主要職能職責
（一）貫徹執行國家食品、藥品、保健食品、化妝品和消費環節食品安全監督管理的方針、政策、規劃和法律、法規、規章並監督實施。（二）負責餐飲、食堂等消費環節食品衛生許可和食品安全監督管理。
（三）負責保健食品、化妝品衛生許可、行政監管和技術監督。
（四）負責藥品、醫療器械研製、生產、流通、使用方面的質量管理、行政監督和技術監督。
（五）負責藥品、醫療器械註冊的初審工作；組織開展藥品不良反應和醫療器械不良事件監測；配合有關部門實施國家基本藥物制度；負責旗內國家處方藥和非處方藥分類管理制度的組織實施；依法對在旗內發布的藥品、醫療器械、保健食品及化妝品廣告進行備案；負責組織實施中藥、民族藥監督管理；負責中蒙藥材集貿市場和各類藥品交易會的監督管理。
（六）組織查處保健食品、化妝品和餐飲消費環節食品安全方面的違法行為。
（七）組織查處藥品、醫療器械安全方面的違法行為。
（八）承辦旗政府、盟食藥監局交辦的其他事項。
內設機構
內設6個內設股室：辦公室（規劃財務股）、政策法規股、保健食品化妝品監管股、餐飲服務監管股、藥品市場和醫療器械監管股、藥品監督稽查股（藥品監督稽查隊）。主要職責如下：
（一）辦公室（規劃財務股）
協調機關日常政務工作，負責會議組織、督查督辦、機要、保密、文秘、檔案、值班、信訪、政務信息等管理工作；負責新聞發布、宣傳和指導電子政務、信息化建設工作；負責應急管理的組織協調工作；承擔局機關和直屬單位財務管理工作。
（二）政策法規股
負責局機關行政處罰案件的合法性覆核工作以及有關行政處罰聽證、行政複議、行政應訴和國家賠償等工作；負責局機關和直屬單位的機構編制、人事管理、幹部隊伍建設和黨群、離退休人員等工作；依法開展食品藥品監督培訓教育工作。
（三）保健食品化妝品監管股
承擔保健食品、化妝品衛生許可工作；組織實施保健食品、化妝品生產、經營監督管理工作；組織開展保健食品、化妝品不良反應監測和產品質量安全突發事件的應急處理工作；負責保健食品、化妝品廣告審查備案和監測工作；承擔保健食品、化妝品檢驗檢測機構監督管理工作。負責監督保健食品生產企業GMP的實施。
（四）餐飲服務監管股
負責對餐飲服務環節食品衛生許可，擬訂消費環節餐飲服務許可有關規範、程式並組織實施；承擔全旗消費環節餐飲服務許可工作的現場勘查；負責組織餐飲服務環節從業人員的健康檢查工作；指導、督促、檢查餐飲監督所餐飲服務環節稽查執法和案件查處工作。
（五）藥品市場和醫療器械監管股
監督實施藥品流通法律、法規和處方藥、非處方藥、中蒙藥材、中藥飲片的購銷規則；監督實施藥品經營質量管理規範；負責全旗藥品零售企業經營許可的初審和監督管理工作；組織實施流通領域藥品分類管理工作；組織開展農村牧區藥品監督網、供應網建設工作；負責藥品經營企業質量安全突發事件應急處理工作。監督實施醫療器械法定標準、產品分類目錄；監督實施醫療器械生產、經營質量管理規範；負責醫療器械兼營、專賣企業的許可初審和監督管理；負責醫療器械突發事件應急處理工作；監督和規範醫療機構醫療器械產品的使用。
（六）藥品監督稽查股（藥品監督稽查隊）
貫徹實施國家有關藥品、醫療器械監督管理稽查制度；組織實施藥品、醫療器械監督檢查和產品抽驗；負責中、蒙藥材集貿市場和藥品交易會的監管；依法查處藥品、醫療器械違法案件；負責藥品、醫療器械廣告監測工作；負責處理藥品、醫療器械質量投訴和舉報。
