1937年濟南師範畢業後奔赴延安,先後入“陝公”,“抗大”和黨校學習,是年5月加入中國共產黨。1938年10月受命去新疆工作,先後任阿克蘇、莎車等縣稅務局副局長和財政局副局長,1942年9月被新疆軍閥盛世才逮捕。直到1946年冬,根據《雙十協定》關於釋放政治犯的規定,才得以獲釋。回延安後,先後任陝甘寧邊區政府辦公廳秘書、陝北軍工局秘書、冀魯豫邊區九地委組織幹事、平原省委組織部秘書、辦公室主任等職。1952年2月,調北京航空學院工作,先後任二部、三部副主任,幹部處處長,黨委副書記兼監委書記,政治部副主任等職。
在“文化大革命”中,程九柯被江青反革命集團誣陷為“新疆叛徒集團”成員,受盡非刑,致使身患重病,於1974年含冤去世。1978年9月,黨中央予以平反昭雪。
