學校立體效果圖生物工程學院的淵源是建於1952年的南京工學院發酵工程專業，是我國同類學科領域中最早設立的學科點。學院下設生物科學系、發酵工程系、生物製藥系、生物化工系和環境科學與工程系。其中，發酵工程學科為國家級重點學科、江蘇省十一個“重中之重”學科之一，是國內首批碩士學位授予點、最早的博士學位授予點之一。，學院擁有輕工技術與工程一級學科學位授予權（涵蓋包括發酵工程在內的4個博士點）和環境工程博士學位授予點，設有發酵工程、環境工程、生物化工、微生物學、生物化學與分子生物學、微生物與生化藥學等6個碩士學位授予點，建有生物工程、環境工程、製藥工程、生物科學四個本科專業。生物工程專業被評為江蘇省高等學校品牌專業。
實驗室
實驗室生物工程學院建有國家生命科學與技術人才培養基地、工業技術教育部重點實驗室、江蘇省生物活性產品加工工程研究中心和發酵技術國家工程研究中心等科學研究基地，為學科建設搭建了良好的發展平台，已成為我國生物技術產業人才培養和科學研究的重要基地。 江南大學工業生物技術教育部重點實驗室是在原輕工總會發酵工程重點實驗室的基礎上建立的，於2000年8月被批准為教育部第三批重點實驗室。南京工業大學校長歐陽平凱院士任實驗室學術委員會主任，現任實驗室主任為徐岩教授。並且成立了校長負責的，科技、人事、財務、國有資產、研究生院（部）、211辦（學科建設辦）等部門參加的重點實驗室建設管理委員會，協調解決重點實驗室發展中的重大問題。
工業生物技術教育部重點實驗室根據我國國民經濟建設的中長期發展目標綱要，以推動工業生物技術及其相關產業的改造、更新、重組和升級為目的，重點開展工業生物技術套用基礎領域的研究工作。
重點實驗室共有固定研究人員28名，其中教授18名，副教授5名，助研1名；儀器管理和行政人員4名。固定研究人員中20人具有博士學位。重點實驗室另有客座研究人員27，其中教授20名，副教授5名，講師2名。完成國家、部省下達的科研任務90餘項（863、973、國家自然科學基金、國家攻關計畫等），鑑定成果50餘項，獲國家技術發明二等獎兩次，部省級科技進步獎二十餘次，在國內外學術期刊發表論著1000餘篇（其中SCI論文193篇），專著和教材34部，授權專利81項，申請專利163項，並積累了許多重點實驗室建設和運行的經驗。
師資力量
教師隊伍職稱結構學院專任教師中有中國工程院院士1名，教授24名、副教授43名，博士研究生導師16名，碩士生導師41名，45歲專任教師中66.1％有博士學位，一批青年博士已成為師資隊伍的中堅力量，在國內外工業生物技術領域頗有影響。教育部“創新團隊”成員中90%以上有在國外學習研究的背景。學院兩次被評為“江蘇省普通高校優秀學科梯隊”。
學院現有全日制本科生780名，各類研究生585名。本著“高等教育的目標是培養具有創新精神和實踐能力的高級專門人才”的理念，50餘年來，學院為國家培養了700餘名博士、碩士和7000多名大學生。學院始終將本科教育作為高質量人才培養的基礎工作來抓，確立了“工科背景、理科特色、基礎寬厚、產學互動”的本科辦學指導思想。辦學中堅持 “特色興院、質量立院、人才強院”戰略，以特色創品牌，以質量求發展。在近年的全國大學生“挑戰杯”比賽、數學建模競賽、英語競賽等各類比賽中屢創佳績。
