灌雲縣始屬海寧州，明朝屬淮海府，清屬海州轄。1940年秋，中國共產黨領導的國民革命軍第八路軍在蘇北建立蘇北抗日根據地，成立東灌沭辦事處，設立司法科。1942年東灌沭辦事處改名為灌雲縣人民政府，仍保留司法科。1949年11月灌雲縣解放，經江蘇省人民政府批准，在原司法科基礎上，正式成立灌雲縣人民法院，審判工作由蘇北行政公署法院領導。1953年，灌雲縣法院改屬淮陰專署中級人民法院領導。1983年實行市管縣後，灌雲縣人民法院劃屬連雲港市中級人民法院管轄。
長期以來，灌雲縣人民法院通過對大量刑事、民商事、行政案件的審判和執行工作，有力地推動了灌雲縣域經濟的發展，維護了社會穩定，促進了灌雲的法治建設和社會的進步，湧現了一大批“先進集體”和“先進個人”，為灌雲縣人民法院的歷史增添了光輝的一頁。
2012年來，灌雲縣人民法院新一屆黨組緊緊圍繞“為大局服務、為人民司法”工作主題，始終堅持以鄧小平理論、“三個代表”重要思想和科學發展觀為指導，進一步明確“抓班子、帶隊伍，抓業務、強素質，抓作風樹正氣、抓制度嚴管理、抓落實重實效”工作思路，帶領全院幹警奮發拼搏、奮勇爭先，審判執行、隊伍建設、社會管理創新、法院文化建設、基層基礎建設等各項工作萬上了新的台階。
