玉山書院位於台灣台南。清鹹豐元年(1851)創建。同治元年(1862)毀。六年吳志高、林威等募款重建。其規模在台灣的書院中為最小，只招聘講師1人，選舉管理員1人。購置學田100餘畝以充其經費來源。已廢。
