機構職能
1.貫徹執行出入境衛生檢疫、動植物檢疫和進出口商品檢驗的法律、法規和政策規定及工作規程，負責轄區出入境檢驗檢疫、鑑定和監管工作。
2.實施出入境衛生檢疫、傳染病監測和衛生監督。
3.實施出入境動植物檢驗檢疫和監督管理。
4.實施進出口商品的法定檢驗和監督管理，負責進出口商品鑑定管理工作.實施外商投資財產鑑定,辦理進出口商品復驗。
5.實施對進出口食品及其生產單位的衛生註冊登記和對外註冊管理,實施進口安全質量許可和出口質量許可及與進出口有關的質量認證認可工作。
6.實施國家實行進口許可制度的民用商品入境驗證管理工作,按規定承擔技術性貿易壁壘和檢疫協定的實施工作。
7.管理出入境檢驗檢疫證單、標誌及簽證、標識、封識，負責出口商品普惠制原產地證和一般原產地證的簽證工作。
8.負責所轄區域出入境檢驗檢疫業務的統計工作,收集國外傳染病疫情、動植物疫情,分析、整理、提供有關信息。
9.依法對轄區涉外檢驗檢疫、鑑定機構（包括中外合資、合作機構）以及衛生、除害處理機構實施監督管理等。
內設機構
| 單 位 | 部 門 | 部門電話 |
| 杏林出入境檢驗檢疫局 | 綜合科 | 6223802 |
| 財務科 | 6227179 | |
| 檢務科 | 6071104 | |
| 動植物檢驗檢疫科 | 6250992 | |
| 食品檢驗科 | 6287186 | |
| 機電檢驗科 | 6287187 | |
| 輕紡化礦檢驗科 | 6282409 | |
| 海滄出入境檢驗檢疫局 | 綜合科 | 6893056 |
| 檢務科 | 6893680 | |
| 動植物與食品檢驗檢疫科 | 6893682 | |
| 輕紡化礦科 | 6892723 | |
| 機電檢驗科 | 6895594 | |
| 衛生檢驗檢疫科 | 6898117 | |
| 出口加工區檢驗檢疫科 | 6898106 | |
| 口岸查驗科 | 5833126 | |
| 漳州出入境檢驗檢疫局 | 綜合業務科 | 2121913 |
| 衛生檢驗監督科 | 2031142 | |
| 食品檢驗監管一科 | 2021911 | |
| 動植物與食品檢驗科 | 2023090 | |
| 檢驗監管科 | 2027052 | |
| 檢務科 | 2025230 | |
| 綜合技術服務中心 | 2046197 | |
| 漳州港辦事處 | 6857586 | |
| 漳浦檢驗檢疫辦公室 | 3211954 | |
| 廈門機場出入境檢驗檢疫局 | 綜合科 | 5708495 |
| 檢務科 | 5731225 | |
| 貨檢科 | 5735073 | |
| 旅檢一科 | 5735089 | |
| 旅檢二科 | ||
| 衛生監督科 | 5730869 | |
| 郵件快件科 | 5685546 | |
| 五通檢驗檢疫科 | 3216657 | |
| 東渡出入境檢驗檢疫局 | 綜合科 | 5658027 |
| 檢務科 | 5622711 | |
| 廢物原料檢驗檢疫科 | 5658035 | |
| 石材檢驗檢疫科 | 5658039 | |
| 衛生檢驗檢疫科 | 5601966 | |
| 動植物檢驗檢疫科 | 5658021 | |
| 食品檢驗科 | 5658032 | |
| 機電檢驗科 | 5675645 | |
| 輕紡化礦檢驗科 | 5675681 | |
| 象嶼保稅區辦事處 | 檢務科 | 5673515 |
| 檢驗檢疫科 | 5673510 | |
| 物流園區檢驗檢疫科 | 5673513 | |
| 和平碼頭辦事處 | 綜合科 | 5675637 |
| 旅檢科 | 5675650 | |
| 衛生監督科 | 5675679 | |
| 大嶝辦事處 | 綜合科 | 7090980 |
| 檢驗檢疫科 | 7090980 | |
| 火炬高科技園區檢驗檢疫科 | 7099662 | |
| 市場科 | 7295036 | |
| 同安辦事處 | 綜合科 | 7370617 |
| 檢務科 | 7236961 | |
| 動植物檢驗檢疫科 | 7370614 | |
| 機電化礦輕紡檢驗科 | 7135113 | |
| 食品檢驗科 | 7230510 | |
| 轉關中心檢驗檢疫科 | 7370619 |
地址
地址：廈門市東渡路118號國檢大廈
