陳建死後四年的隆慶五年(1571)九月,工科給事中李貴和上書皇帝,告發了《通紀》,穆宗同意了禮部的決議,《通紀》原板被毀。禁書越禁名聲越大,這也是規律性現象。《通紀》成為禁書後,實際上由政府出面做了一次免費廣告,引起了全國人更為廣泛的注意。萬曆以後,復有重刻及續補。經由書商的市場操作,銷售力度顯然更大,於是,《通紀》的影響面進一步擴大。陳建《通紀》作為第一部敘事型明代編年史,出手就不凡,“通紀熱”曾影響了晚明史壇近百年。
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至於原版的命運,自隆慶五年(1571)通紀板遭禁毀以來,原版流傳甚少,目前僅有一部原汁原味的嘉靖原刻足本存世。本書(如圖)即據此整理而成。《通紀》以單刻本形式整理出版,這在出版界是第一次。《通紀》的學術價值、閱讀價值巨大,是圖書館必藏、明史愛好者必備史學名著。