清末國家機關改革總理衙門的設立
總理衙門為“總理各國事務衙門”之簡稱，又有稱為“總署”或“譯署”的。鹹豐十年（公元1860年），第二次鴉片戰爭結束後，恭親王奕?等在與侵略者簽訂了投降的《北京條約》以後，便於當年十二月上書請設立總理各國事務衙門。鹹豐在當月就下諭準予設立。原諭是：“京師設立總理各國通商事務衙門，著即派恭親王奕?、大學士桂良、戶部左侍郎文祥管理，並著禮部頒給‘欽命總理各國通商事務’關防。”此後就在“撫夷局”的基礎上成立了總理各國事務衙門。這個洋務衙門，不僅是辦理與洋人交涉通商事務，而且凡有關洋務的鐵路、電報、關稅、學校各方面事務，均歸其掌理。所以這個衙門幾乎成為“洋務內閣”了。清政府的內閣久成虛設，其實權在軍機處，到了成立總理衙門之後，軍機處也只管對內事件，對外事宜盡歸總理衙門了。
總理衙門的職官，仿照軍機處的體系，有大臣和章京。大臣有三種：（一）總理各國事務親王、郡王、貝勒，由皇帝特簡，無定員；（二）總理大臣，以軍機大臣兼任，也由皇帝特簡，無定員；（三）大臣上行走，由內閣、各部院滿、漢堂官內特簡，無定員。這三種大臣，初僅3人，以後最多增加到12人。總理大臣的職掌，據《光緒會典》卷99所載是：“掌各國盟約，昭布朝廷德信，凡水陸出入之賦，舟車互市之制，書幣聘饗之宜，中外疆域之限，文譯傳達之事，民教交涉之端，王大臣率屬定議，大事上之，小事則行”。這就是說掌管與各國訂約、並遵約辦事，凡通商貿易，關稅、交聘、定界、海防、傳教、文書往來等事，都由大臣直接協辦，只有重大事項才奏報皇帝裁決。
擔任總理衙門的具體工作是章京。章京有四種：（一）、總辦章京（滿、漢各2人），職掌是：1.綜理文書、收支、庶務；2.起草章奏；3.隨王大臣辦理交涉，擔任記錄；4.籌辦有關外交宴會；5.稽核各種經費。（二）、幫辦章京（滿、漢各1人），協助總辦章京辦理各項事務。（三）、章京（滿、漢各10人），輪流值宿。（四）、額外章京（滿、漢各8人），職與章京同。
章京又稱司員。總理衙門的司員，不是每天到署辦公，而是每二日為一班，輪流辦事，也就是說每人每月只上班15天，其餘15天在家休息。因當時衙門司員人多，又“必得人人辦事，方無遲誤”，所以才作這樣規定。
總理衙門的辦事機構分為英、法、俄、美及海防五股；辦理行政事務，則有司務廳和清檔房。與總理衙門有關的機構還有同文館（學習外國文化、科學的學校）和總稅務司（掌各海關徵收課稅及綜理全國關稅行政等事務）。
添設督辦政務處
督辦政務處設於光緒二十七年（公元1901年）三月，為總辦改革政治的特設機關。《光緒東華錄》載光緒原諭說：“上年十二月初十，因變通政治，力圖自強，通飭京、外各大臣，各抒所見，剴切敷陳，以待甄擇……此舉事體重大，條件繁多，在體察時勢、抉擇精當，分別可行不可行，並考察其行之力不力，非有統匯之區，不足以專責成，而挈綱領，著設立督辦政務處，派慶親王奕?、大學士李鴻章、榮祿、崑岡、王文韶、戶部尚書鹿傳霖為督辦政務大臣，劉坤一、張之洞亦著遙為參預。該王大臣等，於一切因革事宜，務當和衷商榷、悉心詳議，次第奏聞……其政務處提調各官，該王大臣等務擇心術純正，通達時務之員，奏請簡派，勿稍率忽”。光緒三十二年（公元1906年），在改組內閣的同時，也把督辦政務處改名為會議政務處，以各部尚書為內閣政務大臣。
督辦政務處的屬員有提調、幫提調、總辦、幫總辦各2人，章京8人，委員2人。這些官員初期皆以軍機處章京及各部司員兼充。後來都改由內閣、翰林院官兼任，員額也有所增減。宣統三年（公元1911年）改設責任內閣，以軍機大臣為總協理大臣，至此，政務處才被撤銷。
改設外務部
光緒二十七年（公元1901年）六月，改總理衙門為外務部，《清史稿·職官六》說：“鹹豐十年（公元1860年），文宗北狩，特置專官辦理撫局，其冬，設總理各國事務衙門，命恭親王奕?領之……光緒二十七年，《辛丑和約》成，更名外務部，班列各部上。”其改設的原因，光緒的原諭說：“從來設官分職，惟在因時制宜。現當重定和約之時，首以邦交為重，一切講信修睦，尤賴得人而理。從前設立總理各國事務衙門辦理交涉，雖歷有年所，惟所派王大臣等多系兼差，恐未能殫心職守，自應特設員缺，以專責成。總理各國事務衙門著改為外務部，班列六部之前。這就是說，過去總理大臣多是兼差，“未能殫心職守”去“講信修睦”，所以必須特設員缺，以專司其事。其實，人員的專職與否並不能成為改革機構的理由。真正的原因是總理衙門的職司仍不能滿足侵略者的要求。光緒改設外務部，提高外務部的地位以及委派王大臣等，都是根據侵略者的意旨來執行的，這說明清政府的半殖民地化從此又深入一步。
外務部的首官是總理親王，下有會辦大臣、會辦大臣兼尚書各1人，左右侍郎各1人，左右丞（掌機密文移、綜領各項事務）、左右參議（掌審議法令）各1人。其內部組織有四司、一廳、五處。四司：即和會司、考工司、榷算司、庶務司。各司職掌極為廣泛，凡與洋人有關事務，均被列入，實是一個洋務衙門。各司設郎中、員外郎、主事各2人，額外行走各6人。一廳：即司務廳，掌來往文書及一切雜務。有司務2人，以翻譯官揀補，三年期滿，準作額外主事敘補。五處：即辦理俄、德、法、英、日本五國交涉事務。每處各設翻譯官3人，由同文館學生及各省學堂學生揀補。
外務部還附設儲才館，以培養外交人才，學習期限三個月至一年。
改組部、院各衙門
民政部民政部是由巡警部改設的。置尚書1人，左右侍郎各1人，左右丞、左右參議各1人。內部機構有二廳、五司。二廳：即承政廳（總務）、參議廳（議訂法令章程）；五司：即民治（地方行政）、警政、疆理、營繕、衛生。除參議廳設參事2人外，承政廳及各司，分別設郎中、員外郎、主事及七品小京官若干人（承政廳不設主事）。其員額數人至十數人不等。此外尚有候補司員、學習司員、額外委員，八、九品錄事等，計160餘人。宣統三年（公元1911年），改尚書為大臣，侍郎為副大臣。
民政部的所屬還有內城巡警總廳及外城巡警總廳兩個單位。
度支部是由戶部改稱的。置尚書1人，左右侍郎、左右丞、左右參議各1人。內部機構有承政、參議2廳及田賦、漕倉、稅課、筦榷（鹽課）、通阜（貨幣）、庫藏、廉俸、軍餉、制用（稽核工程、款項及雜支）、會計等十個司與一個金銀庫。各廳、司、庫分別設郎中、員外郎、主事等官，除金銀庫人數較少外，其餘廳、司均有十來人。此外，還有收發稽察處（掌收發文書及催辦），設員外郎、主事計3人，又有筆帖式一百餘人，額外司員四百餘人。宣統三年，改尚書為大臣，侍郎為副大臣。
度支部所屬機構有寶泉局、崇文門稅關、大清銀、造幣總廠及倉場總督衙門等單位。
光緒三十二年（公元1906年）改刑部為法部，置尚書、侍郎、左、右丞、左、右參議各1人，分設審錄（掌朝審錄囚、覆覈大理院、審判廳刑名）、制勘（掌秋錄實緩、宣科刑禁）、編置（掌盜賊減等、定地編髮）、宥恤（掌恩詔赦典、清理庶獄）、舉敘（掌升遷調補、籍紀功罪、懲考法官、律師、書記）、典獄（掌修茸囹圄、嚴固扃鑰）、會計（掌財用出入、勾稽罰鍰鈞金）、都事（掌翻譯章奏、收發罪囚文移）等8司，郎中25人，員外郎34人，主事33人。還有一個收發所，設郎中、主事各2人。此外，又有七品小京官26人，八品錄事53人，九品30人。宣統三年（公元1911年）改尚書為大臣，侍郎為副大臣。《清史稿·職官六》說：“大臣掌主法職，監督大理院及京、外審判、檢察，以維法治。副大臣貳之。”
法部所屬單位有京師高等審判廳、檢察廳、京師內外城地方審判廳、檢查廳與京師初級審判廳、檢察廳等機構。此外，光緒三十三年（公元1907年）還設有修訂法律館，專掌修訂各種法律，特派大臣（不定員）管理，下設提調2人，總纂4人，纂修、協修各6人，庶務處總辦1人，譯員、委員若干人。
設立資政院及省咨議局
資政院，光緒三十三年（公元1907年）設。其設定總綱說：“以取決公論，預立上下議院基礎為宗旨”。設官有總裁1人（王、公、大臣內特簡）、副總裁1人（三品以上大臣內簡充）。其職掌據《清史稿·職官六》說：“掌取決公論。凡歲入歲出法典條章，公債稅率，及被旨諮議者，經議員議決，會國務大臣上奏取裁”。在總裁、副總裁之下設協理4人，幫辦、參議各3人。宣統元年（公元1909年），更置秘書廳，設秘書長1人，一、二、三等秘書官各4人，掌計會文牘。議員、宗室王、公世爵16人，滿、漢世爵12人，外藩王、公世爵14人，宗室、覺羅6人，各部院官32人。
資政院章程於宣統元年（1909年）七月頒布，宣統二年九月才正式開院。
宣統元年九月又宣布成立各省諮議局，並召集議會，凡本省興革事件，預決算、稅法、公債以及應擔義務等，都在議論範圍之內，當時各省議員總數達1，677人。充任諮議局議員的必須是：
1、曾在本省地方辦理事務及其他公益事務三年以上而卓有成績者；
2、曾在本國或外國中學堂及與中學同等之學堂畢業並取得文憑者；
3、有舉貢生員以上出身者；
4、曾任實缺職官文七品、武五品以上未被參革者；
5、在本省地方有五千元以上之營業資本或不動產者。可見諮議局議員選任資格是受到出身、學歷和財產等的限制。據張惠昌在《立憲派人和四川諮議局》一文中的統計“四川全省有人口七千餘萬，登記有選舉資格的，只有十九萬一千五百餘人，即一千人中只有三人享有選舉權。
由於資政院與諮議局是議會性質的機構，各地資產階級、小資產階級和地主階級中要求改革的人，多被選為議員。這個機構立即成為他們要求政治改革的講壇。隨著革命形勢的發展，請願立憲的運動也日益高漲起來，政治改革成為不可抗拒的潮流。所以說資政院和諮議局在當時對提高民主主義覺語，促進革命運動，是起了一定作用的。
