早年生活與第一次總統任期
米爾頓·奧博特擔任反對黨總裁數年後,奧博特與布乾達君主主義政黨卡巴卡耶卡黨(KabakaYekka)結成聯盟,在1961年獲選為總理。1962年4月25日,奧博特正式上任,當時的烏干達總督是沃爾特·庫茨。翌年,奧博特罷免國家元首伊莉莎白二世,布乾達國王穆特薩二世成為總統,奧博特出任執行總理。
奧博特出任總理期間,曾與後來成為烏干達武裝部隊副指揮官的伊迪·阿明參與走私黃金的計畫。當國會要求調查奧博特和阿明,奧博特臨時廢除憲法,剝奪五個部族王國領導人的權力,又逮捕了幾個內閣成員。這時他在緊急狀態下擁有相當大的權力。這次事件使奧博特與批評其廢除憲法的穆特薩總統的關係變得緊張。其後,奧博特發動政變,推翻穆特薩總統,在1966年3月2日自立為執行總統。奧博特名義上實行社會主義式統治,這使他在西方世界(尤其英國)不受歡迎,而他的統治地位也被軍人動搖。1971年,奧博特被伊迪·阿明將軍推翻,流亡坦尚尼亞。
第二次任期
阿明在1979年被坦尚尼亞軍隊和烏干達流亡者推翻後,烏干達在大選前被總統委員會領導的過渡政府統治。奧博特的人民大會黨在1980年舉行的選舉中獲勝。但反對黨認為選舉被操縱,以約韋里·穆塞韋尼的全國抵抗軍為首的武裝力量實行游擊反抗。奧博特的全國解放軍和叛軍的戰鬥估計共造成100,000人死亡。1985年7月27日,奧博特再次被他的軍隊將領巴西利奧·奧拉拉-奧凱洛和蒂托·奧凱洛將軍發動軍事政變推翻。
死亡
奧博特第二次被推翻後,先後流亡坦尚尼亞和尚比亞。他曾被認為將會重返烏干達政壇,但他卻在2005年8月宣布欲離任人民大會黨總裁。2005年9月,據報奧博特將於年底前返回烏干達。2005年10月10日,奧博特因腎衰竭在南非約翰內斯堡一家醫院病逝。同月,為奧博特舉行的國葬在烏干達首都坎帕拉進行,總統約韋里·穆塞韋尼也有出席。但一些人,包括盧韋羅三角大屠殺的生還者卻對奧博特獲得國葬感到不滿。
奧博特死後,其妻米瑞婭·奧博特獲選為新任人民大會黨總裁。
