在手工操作下，內部控制制度主要是通過會計人員的崗位分工和各種內部牽制制度，以及賬、證、表的定期核對，來保證會計信息的正確性。實行電算化以後，雖然會計內部控制的原則仍然適用，但卻使大部分傳統的控制方法和措施失去了作用，增加了新的控制內容，提供了新的控制手段和技術，改變了會計內部控制制度的重點方法和措施。
（一）內部控制形式的變化
由於電子計算機具有高速、穩定的特點，有很強的邏輯判斷能力和邏輯分析能力，使內部控制形式主要有兩方面的變化：
1.原手工下的一些內部控制措施在電算化下就沒有存在的必要了
由於全部會計核算工作由計算機集中完成，憑證數據一次錄入後即在會計軟體的控制下迅速、多次、毫無差錯地分別記入各種賬薄，並據以編制報表，只要憑證和會計軟體正確，其輸出的會計信息也必然是正確的，這就使賬簿之間的核對沒有必要了。此外，編制科目匯總等試算平衡的檢查也成為多餘。
2.原手工下的一些內部控制措施，在電算化後轉移到計算機內了
如憑證的借貸平衡校驗；餘額、發生額的平衡檢查；各核算與系統之間的數據核對；報表數據的勾稽關係檢查等。
（二）內部控制制度內容的變化
實現會計電算化後，給會計工作增加了新的工作內容，同時也增加了內部控制的新內容。不僅要保存好相關的紙質數據檔案，還要保存、保管好已存儲在電子介質中的各種會計數據和電腦程式。如編程、維護人員與計算機操作人員內部控制、計算機機內及磁碟內會計信息安全保護、計算機病毒防治，以及計算機操作管理等。
1.實行會計電算化後，會計部門內部單純的會計核算崗位被撤銷，增加了計算機操作、數據錄入、憑證覆核、會計軟體維護、硬體維護、系統管理、系統分析、系統設計、程式編制和調試等新的工作崗位，財務管理崗位比手工條件下劃分的更細、投入的人員更多、管理的更加深入。為此在電算化下必須針對新的組織機構和崗位分工重建其內部控制制度。
2.會計電算化數據的主要儲存形式轉變為機內檔案，這使得計算機機內檔案的安全保護、備份和恢復、禁止非法操作等成為會計內部控制的又一項重要內容。
3.由於計算機的套用，使防止計算機舞弊和計算機病毒破壞，成為會計內部控制一個新的、至關重要的事。
（三）內部控制的重點發生了變化
會計電算化後的內部控制的重點將放在原始數據輸入、會計信息的輸出控制、人機互動處理的控制、計算機系統之間連線控制幾個方面。
（四）內部控制的手段和技術發生了變化
計算機的套用給我們提供了先進的控制手段和技術，使會計內部控制的許多具體的方法和措施，可以編制電腦程式進行嚴格的、一絲不苟的控制，如數據正確性校驗，口令及操作許可權控制、操作過程自動記錄等。其原則是，凡是能採用計算機控制的就一定編製成計算機控制程式，因為計算機控制比人工控制更嚴格、更可靠，應儘量減少人工的控制量。
