東京牙科大學法人の運営機関として理事會および評議員會がある。理事會は理事9名、監事2名で構成され、本法人の最高議決機関である。また評議員會は本法人職員、本學同窓生、學識経験者の評議員40名で構成されており、寄附行為の規定による議決事項および諮問事項を審議する機関である。
東京牙科大學大學の學務に関する重要事項を審議するために教授會が置かれ、學長および教授をもって構成する。本學には付屬病院として、千葉病院、市川総合病院、水道橋病院の3施設が置かれている。教職員組織は教育職員、醫療職員、事務職員、技術職員、労務職員で構成されている。
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