在喵喵找不太到適當枯枝的時候，「腦神奇寶貝」大宇怪出現，送給它一整捆木柴。大宇怪表示「可以幫大家實現任何願望」，提供了現在正缺少的食材。看到這情景，天桐說出了希望在度假飯店套房好好睡一覺的願望。跟著大宇怪走的小智一行人，在應該什麼都沒有的森林中找到一家氣派的度假飯店。雖然感到不可思議，他們還是住了下來，可是……
第46集交涉喵‧喵喵！突破凍原熊的森林吧
在前往雷文市的途中，小智一行人來到了某座山上。當他們在因為暴風雨而一片混亂的山路上前進時，發現了倒在路邊的「結冰神奇寶貝」噴嚏熊。為了讓噴嚏熊回復體力，大家分頭去找食物，但是就在終於找到樹果時，「結凍神奇寶貝」凍原熊出現了。喵喵以交涉喵的身分介入，想要安撫激動的凍原熊，可是凍原熊卻毫不留情地使出「凍風」攻擊過來。在山林保全官克力弗的神奇寶貝「武術神奇寶貝」功夫鼬幫忙下，驚險逃過一劫的他們，能夠順利讓噴嚏熊回到原本的族群嗎！？
第47集疾奔！對戰地下鐵！（前篇）
抵達雷文市的一行人，搭乘地下鐵前往神奇寶貝中心。天桐這個地下鐵酒侍興奮不已地凝視著駕駛座，但是列車卻突然緊急停車。往窗外一看，隔壁的軌道上有從未見過的車型駛過。他們在查探時，與管理雷文市地下鐵的地下鐵總控官北尚、南廈會合。根據兩人的說法，最近出現了不在時刻表上的「幽靈列車」。雖然很在意幽靈列車的真面目，一行人還是前往神奇寶貝中心。聽說提供了平常的神奇寶貝中心沒有的，讓神奇寶貝身心都獲得療愈的特別服務，小智一行人決定把所有神奇寶貝都寄放在這，結果卻是！？
第48集疾奔！對戰地下鐵！（後篇）
抵達雷文市的一行人，搭乘地下鐵前往神奇寶貝中心。天桐這個地下鐵酒侍興奮不已地凝視著駕駛座，但是列車卻突然緊急停車。往窗外一看，隔壁的軌道上有從未見過的車型駛過。他們在查探時，與管理雷文市地下鐵的地下鐵總控官北尚、南廈會合。根據兩人的說法，最近出現了不在時刻表上的「幽靈列車」。雖然很在意幽靈列車的真面目，一行人還是前往神奇寶貝中心。聽說提供了平常的神奇寶貝中心沒有的，讓神奇寶貝身心都獲得療愈的特別服務，小智一行人決定把所有神奇寶貝都寄放在這，結果卻是！？
第49集道館訓練家是超級模特兒！小菊兒登場！
小智等人為了得到第4個徽章，與白露來到雷文道館。雷文道館的道館訓練家，是使用電系神奇寶貝的當紅模特兒小菊兒。白露馬上就要求進行道館賽，沒想到到了對戰場地，卻發現白露的父親已經等在那裡要帶她回家。白露試著說服父親讓她繼續旅行，但是她父親卻完全聽不進去。這時候，小菊兒提議進行道館賽，讓白露的父親看看她有多少成長。接著白露答應了父親的條件，只要在與小菊兒的道館賽中輸了就會回家。於是，小菊兒的「雷電神奇寶貝」雷電斑馬與白露的「蝸牛神奇寶貝」小嘴蝸展開火熱的對戰。
第50集雷文道館！華麗的電擊對戰！！
小智在與小菊兒進行道館賽之前苦思對策。為了對抗小菊兒強大的電系神奇寶貝，他決定跳過難以讓小菊兒的神奇寶貝受到損傷的皮卡丘，另外挑選道館賽成員。這讓幹勁十足的皮卡丘感到不滿。接著，道館賽開始。面對小菊兒的「雷電神奇寶貝」雷電斑馬，小智派出"震動神奇寶貝"藍蟾蜍對抗。具有地上系屬性的藍蟾蜍讓雷電斑馬的電系絕招失效。藍蟾蜍就像小智預料的一樣，打贏了雷電斑馬。可是，面對下一個對手「飛鼠神奇寶貝」導電飛鼠，在第一場比賽消耗不少體力的藍蟾蜍似乎開始顯露疲態！？
第51集小智、天桐對地下鐵總控官！
打完道館賽的小智一行人，決定靠參觀雷文市來打發到吊橋修好為止的一天時間。地下鐵酒侍天桐決定去搭地下鐵，參加只要集滿戳章就可以與地下鐵總控官比賽的地下鐵印章計畫。另一方面，小智與艾莉絲則是選擇四處觀光，大家各自活動度過這一天。到大競技場觀看比賽，還去欣賞音樂劇等等，小智他們在雷文市到處參觀遊玩。不過，他們發現了一隻走失的「牙神奇寶貝」牙牙，於是決定幫它找到主人。另外，正在參加地下鐵印章計畫的天桐，遇見了一名據說與重要朋友走散的少女，開始幫她一起找那個朋友。小智與艾莉絲、還有天桐能夠找到他們各自要找的人嗎！？
第52集小智對冠軍‧阿戴克！
正要離開雷文市，前往帆巴道館的小智一行人，在表演者街道上遇見了勁敵修帝。據說他是因為小時候見過合眾聯盟的冠軍阿戴克，才決心以阿戴克為目標，成為強大的神奇寶貝訓練家。修帝是聽到阿戴克最近會出現在這附近的傳聞，才到這裡來找人的。接著，見到阿戴克的小智與修帝立刻就要求和他進行對戰。與冠軍阿戴克的對戰就此開始，為了對抗阿戴克的「撞頭牛神奇寶貝」爆爆頭水牛，小智派出最強的搭檔皮卡丘挑戰，可是……
第53集前往彩虹另一頭！街頭沙鈴的音樂劇
朝著帆巴市持續旅行的小智一行人，在某著城鎮遇到正在練舞的「仙人掌」神奇寶貝街頭沙鈴「街頭沙鈴三重奏」以及它們的訓練家。托比歐與「街頭沙鈴三重奏」想要報名神奇寶貝音樂劇的試鏡大會，為了測試實力，他們要參加這城鎮的神奇寶貝表演大會。為了得到優勝，托比歐他們不斷練習舞蹈結束前的大絕招，可是卻不順利，看到這種情況，小智他們決定一起幫忙，結果卻是！？
第54集芽吹鹿！春夏秋冬全部到齊!!
要前往帆巴市的小智一行人，在途中經過的神奇寶貝中心，遇到專門拍攝神奇寶貝的「神奇寶貝攝影師」羅伯特。他讓小智等人看了一張同為神奇寶貝攝影師的祖父拍的照片，那上面出現了有著四季不同姿態的「季節神奇寶貝」芽吹鹿齊聚的景象。羅伯特決心要找到祖父去過的地方，拍到春夏秋冬四種型態的芽吹鹿聚集在一起的照片。聽到他這種決心，小智等人也決定跟羅伯特一起去找不同外貌的芽吹鹿聚集的地方……
第55集滑頭小子與任性的哥德寶寶！
在前往帆巴市的途中，小智他們遇到一隻哥德寶寶與它的訓練家小春，可是小春是個對任性的「凝視神奇寶貝」哥德寶寶言聽計從的訓練家。因為哥德寶寶很喜歡小智的滑頭小子，讓小春拚命地要求小智把滑頭小子讓給她。小春一直要求用自己手邊的神奇寶貝和小智交換滑頭小子，可是一直遭到拒絕。之後她提出以對戰決定的要求，沉不住氣的小智被挑釁成功，答應小春進行對戰，展開一場滑頭小子爭奪戰。滑頭小子將有什麼樣的命運呢！？
第56集艾莉絲與單首龍！撫養家修行!!
繼續旅行前往帆巴市的小智一行人，在途中遇到神奇寶貝撫養家波比與3隻「粗魯神奇寶貝」單首龍。這3隻單首龍是第一次被託付給撫養家照顧，所以想逃走去找訓練家。為了幫助沒有照顧過龍系神奇寶貝的波比，來自龍之鄉的艾莉絲主動說要幫忙，小智他們也決定從旁協助。一群人便立刻開始照顧神奇寶貝，可是其中一隻特別怕生，自從被託付給撫養家之後就不吃飯、心情低落的單首龍讓大家陷入苦戰。艾莉絲努力想與它交心，只是最後的結果會如何發展呢！？
第57集敏捷☆戰士對幾何雪男！
抵達帆巴市的小智一行人，立刻前往帆巴道館要進行道館賽。可是，道館訓練家菊老大似乎正忙著處理事情。在等待道館開門的時間，決定到帆巴市場逛逛的一行人，遇到了機車騎士查爾斯與他的搭檔「去殼神奇寶貝」敏捷蟲，並且在他們帶領下四處參觀。在大家逛街的時候遇到了小偷，這時當地的英雄"敏捷☆戰士"與敏捷蟲現身，幫忙逮捕了犯人。小智因此成了"敏捷☆戰士"迷。聽查爾斯說敏捷☆戰士晚上可能出現在港口的倉庫街，小智決定去倉庫街找他，可是！？
第58集天桐與伯特兄弟對決爆香猴VS花椰猴!!
為了準備與帆巴道館的菊老大進行道館賽，小智正勤於特訓。可是，天桐的兄弟，也是三曜道館道館訓練家之一的伯特出現了。伯特說想看看天桐修行的成果，突然要求進行神奇寶貝對戰。兄弟對戰就此開始。伯特派出搭檔「高溫」神奇寶貝爆香猴，天桐則是以「草猴」神奇寶貝花椰猴迎戰，並且漂亮地獲勝。把敗戰責任推到爆香猴身上的伯特，卻在被眾人責備之後負氣跑走。原來，伯特是因為遇上身為道館訓練家的對戰瓶頸，在與寇恩吵架之後離家出走了！？
第59集龍捲雲VS雷電雲VS土地雲！（前篇）
菊老大說只要有復活之草就考慮進行對戰，於是小智一行人立刻出發前往三雲島。抵達島上後，他們見到了藉助搭檔「花飾」神奇寶貝裙兒小姐幫忙，專門採摘復活之草的青年尤特。根據尤特的說法，最近可能是因為三雲島的土地變得貧瘠，草系神奇寶貝都失去活力，甚至連復活之草都枯萎了。尤特與小智一行人遵照三雲島的傳說，為了向豐穰之神土地雲祈願，舉行了祈雨儀式，可是這時風之神龍捲雲卻突然出現！？
第60集龍捲雲VS雷電雲VS土地雲！（後篇）
為了得到復活之草，小智一行人開始進行向豐穰之神土地雲祈願的祈雨儀式。可是，出現的卻不是土地雲，而是讓整座島陷入嚴重混亂的風之神龍捲雲與雷之神雷電雲！具有避邪作用的石碑楔石，遭到了不名人士破壞！為了平息兩隻神奇寶貝的戰鬥，小智等人努力召喚出了土地雲，可是在戰鬥當中，牙牙與哥德小童都受了重傷。而且火箭隊竟然還想捕捉因為戰鬥而耗盡體力的雷電雲、龍捲雲和土地雲這3隻傳說的神奇寶貝！？
第61集地底的道館賽！VS菊老大！
在三雲島順利取得復活之草的小智一行人，終於可以和帆巴道館的道館訓練家菊老大進行道館賽了。從小就與神奇寶貝一同挖掘礦山的菊老大，對於以「地上」系神奇寶貝為主的力量行對戰充滿自信。接著道館賽開始。菊老大的第一隻是「沙漠鱷魚」神奇寶貝混混鱷。小智則是派出「海獺」神奇寶貝水水獺進行挑戰。雖然水水獺勇敢的施展噴射水柱進攻，卻因為混混鱷的沙雹，眼睛進了沙子。之後，混混鱷對無法準確使出絕招的水水獺發動猛攻。正當大家以為毫無勝算的時候，小智想到的作戰方式是什麼呢？
第62集電電蟲，電蜘蛛！電石洞穴！
小智一行人繼續旅行前往吹寄市，可是皮卡丘卻在半路上，被「黏住」神奇寶貝電電蟲吸走電力。想要幫助皮卡丘的泥巴魚與導電飛鼠也同樣被吸走電力，造成體力嚴重耗損。為了救助3隻神奇寶貝，立刻趕往神奇寶貝中心的眾人，從喬伊小姐口中得知那一帶本來是沒有電電蟲的。正當大家感到不可思議時，白露急急忙忙衝進來撞到小智。原來她正趕著要與紅豆杉博士聯絡。白露總算連絡上人在電石洞穴的博士，可是實況轉播器的通訊卻突然中斷了。看來是博士所在的洞穴里停電了……
第63集通訊交換進化！騎士蝸牛和敏捷蟲！！
小智他們見證了白露的「蝸牛」神奇寶貝小嘴蝸，與紅豆杉博士的「啃咬」神奇寶貝蓋蓋蟲進行通訊交換的時刻。可是白露的小嘴蝸性格膽怯，就算在交換前進行對戰也是被個性積極的蓋蓋蟲壓著打，感覺並不順利。之後，終於開始進行通訊交換！小嘴蝸進化成「去殼」神奇寶貝敏捷蟲，蓋蓋重則是進化成「騎兵」神奇寶貝騎士蝸牛！！可是，來到白露身邊的騎士蝸牛與小嘴蝸的時候完全不同，變得很有攻擊性，更加難以控制。這時候，紅豆杉博士提議要與小智、天桐進行雙打對戰……
第64集黑英雄的遺蹟！象徵鳥與死神棺！！
繼續旅行前往吹寄市的小智一行人，遇上了傳說中的神奇寶貝研究者?紅豆杉博士的父親。小智他們聽說博士說在附近找到了過去英雄與被稱為傳說的神奇寶貝?捷克羅姆交流的遺蹟，現在正要去探查，也拜託他帶大家一起去。不過，遺蹟似乎是個被古人設定了無數陷阱的危險場所。接下來，才正開始四處探索，就突然遭到遺蹟的守護神「化獸鳥」神奇寶貝象徵鳥攻擊！小智他們驚險地逃進放在大房間裡的棺材，可是那裡竟然冒出了「棺木」神奇寶貝死神棺…而且艾莉絲變成木乃伊了！？究竟小智他們能不能平安逃離遺蹟呢！？
第65集標題：雙人對戰！皮卡丘，混混鱷對蜈蚣王，蟾蜍王！！
帶著墨鏡的混混鱷突然出現在小智等人面前。原來，竟然是把皮卡丘當成對手的混混鱷一路追著小智他們來了！這時候，在鎮上遇見的少年尼克，拜託小智把皮卡丘借他。問了之後才知道，因為朋友格蘭要求進行神奇寶貝對戰，可是還不是訓練家的他沒有神奇寶貝。另一方面，格蘭則是要求另一個朋友賽恩去借他父親的神奇寶貝蜈蚣王與蟾蜍王。小智答應借出皮卡丘，可是…還需要一隻神奇寶貝。這時，混混鱷主動說要參戰。皮卡丘與混混鱷的組合，到底會有什麼結果？
第66集爆炸頭GO！爆爆頭水牛NO！！
旅途中在森林裡迷路時，暖暖豬與水水獺吵了起來。這時候，小智一行人突然遭到「撞頭牛」神奇寶貝爆爆頭水牛攻擊。雖然勉強逃過一劫，可是艾莉絲、暖暖豬、水水獺、藤藤蛇與牙牙他們，和小智等人走散了。艾莉絲他們遇到來巡邏的喬伊小姐與差不多娃娃，得知自己闖進了爆爆頭水牛的棲息地。而且爆爆頭水牛具有將侵入者視為敵人攻擊的習性。為了避免遭到攻擊，喬伊小姐提供了爆炸頭假髮讓大家戴上……大家看到彼此戴上假髮的樣子後開始互相取笑，結果暖暖豬與水水獺又吵了起來。被捲入爭吵的牙牙被打飛弄丟了假髮，卻也彈到了爆爆頭水牛的頭上！牙牙會怎麼樣呢！？
第67集吹寄道館的空想對戰！挑戰者天桐！？
小智一行人終於抵達吹寄市了。他們前往吹寄道館找到館訓練家風露，可是道館卻是採取預約制。聽說這裡的對戰是採用空想對戰的方式，小智馬上就預約了下午的名額。接著就先觀察早上的道館賽狀況。沒想到，空想對戰是展示出彼此要派出的神奇寶貝，在風露的腦袋中進行模擬對戰，不實際對戰就由她判定結果！看到風露一口氣處理完15位挑戰者的對戰要求，深感憤怒的天桐認為「同樣身為道館訓練家的我絕對不認同！」於是要求和風露進行道館賽。風露回應天桐「道館賽不比不知道結果」的說法，開始進行實際對戰，然而！？
第68集吹寄道館VS風露！空中決戰
天桐努力說服卻毫無成效，風露還是對空想對戰充滿自信。同樣對空想對戰懷有疑問的小智要求挑戰道館賽。面對小智的波波鴿，風露派出了波波鴿的進化型轟隆雉雞迎擊！這場比速度的空中戰，雙方展開一進一退的攻防拉鋸。雖然喚回顯露疲態的波波鴿，換上皮卡丘應戰，可是電系絕招卻悉數遭到封鎖！面對風露的王牌神奇寶貝「首席天鵝」，波波鴿已經喘不過氣…此時，波波鴿出現異狀！飛行系神奇寶貝之間的對戰將有何結果！？究竟最後，小智慧型得到第六個徽章嗎！？
第69集突破難關！登上天空之塔！
要前往雪花市的小智一行人，偶然地與肯尼洋重逢，並且知道了「許願鍾祭典」的事情，決定全體一起參加。這個祭典是要與一隻神奇寶貝組隊，通過各種競技考驗。優勝者可以得到權利，敲響據說能「實現任何願望」的「許願鍾」。小智與皮卡丘也鬥志滿滿的要得到優勝。他們立刻開始尋找借物競賽需要的「雷之石」，可是皮卡丘碰到的話就會進化！？在模仿大會上，艾莉絲變成紅豆杉博士！？天桐雖然完美的變身為小菊兒卻被倒喝采！？突破無數難關、怪問題的小智等人背後，突然冒出帶著"腦"神奇寶貝小灰怪的超能力者?禮二……
第70集東喬治格鬥大會開幕！滑頭小子對花椰猿
小智一行人參加了在某格鎮舉行的對戰大會「東喬治格鬥大會。肯尼洋、白露、修帝及藍葛雷這些熟悉的勁敵接連表明參戰，開始迸出激烈的火花。「東喬治格鬥大會」的主辦者是神奇寶貝對戰俱樂部的主人東?喬治。因為是以肉搏戰出名的格鬥大會，小智決定選擇格鬥系的滑頭小子當搭檔。第一輪當中，小智他們與亞奇的花椰猿展開激戰！但是滑頭小子因為飛膝撞失敗而動彈不得，陷入危機！花椰猿不斷使出低空踢，滑頭小子接連遭受痛擊，倒在對戰場地上了。恐怕就到此為止了……當每個人都這麼想的時候，滑頭小子受到小智鼓勵，靠毅力站起來了！接著，這時候竟然發生異變！？
第71集不斷繼續吧，東喬治格鬥大會！赤面龍vs劈斬司令！！
神奇寶貝對戰俱樂部的東?喬治，舉辦了對戰錦標賽「東喬治格鬥大會」。火熱的第一輪比賽，艾莉絲選擇了龍頭地鼠當搭檔，迎戰神奇寶貝女酒侍?赤霞珠的雙刃丸。面對水系的雙刃丸，具有地上系屬性的龍頭地鼠顯得不利…而且，赤霞珠與雙刃丸的組合搭檔，成長幅度高出神奇寶貝酒侍?天桐的預想！艾莉絲該怎麼辦！？接著輪到藍葛雷與葛瑞絲的對戰。龍之破壞者藍葛雷，鬥志高昂地要與龍系的赤面龍對戰！具有詭異氣質的正臣與搭檔投射鬼一起出場，與杜蒙的功夫鼬激烈衝突，可是……
第72集激戰東喬治格鬥大會！劈斬司令對炎武王！！
激戰不斷的肉搏戰對戰錦標大賽「東喬治格鬥大會」，第一輪最後一場對戰，是白露的炎武王與修帝的修繕老頭激戰。這是一場最終進化型神奇寶貝的對決！面對進化後威力提升的修繕老頭，炎武王陷入苦戰遭遇危機！！就在這時候，白露做出了驚人的指示！？而且，肯尼洋與天桐展開了充滿魄力的對戰！肯尼洋的打擊鬼接連躲過天桐的花椰猴攻擊，以渾身之力使出手刀！但是，花椰猴也不甘示弱地使出咬咬攻擊企圖扭轉情勢！東?喬治認為最有冠軍相的正臣與投射鬼，則是遊刃有餘的一路過關斬將順利晉級！？
第73集決戰東喬治格鬥大會！投射鬼對打擊鬼
肉搏對戰錦標賽「東喬治格鬥大會」的戰況越來越熱烈。準決賽的對戰組合是白露的炎武王VS肯尼洋的打擊鬼。面對以力量見長的炎武王，打擊鬼展現速度！利用健美增加攻擊力的打擊鬼，使出得意的手刀襲向炎武王…接下來，小智與正臣之戰揭開序幕。小智的滑頭小子在氣勢上，完全被正臣的投射鬼壓制住了。滑頭小子使出還無法完美控制的「集氣彈」來一決勝負，更展開最擅長的接近戰，使出飛膝撞挑戰投射鬼，結果卻是！？小智的比賽將有何結果！？最後打進決賽，得到優勝了又會是誰！？
第74集拯救牙牙！鐵蟻的巢穴
在前往雪花市的途中，小智的寶包繭在和艾莉絲的導電飛鼠進行對戰練習時，竟然進化成為「育兒神奇寶貝」保母蟲了！保母蟲具有用葉子製作衣服代替打招呼的習性。它馬上就先為皮卡丘他們製作葉子衣服，還幫高興得不得了的牙牙做了葉子面具。之後，在小智一行人午睡的時候，牙牙居然被鐵蟻給扛走了。它們似乎是把穿著葉子服的牙牙誤認為食糧了！為了找尋牙牙，小智他們仰賴保母蟲的絲走進迷宮般的鐵蟻巢穴。可是，裡頭有無數的鐵蟻……牙牙會怎麼樣呢！？
第75集羅斯山的激戰！肋骨海龜的奇蹟！（前篇）
為了前往雪花市，小智一行人決定穿越羅斯山的洞窟，但是卻在途中迷路了。循著遠方敲打聲前進的他們，遇見正捧著大塊岩石，非常興奮的藤夫。原來身為業餘考古學者的藤夫，長年累月不斷研究，終於挖到「古代龜神奇寶貝」原蓋海龜的化石。據說原蓋海龜在很久以前就已經滅絕，可是藤夫卻說他在孩提時代曾與活生生的原蓋海龜玩耍…當大家在羅斯山探險時，突然穿越時空到了原蓋海龜的世界，讓他有了不可思議的體驗。小智等人對這番故事充滿興趣。就在這時候，化石被火箭隊給奪走了！？
第76集羅斯山的激戰！肋骨海龜的奇蹟！（後篇）
羅斯山當中有被稱為「時間之門」的時空扭曲存在。火箭隊正計畫藉由「時間之門」穿越道過去的世界。他們打算大量捕捉過去已滅絕的神奇寶貝，藉此增強戰力征服合眾地方！！為了讓「時間之門」安定，需要「古代龜神奇寶貝」原蓋海龜的生物能量…原蓋海龜終於還是因為火箭隊的化石復原裝置，在現代世界復活了。困惑不已的原蓋海龜，立刻逃走了。小智一行人找到它，帶著它逃進森林，卻再度遭到火箭隊襲擊！此時原蓋海龜突然開始發光！？到底是怎麼了！？
第77集炎之回憶！暖暖豬對炎武王！！
小智一行人在彩穗蓬花鎮的對戰俱樂部休息，他們在那裡遇到一名叫蘇瓦瑪的少年，沒想到他就是暖暖豬的前任訓練家！而且，暖暖豬被捨棄的理由竟然是「沒有對戰的才能」。面對譴責這種做法的小智，蘇瓦瑪宣稱會用對戰證明暖暖豬有多沒用。另一方面，暖暖豬忘不掉過去的回憶，看來很沒有對戰的意願。知道暖暖豬精彩表現與勤奮努力的藤藤蛇，主動要求參與對戰。對手是炎系的「食蟻獸神奇寶貝」食蟻爐，以及暖暖豬的最終進化型態「大火豬神奇寶貝」炎武王。藤藤蛇即使處於不利狀態仍然毫不畏懼、氣勢十足地展開對戰！此時的暖暖豬卻是…
第78集哈奇庫登場！火神蟲的聖山！！
小智一行人來到雪花市附近的山上，當大家差點被落石砸中的時候，被正在山麓修行的哈奇庫與「結凍神奇寶貝」凍原熊救了一命。原來他們是演出知名電影「冰之三部曲」的電影明星。而且有機會見識哈奇庫的修行，讓電影酒侍天桐極度興奮！可是，山區突然烏雲密布…感到擔心的哈奇庫與小智等人前往山里查探，就看到神奇寶貝獵人林藏帶著2隻"漂浮神奇寶貝"胖嘟嘟，打算捕捉「太陽神奇寶貝」火神蟲！小智派出混混鱷對戰，結果連混混鱷都被捉住了！事情到底會怎麼發展！？
第79集雪花道館賽！冰之對戰場地！
《精靈寶可夢：超級願望》劇照第80集神奇寶貝酒侍對決!品評對戰!!
小智一行人正準備要出發前往雙龍道館，取得最後一個徽章。這時候，突然出現一個宣稱正在找天桐的男人，把3個人都強押上車帶走。小智他們隨後被帶到鄰近鎮的富豪，服部的宅第。原來是服部先生希望請優秀的A級神奇寶貝酒侍幫忙，替他的寶貝女兒小桃選出第一隻搭檔的神奇寶貝。他請來的另一位酒侍黑皮諾斷言，"根神奇寶貝"百合根娃娃是最適合的神奇寶貝，但是小桃卻一臉失望…。正當天桐將小桃身上的香味當作提示思考時，號稱是S級酒侍的醋霞珠冒了出來！可是總覺得好像在哪裡看過他…！？.
第81集種子鐵球研究所！艾莉絲與雙倍多多冰
打算去搭船的小智一行人，偶然遇見了龍之破壞者藍葛雷與"暴風雪神奇寶貝"雙倍多多冰。藍葛雷為了得到「提高神奇寶貝能力的苔癬」，正要去種子鐵球研究所。被勾起好奇心的小智等人也決定跟她一起去。苔癬是"刺果神奇寶貝"種子鐵球將岩石程分吸入體內後生成的。可是在以電石進行測試的房間，突然生出了大樣的苔癬，甚至覆蓋了研究所！小智等人倉皇避難，但是艾莉絲帶著牙牙、水水獺，和她最怕的冰系神奇寶貝雙倍多多冰一起被關在研究所屋頂上！雙倍多多冰和慢慢接近的苔癬都令艾莉絲感到害怕…！結果到底會怎麼樣呢！？.
第82集電影對決!合眾防衛隊,出擊!!
小智他們終於抵達設有道館的海港城鎮。根據天桐的說法，這裡從以前就是電影的攝影場地，最近還有電影主題樂園落成。他們在那裡碰巧與路克及"惡狐神奇寶貝"索羅亞重逢。想當電影導演的路克，受邀參加開幕前舉辦的活動，來到這裡要參加電影大賽。參加者要在影城中使用同樣的設備、同樣的設定拍攝電影，比賽誰的作品優秀。在路克提議下，小智一行人也決定協助他拍電影。主角適合眾防衛隊的小智、皮卡丘及炒炒豬！艾莉絲飾演女主角，還因為落淚鏡頭陷入苦戰…！？.
第83集激戰立涌道館!VS霍米加(前篇)
為了得到攸關合眾聯盟出場權的第8個徽章，小智終於踏進立涌道館的大門。那裡的道館訓練家是超級龐克樂團「瓦斯彈樂團」的霍米加！這間道館，既是現場演唱會場也是對戰場地！在熱愛對戰&演唱會的觀眾們包圍下，感覺就像球隊到客場比賽，不過小智還是靠皮卡丘的十萬伏特炒熱現場氣氛。接著，自信滿滿的霍米加，竟然提議要採取小智派6隻神奇寶貝、自己則派3隻來對戰的比賽方式…！霍米加派出她在關都收服的"毒氣神奇寶貝"瓦斯彈！小智派出轟隆雉雞對抗瓦斯彈的速度，可是卻被「泥巴爆彈」打中，陷入劇毒狀態！接下來又是毫不留情地攻擊…！究竟最後是誰會獲勝呢！？.
第84集激戰立涌道館!VS霍米加(後篇)
為了得到攸關合眾聯盟出場權的第8個徽章，小智終於踏進立涌道館的大門。那裡的道館訓練家是超級龐克樂團「瓦斯彈樂團」的霍米加！這間道館，既是現場演唱會場也是對戰場地！在熱愛對戰&演唱會的觀眾們包圍下，感覺就像球隊到客場比賽，不過小智還是靠皮卡丘的十萬伏特炒熱現場氣氛。接著，自信滿滿的霍米加，竟然提議要採取小智派6隻神奇寶貝、自己則派3隻來對戰的比賽方式…！霍米加派出她在關都收服的"毒氣神奇寶貝"瓦斯彈！小智派出轟隆雉雞對抗瓦斯彈的速度，可是卻被「泥巴爆彈」打中，陷入劇毒狀態！接下來又是毫不留情地攻擊…！究竟最後是誰會獲勝呢！？.
第85集歌唱吧，美洛耶塔！愛的鏇律！！
知道合眾聯盟要在3個月後才舉行比賽的小智一行人，在天桐的提議下，決定去吃立涌市的名產?凍原熊冰淇淋。沒想到，竟然在攤位前遇見神奧地方的冠軍?竹蘭！原來她預定要在籠目鎮舉行的「神奇寶貝世界錦標賽青少年杯」進行示範表演賽。除了可以親眼見識竹蘭的對戰，只要在大會贏得優勝，還能和合眾地方的冠軍阿戴克對戰，這讓小智等人都決定參賽。一行人就這樣隨著竹蘭前往小波鎮。途中，非常罕見的"鏇律神奇寶貝"美洛耶塔出現在大家面前。但是，渾身是傷的它突然倒下…！？.
第86集波加曼VS花椰猴！華麗的對戰！！
小智一行人抵達了東合眾的小波鎮。在搭車前往竹蘭說有人等待的別墅時，"鏇律神奇寶貝"美洛耶塔突然出現在車裡！看來它很喜歡小智，所以跟了過來。接著，在別墅等待大家的，原來是小光與"企鵝神奇寶貝"波加曼！其實小光是為了磨練神奇寶貝協調訓練家的實力，特地來到合眾地方的。小智等人就此開始為了準備青少年杯進行集訓！這時天桐表示「想要品評神奇寶貝協調訓練家的神奇寶貝」，向小光提出對戰要求！而火箭隊正監視著他們的一舉一動…！？.
第87集大岩蛇島野外求生！
小智等人在竹蘭位於小波鎮的別墅，為了準備參加青少年杯而不斷特訓。想要休息一下的小光提議，到傳說有奇特的"岩蛇神奇寶貝"大岩蛇存在的無人島去玩。在大家沿著海岸邊的洞窟探險時，突然遭到大岩蛇攻擊。雖然勉強逃過一劫，小智他們卻與艾莉絲還有小光走散了。在返回海岸的路上，巨大的大岩蛇再度來襲！！面對兼具地上、岩石屬性的大岩蛇，水系的水水獺與波加曼合力擊退敵人！但是，又有更多大岩蛇冒了出來！！此時，美洛耶塔開始唱歌，它的模樣卻…….
第88集酒侍偵探天桐！消失的噴嚏熊之謎！
正在小波鎮進行集訓的小智一行人，認識了在尋找"結冰神奇寶貝"噴嚏熊的少年克里斯。原來是他的噴嚏熊從應該是密室的神奇寶貝之家不見了。覺得擔心的小智等人也一起幫他尋找。天桐發揮酒侍偵探的力量，在森林中發現可疑足跡，並且推斷應該是這些足跡的主人把噴嚏熊帶走。因為牙牙發現食物殘渣，讓天桐更確定犯人身分，繼續深入森林。結果，眼前出現了邊流鼻水邊吃水果的"結凍神奇寶貝"凍原熊！不會吧！？這隻凍原熊是克里斯的…！？事件的真相究竟如何！？.
第89集艾莉絲與小霸王快龍!!
在竹蘭的別墅，小智一行人才剛起床整理儀容。這時候，小波鎮突然全鎮都停電了。不久之後，君莎來別墅拜訪竹蘭。根據君莎的說法，是這個鎮上有名的小霸王"龍神奇寶貝"快龍造成停電的。但是，聽到這件事的艾莉絲堅稱「龍神奇寶貝絕對沒有壞孩子！」直接跑去變電所。追著艾莉絲，小智等人也跟著進入變電所，結果他們發現翅膀受傷的快龍躲在最裡面的房間。可是，對人類懷有戒心的快龍開始大鬧！天花板就在這時垮下來了！艾莉絲、水水獺、波加曼都被關在那個房間裡…！？.
第90集青少年杯開幕!快龍對凍原熊!!
「神奇寶貝世界錦標賽青少年杯」終於開幕。優勝者可以和合眾地方的冠軍?阿戴克進行對戰。大會重頭戲之一的公開示範賽，是由神奧地方的冠軍?竹蘭派出的"超音速神奇寶貝"烈咬陸鯊，與合眾地方四天王?嘉德麗雅的"天體神奇寶貝"哥德小姐進行對戰。氣氛熱烈的會場，到了第一輪比賽更是全場沸騰。艾莉絲的"龍神奇寶貝"快龍vs龍之破壞者?藍葛雷的"結凍神奇寶貝"凍原熊，體型龐大的兩者展開魄力滿點的對戰！快龍面對適性很差、冰系凍原熊的攻擊，不知為何都正面迎擊接下來！大感頭痛的艾莉絲髮出的指示，它也完全無視，到底會怎麼樣…！？.
第91集力量對戰！艾莉絲對小光！
《精靈寶可夢：超級願望》劇照第92集小智、艾莉絲、修帝！最後的對戰！
終於到了「神奇寶貝世界錦標賽青少年杯」的準決賽！小智派出混混鱷與艾莉絲的快龍進行對戰。到了這時候，終於與快龍培養出默契的艾莉絲，開始能抓到對戰節奏並且產生自信，很順利地發動攻勢。另一方面，與龍神奇寶貝的適性處於不利地位的混混鱷，遭到快龍的大量絕招攻擊，面臨重大危機！！可是，這時混混鱷的樣子卻…！？接著，就在小智與艾莉絲的對戰越加白熱化時，修帝卻顯露出遊刃有餘的表情，斷定不管由誰勝出都只是比賽的過客。將勝過合眾地方的冠軍?阿戴克視為唯一目標的修帝…。到底最後，優勝會落在誰手中！？！？.
第93集道別與相遇的青少年杯!
在「神奇寶貝世界錦標賽青少年杯」獲得的修帝，將派君主蛇與阿戴克的爆爆頭水牛對戰！為了向阿戴克證明自己有多強，修帝徹底研究了爆爆頭水牛的特性與弱點，以準備萬全的狀態進行挑戰。相對於此，阿戴克以冠軍身分堂堂接受了這項挑戰。但是等在最後的卻是意外的結果…！？接著在大會結束後，小光與波加曼告訴大家，他們要到城都地方去參加米可利杯。小智對還沒有比試過的小光提出對戰的要求！皮卡丘VS"火山神奇寶貝"火岩鼠。彼此了解透徹的對手，展開一場堪稱表現旅行成果的對戰…！？.
第94集青海波道館賽!巨翅飛魚VS大劍鬼
在青少年杯會場遇見的少年?虎徹，要去贏得第8個道館徽章，小智一行人也決定陪他一起去。一行人決定前往青海波道館，可是小智與虎徹卻在半路上跟天桐、愛麗絲走散了！脫線冒失的訓練家，讓"波紋神奇寶貝"利歐路與皮卡丘只能苦笑。而且還有更多試煉等著他們…！？之後，大家在虎徹的特技幫忙下，總算抵達了道館！那裡好像是水系的道館，對戰場地被設定在海灣當中。道館訓練家西子伊派出"漂浮神奇寶貝"胖嘟嘟，而虎徹則派出"刺球神奇寶貝"堅果啞鈴進行對戰！雖然以十萬伏特給予胖嘟嘟嚴重打擊，但是在那之後，出現預料之外的狀況…！？.
第95集幼稚園大騷動！毛頭小鷹與禿鷹小子
小智一行人為了準備參加合眾聯盟，正在竹蘭的別墅中進行訓練。就在讓滑頭小子練習集氣彈的時候，森林的另一頭傳來的慘叫！大家在那裡看到正在吵架的「雛鷹神奇寶貝」毛頭小鷹以及「尿布神奇寶貝」禿鷹小子…！原來是練習集氣彈打碎的石頭彈到毛頭小鷹頭上，讓它誤以為是禿鷹小子拿石頭丟它！接著神奇寶貝幼稚園的新手保母蕾拉老師出現，嘆息的說這兩隻總是這樣吵架。它們就算回到幼稚園也還是一樣吵個不停…。於是天桐決定，身為神奇寶貝酒侍的他要找出原因。就在這時候，被蕾拉老師告誡行事過當的禿鷹小子跑出了幼稚園…！？.
第96集美洛耶塔與海底的神殿！
小智一行人在竹蘭的別墅進行特訓。以態度表示「我也想要對戰」的美洛耶塔，像水水獺下了挑戰書！這時候，單方面認定小智他們是壞蛋的青年拉里與「泥偶神奇寶貝」泥偶巨人突然發動攻擊！美洛耶塔立刻挺身保護小智，讓大家能夠解開誤會。原來拉里與泥偶巨人是為了保護美洛耶塔，所以走遍各地尋找它。原本住在森林深處某個秘密地點的美洛耶塔，是因為躲避不明人士攻擊，才會偶然遇見小智他們的。可是這時候，小智等人發現了可疑的監視機器！發現這個地方也有危險，眾人為了保護美洛耶塔而急忙離開別墅，可是眼前竟然出現火箭隊的老大?坂木…！.
第97集靈獸型態合力進擊!合眾最大的危機!!
合眾地方壓制計畫「暴風雨計畫」。在火箭隊設計下，美洛耶塔與小智及皮卡丘被捉到海底的神殿。原來，坂木企圖要利用龍捲雲、雷電雲與土地雲等傳說中的3隻神奇寶貝來稱霸合眾地方…。由「寫形鏡」之力召喚而來的3隻神奇寶貝，改變型態為靈獸型態，並在坂木的指示下開始暴走！總算成功逃脫的小智與皮卡丘，立刻前去救援發出悲鳴、痛苦不已的美洛耶塔！！為了解救同伴，皮卡丘發出的電球出現驚人的效果…！？坂木以及在他手下集結的火箭隊，與小智等人在合眾最大的戰鬥開始了！！.
第98集世界第一華麗的神奇寶貝!?
合眾聯盟的舉辦地確定為檜垣市，小智一行人於是離開竹蘭的別墅準備前去參賽。在森林當中，他們和花園歌劇團的麻雅與"絲巾神奇寶貝"奇諾栗鼠，水樹與"花飾神奇寶貝"裙兒小姐以及紫音與"捧花神奇寶貝"羅絲雷朵有了最糟的相遇。被捲入炒炒豬與水水獺爭執的導電飛鼠撞上麻雅，結果麻雅竟說導電飛鼠和藤藤蛇都是「醜八怪」，讓艾莉絲勃然大怒！！為了要讓高傲離去的3人得到教訓，小智與天桐也都盛裝打扮，前往歌劇團員禁止男賓進入的宿舍。「綻艷方成華，敗者凋零化塵泥」！不得了的對戰即將開幕…！？.
第99集天空與大地的雙打對戰！
小智一行人繼續踏上旅途前往要舉辦合眾聯盟的檜垣市。突然間，"勇猛神奇寶貝"勇士鷹、"鼴鼠神奇寶貝"螺釘地鼠以及它們的訓練家空朗&陸克兄弟出現，向小智與天桐挑戰要求進行雙打對戰！！對手的兩隻接連使出沒有任何人見過的「飛鑽翼」、「神鷹遁地」、「廻轉鋼爪」，以及其他默契配合極佳的合體絕招！相對的轟隆雉雞與花椰猴也不惶多讓的駛出合體絕招應戰！究竟最後結果如何…？接著，希望變得更強的二人，接受了天桐這個神奇寶貝酒侍的品評！稱霸天空與大地的他們，如果可以在收服水系神奇寶貝，就是海陸空齊備的世界最強組合，到底會怎麼樣？.
第100集艾莉絲、回到龍之鄉！
小智一行人前往即將舉辦合眾聯盟的檜垣市，途中，他們順便前往了艾莉絲的故鄉──龍之鄉。除了向大婆婆報告旅行的狀況，艾莉絲也與兒時玩伴菖蒲重逢。這時菖蒲所培育的兩隻"亂暴神奇寶貝"雙頭龍出現了。同一天從蛋里孵化，情同兄弟的它們，哥哥今天不知道為什麼無精打采的，當小智等人在菖蒲家用餐的時候，弟弟雙頭龍突然慌慌張張地跑來。大家跟過去一看，發現哥哥雙頭龍進化成"凶暴神奇寶貝"三頭龍！但是，三頭龍對自己的進化大吃一驚，突然開始大鬧！艾莉絲說她會設法處理，但是…….
第101集雙龍道館！艾莉絲VS夏卡！！
小智一行人抵達雙龍市。雙龍道館?道館訓練家夏卡對戰的艾莉絲充滿鬥志。可是，一想到讓她難以招架的夏卡就覺得坐立難安…。艾莉絲為了讓自己冷靜下來而爬上雙龍市的鐵塔，引起騷動。不過，與在雙龍學園生活時的舍監瑪莎女士及學園的神奇寶貝"顎斧神奇寶貝"斧牙龍重逢，讓她又重新振作起來。第一次與夏卡對戰的後，艾莉絲的獨斷獨行讓龍頭地鼠封閉了心靈…。這次一定要以兩人的搭檔合作獲勝！艾莉絲使出全力對抗夏卡！"地底神奇寶貝"龍頭地鼠將與"顎斧神奇寶貝"雙斧戰龍進行復仇對戰…！！到底會有何結果！？.
第102集伊布隊出動！神奇寶貝救援隊！！
來到檜垣市附近山頂的小智一行人，打算強行穿越被岩石阻礙的道路，結果差點從山崖上掉下去。這時候，帶著"進化神奇寶貝"伊布的青年巴吉爾與"太陽神奇寶貝"太陽精靈救了大家。巴吉爾與他的父親和哥哥一起組成神奇寶貝救援隊，守護城市。他帶領的隊伍名叫「伊布隊」，是由伊布與伊布的七種進化型態共同進行活動。同一時間，水壩發生事件。水壩管理室的大門被"結霜神奇寶貝"幾何雪花棟住，使得戴比困在裡面！面對越發緊急的事態，巴吉爾與小智等人前去支援。伊布隊能發揮實力嗎…！？.
第103集開幕合眾聯盟·檜垣大會！小智VS修帝
小智一行人終於抵達舉辦合眾聯盟的檜垣市，並且和白露、肯尼洋、修帝及巴吉爾等人重逢。大家順利完成參賽登記後，正準備走回各自的宿舍時，在樹林裡看見了眼熟的帳棚，原來這次為了絕對不要遲到，虎徹與利歐路從三天前就在這裡紮營了，可是一詳談才發現，虎徹竟然還沒有登記參加大會。大吃一驚的小智，在通知結束參賽登記的廣播聲中，急忙拉著虎徹趕往登記櫃檯！他們到底趕不趕上？接著，預賽終於要開幕了！宿命的對決再次登場，小智的對手是修帝與君主蛇！而小智選的神奇寶貝是…….
第104集激戰！在勁敵對戰中取勝！！
接連出現強烈激戰的合眾聯盟預賽中，輪到小智智的皮卡丘VS修帝的君主蛇這場對戰！君主蛇以最擅長的必殺技龍尾與困綁連續攻擊，讓皮卡丘陷入重大危機。即使拚命以十萬伏特應戰，君主蛇也有秘策應對，這次一定要贏過修帝！小智與皮卡丘可以搶下勝利嗎？接下來，勁敵們也在預賽中紛紛演出白熱化的對戰！複賽第一輪確定有虎徹與白露的對戰！大劍鬼VS騎士蝸牛的對戰，騎士蝸牛以鐵壁提升防禦力，使得大劍鬼的攻擊一直受阻。困惑不已的虎徹拉彈頭帶思索對策，究竟結果會怎樣…….
第105集牙牙！迷路走失了！
合眾聯盟?檜垣大會很快地進入賽事中盤，小智等人都先回到宿舍。這時候，皮卡丘發現到…牙牙不見了！！一查才發現，牙牙是去追空中的氣球，不小心與小智他們走散了！艾莉絲開始拚命的搜尋牙牙。另一方面，皮卡丘它們以小巷為中心四處尋找牙牙。在過程中，水水獺在巷子裡發現滿滿一箱水果，還把它們全都吃光了。可是那是住在巷子裡的"垃圾場神奇寶貝"灰塵山，從附近的住戶那裡得到的食物。水果就這樣沒了，讓"垃圾袋神奇寶貝"破破袋很難過。於是，憤怒的灰塵山找上因為發現牙牙而鬆了一口氣的皮卡丘它們…！到底會怎麼樣呢！？.
第106集打擊鬼登場！小智對肯尼洋！
白熱對戰不斷的合眾聯盟?檜垣大會！順利晉級第二輪的小智，終於打進第三輪。對手竟然是肯尼洋！東．喬治對戰、許願鍾對戰、東喬治格鬥大會，在各大會中一起戰鬥的肯尼洋與小智，因為熟知彼此的本領，都是預想了對方選擇的神奇寶貝及絕招來準備對戰！雖然因為肯尼洋的雷電斑馬學會新絕招，出現意外的發展，不過小智的藍蟾蜍也不服輸的應戰！然後，面對肯尼洋最強的搭檔「空手道神奇寶貝」打擊鬼，上場的是一度進行對戰，體力大幅消耗的流氓鱷！惡系對上格鬥系很不利。小智要怎麼推翻這種狀況呢？.
第107集小智對虎徹！秘密武器三頭龍！
《精靈寶可夢：超級願望》劇照第108集決戰合眾聯盟！皮卡丘對路卡利歐！
激戰不斷的合眾聯盟進入第四輪！小智與虎徹的對戰成為空前混戰！更意外的是虎徹的搭檔利歐路進化成為「波導神奇寶貝」路卡利歐了！路卡利歐的絕招威力大幅提升！甚至還學會新絕招，逼得小智與藤藤蛇節節敗退，而且已經連戰兩場的皮卡丘還要與路卡利歐對戰！體力嚴重消耗的皮卡丘，為了避免長期戰，決定以速度和路卡利歐拼勝負！雖然路卡利歐在對戰中占了上風，但小智企圖靠著妙計一擊逆轉！彼此的一擊都確實生效，雙方都倒下了。要在合眾聯盟獲勝的意志相互衝突！究竟勝利女神會對誰微笑呢？.
第109集紅豆杉研究所！展開新旅行！
結束合眾聯盟挑戰的小智一行人，前往鹿子鎮拜訪紅豆杉博士。他們在路途中遇見了新人訓練家諾諾美，她因為個性慎重小心，所以很猶豫要不要過石橋，慌亂地僵在路中央。小智他們鼓勵諾諾美前進後，直接前往研究所。像紅豆杉博士報告完合眾聯盟的成果後，小智一行人決定回到關都地方。這時候諾諾美來到了研究所！左思右想之後，諾諾美決定第一隻神奇寶貝要選「火豬神奇寶貝」暖暖豬，並且要與小智合作進行對戰天桐&艾莉絲的雙打對戰！就在諾諾美開始享受對戰樂趣的時候，突然有機械在他們面前冒出來！感覺似曾相識的三人組，到底是誰…！？
第110集小智一行人初次遇到N
第111集阿克羅瑪VS帥哥！電漿團的陰謀
小智到達了據聞建立了新道館的檜扇市，而這間新道館竟然與神奇寶貝訓練家學校合二為一！不過兼任老師的道館訓練家黑連只是剛剛取得資格，而且道館還未準備好。另一方面，牙牙和皮卡丘走進了廣播室，不小心讓全學校的廣播器發出刺耳的聲音，更令神寶之家的神奇寶貝們逃了出來！小智、艾莉絲和天桐分頭尋找走失了的神奇寶貝，究竟會發生什麼事？接著，小智的水水瀨和黑連的忠犬神奇寶貝哈約克對戰，最後誰勝誰負？
第112集阿克羅瑪VS帥哥！電漿團的陰謀
電漿團的科學家阿克羅瑪，正在使用神奇寶貝進行實驗。他用神秘電波照射電蜘蛛，想藉此引發出它的潛在能力。凍原熊也成為實驗品，被放進機器內測試，究竟阿克羅瑪有甚么目的？小智他們剛來到算木鎮，就被眼神奇怪的暴露菇襲擊！他們聽說最近山上的神奇寶貝經常攻擊人類，而且在高處的天文台有奇怪的人出沒，於是決定前往那裡調查。途中，比卡超、牙牙和其他野生神奇寶貝突然攻擊他們！幸好得到一個登山者幫助才脫險，這個登山者的真正身份是…？
第113集霧之算木牧場！電龍的燈光!!
來到算木牧場的小智，遇上了少女艾莉，燈光神奇寶貝電龍和綿毛神奇寶貝咩利羊。電龍平常的工作是照顧咩利羊，但咩利羊卻經常不聽電龍的話。艾莉認為如果電龍學會“雷光掌”的話，就會得到認同。於是艾莉絲指派快龍作為電龍的教練，一起練習雷光掌。此時，艾莉突然發現有一隻咩利羊消失了，過了一會又再有一隻消失！爺爺認為應該有比電龍更加適合照顧咩利羊的神奇寶貝。當他們四出尋找咩利羊時，幕後黑手原來是……
第114集N再度登場！救出勇士鷹作戰
企圖征服世界的電漿團，在暗中繼續實行計畫。電漿團團員正在運送“勇猛神奇寶貝”勇士鷹，用作實驗的有機素體，N為了拯救身體虛弱的勇士鷹，潛入了電漿團的貨車內，可惜他被團員發現，受到貓鼬斬和飯匙蛇的猛烈攻擊，掉了下山崖。小智發現了受傷的N和勇士鷹，並帶他們到神奇寶貝中心治療。不過電漿團團員憑著勇士鷹身上的發信器，找到了它所在的地點，然後截斷神奇寶貝中心的電源進行偷襲。此時N向小智作出一個請求……
第115集緊急出動！神奇寶貝海岸救援隊
小智他們來到立涌市，在看見濃煙趕到現場的時候，發現神奇寶貝海岸救援隊正進行訓練。他們的成員有隊長弘人、“警戒神奇寶貝”步哨鼠、“飄浮神奇寶貝”輕飄飄和“修行神奇寶貝”雙刃丸。當中，步哨鼠希望擔當監視以外的工作，為救援隊出一分力。此時，立涌聯合工業區發生了意外！弘人雖然立即趕到現場救援，卻意外被困在地下室內！雖然N說過“不喜歡讓神奇寶貝參與危險的救援工作”，但他決定向正在外面監視的步哨鼠借用它的“感應器能力”！
第116集燃燒吧噴火龍！VS快龍!!
小智他們來到介紹關都地方的“關都博覽會”。在舞台上，“蜥蝪神奇寶貝”小火龍活潑地跟觀眾打招呼，令小智回想起自己的“火焰神奇寶貝”噴火龍，並請大木博士把它傳送過來。噴火龍曾經跟小智一起旅行，是他最強的拍檔。當小智和艾莉絲的神奇寶貝一起跟噴火龍打招呼的時候，其中一隻神奇寶貝跟噴火龍怒目相向…原來快龍跟噴火龍互相感覺到對方都是強者，希望一分高下，對戰即將開始！
第117集電漿團的野心！被操縱的神奇寶貝
小智一行人和N來到了下一個城鎮，而電漿團和科學家阿克羅瑪碰巧正在那城鎮進行以奇怪機器操縱神奇寶貝的實驗。“顎斧神奇寶貝”雙斧戰龍受到機器發出的電波影響，開始四周破壞，城鎮亦被暫時封鎖。艾莉絲認為龍系神奇寶貝本性善良，應該是受到其他東西影響才會失控，於是不理勸告潛入城鎮之中。她雖然派出快龍阻止雙斧戰龍，但連快龍也突然失控起來……N說他聽不到兩位“朋友”的聲音，認為它們繼續失控的話，身體會承受不住。於是他站在快龍和雙斧戰龍前面，希望能夠阻止它們，卻完全沒有效果……
第118集N的秘密…在霧的遠方！
濃霧消失後，兩位分別叫荷蓮娜和巴貝娜的小姐、“包容神奇寶貝”沙奈朵和“天體神奇寶貝”哥德小姐出現在小智他們的眼前。N在在泉水浸泡後，傷口逐漸康復，但荷蓮娜和巴貝娜對人類存有警戒心。他們身處N的隱居之地，並讓受過人類傷害的神奇寶貝在那裡調養和生活。然後，N告訴了他們自己和電漿團的瓜葛，小智終於得悉N和電漿團的關係……突然，電漿團找到了他們所在的地方並發動攻擊！荷蓮娜和巴貝娜懷疑小智他們是入侵者的同伴…龍頭地鼠和皮卡丘等神奇寶貝為了保護N一行人，奮力迎戰，究竟會有甚么結果？
第119集火箭隊對電漿團！喵喵與阿克羅瑪
火箭隊與電漿團正面對決，當電漿團的成員追趕武藏和小次郎的時候，喵喵進入基地並邀請科學家阿克羅瑪加入火箭隊。阿克羅瑪以喵喵作為實驗的有機素體作為交換條件，喵喵答應並立刻進行實驗，被裝置的電波照射。火箭隊認為喵喵經過無數訓練，絕對不會受到控制，但當電波愈來愈強，喵喵的眼神突然有所改變！喵喵的攻擊力全面爆發，並聽從安潔的指示，開始攻擊武藏和小次郎……
第120集白色遺蹟！小智對N!!
小智一行人，到達了遺蹟附近的龍螺鏇之塔，並由紅豆杉博士父親的助手迎接他們到遺蹟。博士和小智他們進入了白之遺蹟，並發現了據稱由傳說的神奇寶貝雷希拉姆變身而成的光芒石。在博士拿起光芒石的時候，它突然發出強烈的光芒！而N亦出現在遺蹟，並問博士會怎樣對待光芒石。聽到博士的答案後，N二話不說把光芒石搶走了！然後電漿團也來到遺蹟，究竟事情會怎樣發展？
第121集電漿團襲擊！復活的儀式!!
被困在遺蹟的N和小智對神奇寶貝有不同的想法。N聽到遺蹟外神奇寶貝的呼喚後變得焦急，想儘快離開地底遺蹟。小智則和神奇寶貝們同心協力，為尋找出口不斷挖掘。另一方法，艾莉絲的快龍和天桐的岩殿居蟹頑抗電漿團的攻擊，可惜被阿克羅瑪的神奇寶貝控制機阻止，紅豆杉博士、艾莉絲和天桐也被電漿團捉住。火箭隊則隔岸觀火，等待機會。小智和N終於逃出地底遺蹟，但是皮卡丘被機器控制了！最後，電漿團的總帥，魁奇思終於開始了復活雷希拉姆的儀式。
第122集雷希拉姆對N！理想和真實的那一方
荷蓮娜和巴貝娜為了保護N，出現在遺蹟並以哥德小姐和沙奈朵阻止電漿團行動。不過，她們立刻受到控制機的電波攻擊！被稱為傳說的神奇寶貝雷希拉姆終於復活，而且臉上充滿憤怒的表情。然而，阿克羅瑪遵從魁奇思的指示，成功控制了雷希拉姆，並以十字交叉火焰四處破壞。混亂中，阿克羅瑪又再次用電波瞄準反抗的皮卡丘，幸好和國際警察帥哥合作的火箭隊及時出現相助！然而，皮卡丘最後仍然被控制機的電波擊中，究竟會有甚么結果？！奇蹟會否出現？！
第123集再見了合眾！新的乘船之旅!!
跟電漿團決戰過後，小智他們回到紅豆杉博士的研究所稍作休息。小智決定回去關都地方，而艾莉絲為了認識更多龍系神奇寶貝，天桐為了增廣見聞，兩人都決定跟小智一起前往關都地方。他們聽從紅豆杉博士的提議，決定坐船，經傑可羅拉群島前往關都地方。他們乘的船與想像中的不同，雖然有點殘舊但充滿神奇寶貝的設備。當皮卡丘和牙牙去到神奇寶貝的遊樂場，小智他們來到客房後，兩間房間的門都突然被鎖起來了！究竟是誰設下的陰謀呢？！
第124集香甜的三蜂蜜總是帶著危險！
在傑可羅拉群島旅行的小智一行，到達了三蜂蜜島。在島上，由三蜜蜂收集的“三蜂蜜”製成的甜品十分出名。小智一行在上岸後參加抽獎，抽中了任食一百五十一種三蜂蜜甜品的特別獎！他們和旅遊發展局的職員立即前往三蜂蜜甜品工場，但原來那些職員是由火箭兵團假扮的！比卡超用十萬伏特對抗滾滾蝙蝠和哭哭面具的攻擊，卻擊中了一棵充滿鐵殼昆的樹，而且它們更進化成雙手均是毒針的大針蜂！比卡超、牙牙和水水獺在逃走的時候跟小智他們失散了，而且還遇上喵喵…
第125集酒侍偵探天桐！大海上的密室!!
小智他們決定參加船上舉行的“海洋杯錦標賽”，大會完結之後會舉行寶石收藏家莉普兒的展覽會。小智他們在船上認識了莉普兒，併到她的房間觀賞她最重視的寶石“酷豹之瞳”。另一位寶石收藏家常盧，要求莉普兒出讓“酷豹之瞳”被拒，原因是常盧拒絕讓其他人觀賞自己的收藏品。在大會完結之後，莉普兒發現“酷豹之瞳”消失了！明明房間是密室，外面又有步哨鼠監視，究竟是誰，用甚么方法偷走寶石？！此時，酒侍偵探天桐登場！
第126集再見了水水獺!?邁向扇貝貝王之路！
小智一行到達了即將舉行扇貝貝王爭奪戰的扇貝貝島。扇貝貝王爭奪戰的勝利者，除了可以得到扇貝貝王的稱號和金扇貝貝作獎品，還能夠跟扇貝貝女王“水水可”成為情侶！水水獺對水水可一見鍾情，誓要得到勝利。比賽中，參賽者要比拼扇貝貝的形狀和顏色，又要用扇貝貝打碎瓦片等等。除了強敵雙刃丸“卡瓦多羅”，還有一隻外貌有點奇怪，但擁有超強扇貝貝的“雙刃喵丸”。賭上扇貝貝王寶座和水水可，男人之間的真正決戰，究竟最後誰勝誰負？！
第127集幻影之島！濃霧之中的索羅亞克!!
小智一行前往馬赫拉本島的途中，在充滿濃霧的海域中看到一個十分巨大，應該是屬於神奇寶貝的影子。他們在馬赫拉本島打聽到，傳聞在相鄰的小島曾經出現過巨大神奇寶貝，於是他們立即前往該小島。突然，小島的森林裡突然出現了一隻巨大的食蟻爐！連皮卡丘的攻擊也對食蟻爐完全沒有效果。食蟻爐的攻擊使森林燃燒起來，野生的神奇寶貝都慌忙逃生，牙牙在途中被受驚的寶貝球菇攻擊，陷入了昏睡狀態。幸好小智他們找到了一間外表殘舊的神奇寶貝中心讓牙牙接受治療，但裡面的喬伊小姐和差不多娃娃有點奇怪……
第128集洛托姆VS大木博士！
小智一行為了會合神奇寶貝研究專家大木博士，來到以“電漿神奇寶貝”洛托姆聞名的洛托姆島。博士為了寫有關“洛托姆改變型態”的論文，希望能夠在這個島收服洛托姆。他們在洛托姆專用的遊樂場遇到三隻洛托姆，並希望以電系神奇寶貝的電力吸引它們。除了比卡超外，天桐的泥巴魚和艾莉絲的導電飛鼠也一起幫忙。原來電力也有分好吃難吃之分，究竟三隻神奇寶貝的電力分別是甚么味道呢？然而，洛托姆們突然改變型態，火箭隊又從中搗亂，究竟大木博士最後能否成功收服洛托姆？
第129集傑可羅拉群島的海賊王！
火箭隊從傑可羅拉輪船的食物倉庫偷取高級的食材，卻被突然出現的藍鱷、章魚桶和瑪力露麗全部搶走。小智一行人聽到警報聲，知道有海賊出現後，為了阻止它們追到甲板。但是它們會合了在海上接應的鴨寶寶，坐著木筏成功逃走。小智唯有派出噴火龍跟蹤，希望找出它們的基地。上岸後，小智他們從君莎口中得悉那幾隻神奇寶貝是作惡多端的神奇寶貝海賊團。他們跟著噴火龍的指示，找到海賊團的基地，並得悉它們成為海賊的原因。然而，海賊團不理會他們的勸告，最後唯有以對戰一分高下……
第130集小智和巴大蝴！總有一天再見面!!
到遷徙島的小智一行人，遇見一群鐵甲蛹一起進化成巴大蝴，十分感動。這個島是首席天鵝等等會遷徙的神奇寶貝，必定會途經的中途站。小智遇上一隻趕不上進化的綠毛蟲，回想起昔日跟自己一起旅行的綠毛蟲，於是決定協助它儘快進化。雖然他們立即開始特訓，但綠毛蟲總是在途中睡著，令小智他們非常著急。特訓途中，他們不小心闖進了圈圈熊的地盤，被圈圈熊追趕時，綠毛蟲挺身而出保護小智！究竟結果會怎樣呢？
第131集小智與艾莉絲絕交!?離別的直路
小智一行人來到傑可羅拉群島中最大的島嶼大島，他們決定經橫越大島的大直路，走到大島的另一面。他們在途中遇見罕見的神奇寶貝土龍弟弟，當小智想收服它的時候，被它的噪音攻擊反擊。受到噪音影響，小智不小心踏碎了艾莉絲的花飾，牙牙亦不小心阻礙了皮卡丘出絕招，讓土龍弟弟趁機逃走，小智和艾莉絲因此吵起來。小智為了修復關係摘果實給艾莉絲吃，卻因摘了難吃的果實而產生反效果，令憤怒的艾莉絲要跟小智絕交！
第132集向基拉祈許願吧！七日的奇蹟!!
小智一行人繼續在大島旅行，在某個夜晚，遇見一千年只會甦醒七天的“許願神奇寶貝”基拉祈。在皮卡丘和牙牙跟基拉祈玩耍的時候，小智出現並嚇走了害怕人類的基拉祈。少女何莉聽到小智他們遇到基拉祈，追問基拉祈的下落。何莉希望基拉祈令這座山回復以往山明水秀的環境。小智他們和何莉搜尋了七天，基拉祈終於出現，不過火箭隊從中破壞，並捉走基拉祈。究竟何莉的願望最後能否實現？！
第133集光之飛碟！大宇怪之城!!
小智一行人在大島的神奇寶貝中心留宿，醒來後，小智發現皮卡丘、天桐、艾莉絲和艾莉絲的都變成“腦神奇寶貝”大宇怪的樣貌。小智大嚇一跳，去找喬伊小姐和喬伊的求救，但連她們都變了大宇怪，連君莎小姐和其他居民都無一倖免！小智為了避開其他人的視線躲進小巷，並遇到躲在地下水道，正在尋找喵喵的武藏和小次郎。小智迫不得已和火箭隊合作，究竟大宇怪有甚么可怕的陰謀?!
第134集三色堇登場！發電蜥與指路羊!!
小智一行來到果實島，為了慶祝果實收成，果實島正要舉行一個盛大的祭典。他們途中遇到神奇寶貝記者三色堇。三色堇帶著指路羊和發電蜥，從卡洛斯地方來到果實島取材，她想為在祭典舉行的神奇寶貝相撲大會寫一篇報導。相撲大會的冠軍獎品是“振奮精神的頭布”和大量樹果，小智與炒炒豬、天桐與花椰猴、艾莉絲與快龍都決定參賽，究竟他們會遇上怎樣的強敵？
第135集寶藏之謎！無人島大冒險！
小智一行來到椰子島，他們聽三色堇說附近的無人島埋藏著一個與神奇寶貝有關的傳說寶藏。神奇寶貝記者三色堇曾經去過一間海盜博物館取材，並在調查後發現了寶藏的地圖和暗號。火箭隊偷聽到小智他們的對話後決定搶先一步，到無人島搶走寶藏。小智他們來到無人島後不斷受到不同的神奇寶貝襲擊，而這些申請表都有一個共通點…究竟他們最後能否成功發現寶藏！？
第136集小椿與艾莉絲！顏色不同的赤面龍
小小智一行為了與生活在洞穴的神奇寶貝見面，在洞窟島下船，並在那裡偶然重遇小椿。小椿來洞窟島是為了收服“顏色不同的赤面龍”，但在遇中與快龍走失了，於是小智他們幫忙尋找快龍。雖然成功找回小椿的快龍，但她卻與艾莉絲的快龍爭吵起來。最後，他們為了尋找顏色不同的赤面龍，向森林深處的洞穴進發，可是…
第137集音波飛龍登場！彗星與勇者的傳說!!
小智一行人來到傑可羅拉群島中某一個島，他們為了觀察“烏地多彗星”，和三色堇一起前往山頂。據說彗星出現的時候，神奇寶貝會聚集在山上，並會有不可思議的行動。他們到達山頂之後，發現了勇者烏地多曾經在此展開無數戰鬥的對戰區遺蹟。他們在陰暗的通道前進，而火箭隊早已在前面埋伏……
第138集前進吧！指路羊！
小智一行人和神奇寶貝記者三色堇，來到某個島上的神奇寶貝中心。因為三色堇要整理採訪材料，小智他們暫時代為照顧指路羊。小智對來至卡洛斯地方的指路羊十分有興趣。此時，島上的一個少年湯尼看見指路羊，並無意間碰到它的角。當人類碰到指路羊的角，它就能感應到此人的願望。指路羊得悉湯尼的願望，在小智他們波留意的情況下，讓湯尼騎上背脊，向某處進發。小智他們在尋找指路羊途中，遇上了君莎和湯尼的母親，並猜測到指路羊和湯尼的去向……
第139集導電飛鼠加入火箭隊!?
由於要等黃昏出航的船，小智一行人在草原悠閒地野餐。可是，導電飛鼠因為被艾莉絲誤會，感到不滿而獨自飛走。導電飛鼠滑翔的時候被強風吹至失去平衡，並在火箭隊眼前墜落！它與武藏和小次郎的神奇寶貝對戰，而且輕鬆獲勝。在戰鬥過後，火箭隊想說服導電飛鼠加入他們，幻想多多的導電飛鼠，竟然真的決定跟他們一起行動…？
第140集天桐VS冰之挑戰者！三曜道館的危機
小智一行人來到了岩流島，在等待天桐的兄弟伯特和寇恩途中，出現了一隻暴雪王。花椰猴和天桐之前摘了很多樹果，正當花椰猴想和暴雪王分享的時候，突然受到它攻擊。剛好在那個時候，伯特和寇恩來到，並告訴天桐暴雪王的訓練家多拉格想要拆掉三曜道館的招牌。伯特和寇恩已經在對戰中落敗，多拉格今次前來是為了擊倒剩下的天桐。為了保護三曜道館，天桐決定全力應戰！
第141集祝福你們！直至再會那一天!!
小智一行人坐船到關都地方的港口城市·枯葉市。在傑可羅拉群島旅行的日子也即將完結。火箭隊無論如何，都想在小智他們到達關都之前捉走皮卡丘，他們用巨型的氣球把客船吊起，使客船充滿混亂。火箭隊像平常一樣搶奪小智他們的神奇寶貝，但今次帕卡先生竟然協助火箭隊的惡行？
第142集我的夢想、神奇寶貝大師!!
小智環繞傑可羅拉群島的旅行，在到達關都地方的枯葉市後終於告一段落。小智跟艾莉絲和天桐告別，各自向自己的夢想進發。小智和三色堇一起回到真新鎮，在回家不久後立即前往大木博士的研究所，與神奇寶貝見面。小智回顧了在合眾地方的冒險，決定前往卡洛斯地方，實現自己成為“神奇寶貝大師”的夢想。
第143集天桐小剛！暴鯉龍的逆鱗!!
天桐告別小智和艾莉絲，和花椰猴一起來到城都地方。他在某個湖釣魚，並釣到暴鯉龍。可惜花椰猴在和暴鯉龍的對戰中落敗，天桐立刻帶受傷的花椰猴到神奇寶貝中心，並在那裡遇上小智往日的旅伴小剛和擁有皮卡丘的女孩阿由美…
第144集艾莉絲VS小椿！通往龍系大師之路!!
在龍之聖地的樹上睡覺時不小心掉到盔甲鳥的身上，受到驚嚇的盔甲鳥帶著圓陸鯊來到了城都地區，初次到城市的圓陸鯊對未見過的實物感到害怕，開始在城市裡隨意挖洞破壞，從而被居民追趕。以挑戰煙墨道館的館主小樁為目標的艾莉絲認為圓陸鯊這么做一定有原因，後來艾莉絲與其心靈相通，化解了矛盾，圓陸鯊對艾莉絲也產生了好感...
動畫音樂
片頭曲
| 話數 | 曲名 | 作詞 | 作曲 | 編曲 | 演唱 |
|---|---|---|---|---|---|
| 001-084 | 超級願望！ | 戸田昭吾 | 田中宏和 | 谷野謙一 | 松本梨香 |
| 085-108 | 成為箭頭！ | 戸田昭吾 | 田中宏和 | 田中宏和 | 松本梨香 |
| 109-122 | 成為箭頭！2013 | 鳴瀬シュウヘイ | |||
| 123-142 | 如夏日的斜坡 | ダイスケ、田中秀典 | 鈴木Daichi秀行 | ダイスケ | |
片尾曲
| 話數 | 曲名 | 作詞 | 作曲 | 編曲 | 演唱 |
|---|---|---|---|---|---|
| 001-025 | 心的號角曲 | BWプロジェクト | 田代智一 | 後藤康二 | 奧井亞紀 |
| 026-060 | 會說神奇寶貝嗎？BW | 戶田昭吾 | 田中宏和 | 鶴野剛士 | 鶴野剛士 |
| 061-078 | 七色拱橋 | ビカチュウPJ-2012 | 江崎稔子 | 後藤康二 | ポケモン BW合唱団 |
| 079-108 | 看呀看呀☆看這邊 | 戶田昭吾 | 田中宏和 | 田中宏和 | 桃色幸運草Z |
| 109-122 | 環繞櫻花 | 戶田昭吾 | 田中宏和 | 田中宏和 | 私立惠比壽中學 |
| 123-142 | 手牽手 | 柳達基 | 宅見將典 | 宅見將典 | 私立惠比壽中學 |
音像製品
| TV動畫精靈寶可夢超級願望“超級願望！”/“心的號角曲” 【專輯名稱】TVアニメポケットモンスターベストウイッシュ「ベストウイッシュ!」/「心のファンファーレ」 【發售日期】2010年11月24日 【專輯編號】ZMCP-5653 【專輯製作】皮卡丘唱片/MediaFactory 【專輯售價】1365日元 【收錄曲目】 1.ベストウイッシュ！ 2.心のファンファーレ 3.ベストウイッシュ!(オリジナルカラオケ) 4.心のファンファーレ(オリジナルカラオケ) 5.ベストウイッシュTVBGM-M01(ボーナストラック) 6.ベストウイッシュTVBGM-M02(ボーナストラック) 7.ベストウイッシュTVBGM-M03(ボーナストラック) 8.ベストウイッシュTVBGM-M04(ボーナストラック) |  TV動畫精靈寶可夢超級願望“超級願望！”/“心的號角曲” |
| 會說神奇寶貝嗎？BW 【專輯名稱】ポケモン言えるかな？BW 【發售日期】2011年06月22日 【專輯編號】ZMCP-7132 【專輯製作】皮卡丘唱片/MediaFactory 【專輯售價】1155日元 【收錄曲目】 1.ポケモン言えるかな？BW 2.ポケモン言えるかな？BW（TVアニメサイズ） 3.ポケモン言えるかな？BW（オリジナルカラオケ） 4.ポケモン言えるかな？BW（TVアニメサイズ・オリジナルカラオケ） |  會說神奇寶貝嗎？BW |
| 精靈寶可夢超級願望第二季 【專輯名稱】ポケットモンスターベストウイッシュ！シーズン2 【發售日期】2012年07月18日 【專輯編號】ZMCP-6093 【專輯製作】皮卡丘唱片 【專輯售價】1300日元 【收錄曲目】 1.やじるしになって！ 2.七色アーチ 3.君の胸にLaLaLa（ボーナストラック） 4.やじるしになって！（オリジナルカラオケ） 5.七色アーチ（オリジナルカラオケ） |  精靈寶可夢超級願望第二季 |
| 手牽手/禁斷的因果 【專輯名稱】手をつなごう/禁斷のカルマ 【發售日期】2013年06月05日 【專輯編號】DFCL-2003 【專輯製作】DefSTARRecords 【專輯售價】1200日元 【收錄曲目】 1.手をつなごう 2.禁斷のカルマ 3.AnotherDay 4.手をつなごう（LessVocal） 5.禁斷のカルマ（LessVocal） 6.AnotherDay（LessVocal） |  手牽手/禁斷的因果 |
關聯作品
精靈寶可夢劇場版精靈寶可夢劇場版自1998年起以每年一部的速度上映，上映時間都在暑假期間。故事以傳說中的神奇寶貝為主。為了故事的連貫性，每部劇場版上映的時候，小智的夥伴們與手持的神奇寶貝都與當時播放的電視動畫保持一致，但是電視動畫中的小智並不知道電影版中發生的故事。劇場版正式放映前，都會播放一段皮卡丘短片。
| 劇場版 | 日文標題 | 中文標題 | 首映日期 | |
|---|---|---|---|---|
| M14 | ビクティニと黒き英雄 ゼクロム | 比克提尼與黑英雄捷克羅姆 | 2011年7月16日 | |
| M14 | ビクティニと白き英雄 レシラム | 比克提尼與白英雄雷希拉姆 | 2011年7月16日 | |
| M15 | キュレムVS聖剣士 ケルディオ | 酋雷姆VS聖劍士凱路迪歐 | 2012年7月14日 | |
| M16 | 神速のゲノセクト ミュウツー覚醒 | 神速的蓋諾賽克特超夢覺醒 | 2013年7月13日 |
皮卡丘短片
皮卡丘短片是一系列以皮卡丘為主角的動畫短片的統稱，片中鮮少出現人類。這些短片有作為OVA發售的，也有在電影版正式播放之前放映，或於ANA機上放映，另外還有兩部3D電影單獨放映，非OVA的基本都是限定期間放映。
| 短片 | 日文標題 | 中文標題 | 公映日期 |
|---|---|---|---|
| PK22 | ピカチュウのサマー・ブリッジ・ストーリー | 皮卡丘的夏天·橋·故事 | 2011年8月1日 |
| PK23 | うたえメロエッタリンカのみをさがせ | 唱吧，美洛耶塔尋找梨花果 | 2012年7月3日 |
| PK24 | メロエッタのキラキラリサイタル | 美洛耶塔的閃亮音樂會 | 2012年7月14日 |
| PK25 | ピカチュウとイーブイ☆フレンズ | 皮卡丘與伊布☆好朋友 | 2013年7月13日 |
