歷史
1909年清政府成立了遊美學務處，負責直接選派學生游美，同時著手籌設游美肄業館。1910年11月，遊美學務處向外務部、學部提出了改革游美肄業館辦法。其中提到，因已確定清華園為校址，故呈請將游美肄業館名稱改為“清華學堂”。12月，清政府學部批准了這個改革辦法。之後，清末兼管學部和外務部的軍機大臣那桐於宣統辛亥年（1911年）為清華學堂題寫了校名。我們今天看到的清華學堂大樓大門外，正額“清華學堂”四字即為那桐手書。 清華學堂大樓分西部、東部兩期建成。其西部建於1909～1911年，學校同期興建的還有二院（在清華學堂以北、電機館的西邊，現已拆除）、三院（在大禮堂以北，現已拆除，在其原址擴建新圖書館）、同方部等一批建築。俟這批建築基本竣工後，清華學堂於1911年4月29日在清華園開學，這就是清華歷史的開端。周詒春校長到職後積極籌備改辦大學，在任職期間（1913年8月～1918年1月）又蓋了一批適應未來大學需要的高標準建築（清華著名的“四大建築”——大禮堂、圖書館、科學館、體育館均始建於周詒春任內）。其間，1916年清華學堂大樓向東進行了擴建，擴建後總建築面積達4560平方米。當時清華學堂是清華園內第一座“大樓”，雖然高不過兩層，但因四大建築那時還未落成，故在當時的校園建築中已是鶴立雞群了。
清華學堂大樓西部建成後成為高等科學生的教室，東部建成後曾是高等科畢業班的學生宿舍，所以歷史上也稱“高等科”。高等科宿舍的設施相當華麗舒適，有閃閃發亮的打蠟地板，能抵禦北方風沙的雙層拉窗。據1923年畢業於清華學校的梁實秋先生回憶：“臨畢業前一年是最舒服的一年，搬到嚮往已久的大樓裡面去住，別是一番滋味。這一部分的宿舍有較好的設備，床是鋼絲的，屋裡有暖氣爐，廁所裡面有淋浴有抽水馬桶。不過也有人不能適應抽水馬桶，以為做這種事而不採取蹲的姿勢是無法達成任務的……”在這裡，當時清華學校的學生在畢業留洋前，已可以預先領略一下西方的生活方式了。
上個世紀二十年代，清華學堂曾是培養國學人才的搖籃。1925年，曹雲祥校長執掌校政時，清華增設新制大學部和國學研究院。學校特別注意延聘名師，先後聘請了王國維、梁啓超、陳寅恪、趙元任等著名學者擔任清華國學院的“四大導師”。他們和考古學家李濟、文學家吳宓等薈萃於清華學堂，培養學生分別研究中國文、史、哲諸學。國學研究院開設了古史新證（王國維先生）、中國通史（梁啓超先生）、方言學（趙元任先生）、人文學（李濟先生）等課程，除中國通史在同方部外，其餘課程均在清華學堂117號教室講授。由於種種原因，清華國學院於1929年終結。國學院存在的時間雖短，但為我國培養了一代國學專家，其中成就卓著為人們所熟知的有：姚明達、羅根澤、陳守寔、劉盼遂、劉節、陸侃如、謝國楨、王力、高亨、王靜如、徐中舒、姜亮夫、戴家祥、蔣天樞、朱芳圃等。
在20世紀三四十年代，學校的教學、行政等領導機構基本都設在清華學堂大樓里。解放初期，學堂西部仍是校領導機關（校委會）所在地，東部的一部分曾用作中共清華黨總支的辦公室。五十年代以後，梁思成為主任的清華建築系遷入此樓，清華學堂大樓成為建築系專用系館。那時，人們步入清華學堂，會看到門廳和長廊上懸掛了琳琅滿目的名畫，感受到濃厚的文化藝術氣息。然而在“文革”期間，清華學堂大樓因年久失修遭到了嚴重損壞。“文革”結束後，關於如何處理這座殘舊的建築，曾存在著不同的意見。在劉達校長的堅持下，由張維副校長親自向技術室下達修繕加固任務。1978年底學校基建處許大華等人經丈量重新繪製了、檔案館目前僅存的清華學堂的建築圖。在翻修過程中拆除了一樓腐朽的木地板，填平了積水的地下室；為了抗震還用鋼材加固了二層樓板和整體結構，外觀也被修葺刷新。如今清華學堂建築面積僅有3600平方米，作為清華園內早期的文物建築被保留了下來。但是屋面原為紅瓦，現為（內側）灰（外側）紅兩色瓦。外部磚石經歷多年風化侵蝕，現開裂剝落較多。清華學堂是校園裡最引人注目的早期建築之一，保護修復它，仍需做很大努力。在七八十年代，這裡曾為精密儀器系工程製圖教研組所用，並有全校公用製圖教室。目前，清華學堂大樓是學校研究生院、教務處、科技處、註冊中心等機構的辦公場所。
1990年代末，清華校教務處遷入東半部，成為全校學生返校註冊的必到之處；校研究生部遷入西半部，從此結束了清華學堂用作教室的歷史。
2001年，清華學堂作為“清華大學早期建築”的一部分，進入國務院公布的全國重點文物保護單位名單。
失火事件
事件概況
燒毀後的現場2010年11月13日凌晨1點多，正在修繕的全國重點文物保護單位、清華大學早期標誌性建築清華學堂突然失火。44部消防車、308名消防官兵耗時兩個小時才將大火撲滅。大樓東部部分屋頂
被燒塌，過火面積達800平方米，火災未造成人員傷亡。清華大學通報稱，大火未對清華學堂主體結構造成影響。
學堂受損情況
清華學堂過火面積或達3000平米 專家稱可修復
據清華大學校方公布信息顯示，此次火災的過火面積800平方米左右，不對主體結構構成影響。
但昨日下午，該校負責人對著火現場進行視察時，稱整個清華學堂此次過火面積約3000平方米。
清華學堂從外觀看，磚石結構並無太多過火痕跡。但內部呈U字形的建築整個東半部房頂完全燒毀，僅殘存過火木樑和少量屋頂支架。二樓的樓板和樓梯也已燃燒殆盡，整個過火建築只剩豎立的四壁和部分受損的短牆。
對於校方所稱的“火災不對主體結構構成影響”，市文物局並未表態。
