種群瓶頸效應是指某個種群的數量在演化過程中由於死亡或不能生育造成減少50%以上或者數量級減少的事件。種群瓶頸可能促成遺傳漂變。種群瓶頸發生後，可能造成種群的滅絕，或種群恢復但僅存有限的遺傳多樣性。
動物
一個例子是獵豹(Acinonyxjubatus)，由於獵豹彼此之間的關係過於相近，獵豹之間的直接皮膚移植已經不會引發任何免疫反應。獵豹也遭受低精子濃度、低精子活動力及畸形精子鞭毛等問題。科學家推測，獵豹約在一萬年前的上一個冰河期中經歷了種群瓶頸，加上長年近親交配，因而造成其基因庫寡少情形，使得族群對於疾病沒有什麼應變能力；如致命的貓科傳染性腹膜炎(felineinfectiousperitonitis)，在家貓中的致病率約1%-5%，但在獵豹中的發病率高達50%-60%。
根據2002年的一份研究報告，4萬3000年前大熊貓遭遇了種群瓶頸效應，造成現在瀕於絕跡的狀況。
其他例子
歐洲野牛(Bisonbonasus)：現存的族群是由當初12頭個體繁衍而來。
美洲野牛(Bisonbison)：在1890年代數量曾少於1000頭。
北象海豹(Miroungaangustirostris)的數量在1890年左右曾經降至只剩30頭。
敘利亞倉鼠(Mesocricetusauratus)：今天所有的倉鼠都來自於1930年在敘利亞發現的一隻母鼠及其一窩幼鼠。
查島鴝鶲(Petroicatraversi)：1980年代只餘5尾個體，其中有生育能力的母鳥只有一尾。
列山島野鴨(Anaslaysanensis)：1912年只存7尾成鳥和5尾幼鳥。
模里西斯隼(Falcopunctatus)：1974年只餘4尾個體。
