簡介
在天后宮出現之前,蕃薯藔莊的公廟為福德祠,天后宮興建後,取代福德祠成為蕃薯藔街的信仰中心,為此並將原立於福德祠的“奉憲嚴禁羅漢腳惡習碑記”重刻一座立於天后宮。該廟前方之廟埕曾為羅漢門巡檢衙門所在地,日治時期為市集,當時曾在今平和街設公設市場以分散人潮,二次大戰後曾設有“新生市場”,現已拆除。
沿革

嘉慶十年(1805年),台灣縣知縣薛志亮倡建天后宮,其動機可能是受到當時海盜蔡牽活動的影響,欲以宗教力量穩住民心,另外還可能再進一步希望旗山天后宮能消融族群與階層對立,更能如內埔天后宮在重要時刻成為社會動員的基地。但隔年(1806年)蔡牽事件即告平息,薛志亮於嘉慶十二年(1807年)亦調職,不久病逝,天后宮的興建募款也隨之鬆懈。

日治時期,旗山仕紳陳啟雲曾借用天后宮東廂於昭和二年(1927年)成立悟真社以教育宣傳本土語言文化,並建有惜字亭,直到二次大戰後因功能漸失而停辦,惜字亭則變成金爐。二次大戰後,1951年成立的旗山集樂平劇研究社則借用天后宮西廂為北管練習場,東廂則為南管練習場,農曆每月初一、十五北管、南管會輪流在三川殿與正殿間的天井演奏,直到1970年代研究社才搬離天后宮。
而在整修方面,二次大戰之後旗山天后宮便於1946年進行整修,木料購自福建福州,經海運至屏東東港後再運到旗山,並聘“草賢師”施作三川殿龍虎堵泥塑與屋頂的剪黏。1964年再次整修以因應隔年媽祖聖誕,並聘柯丁添、周義雄等人雕刻正殿神龕花罩與網目。1975年整修,由吳振華承作三川殿、正殿與護龍的剪黏。1985年旗山鎮公所拆於警民協會蓋於1951年的“新生市場”後,廟方於廟埕前建牌樓,由潘岳雄承作彩繪。2008年再次整修,於2011年10月完工,2012年3月29日安座。