起因
崇禎二年（1629年），後金政權陷入了嚴重糧荒，統治區內餓殍遍野，人困馬乏。由於當時小冰川氣候的影響，東北饑荒已經成為常態。此時新上任的薊遼督師袁崇煥，在御前許下了“五年平遼”的豪言，到任後才發現困難重重。四月，蒙古喀喇沁部因為饑荒請求買米，袁崇煥下令於高台堡開糶，他向朝廷報告為了救濟關外的蒙古部落。崇禎皇帝下旨要求“計口量許換米，不得賣與布帛米糧”，並強調：“如有疏違，以通夷罪論處！”但最終蒙古部落還是背信棄義，不過明清相關史料並無表明後金最終是否得到了糧食。後金為了從根本上解決連年糧荒，其首領皇太極制定了南下入關擄掠的大膽計畫。同年六月初五，袁崇煥至雙島，以十二項罪名，矯詔殺死了明平遼總兵左都督毛文龍，史載毛文龍起先抗拒，聞此十二條罪狀後頓時垂頭喪氣，可見非空穴來風。關於袁崇煥殺害毛文龍的原因，史學家眾說紛紜：明末清初的史書普遍記載殺毛文龍是後金提出的議和條件；隨著《滿文老檔》中毛文龍投敵書信的公開，乾隆皇帝為袁崇煥平反，各種史料開始認為毛文龍通敵，袁崇煥將之除去的確體現了“大智、大勇”。
毛文龍死後，是否為後金南下掃清了障礙，尚在爭論。畢竟毛文龍雖然曾經為抗金做出過貢獻，但是時過境遷，寧遠大戰以及寧錦大捷中他都因為救援不力被天啟帝下詔斥責。史載後金的漢人副將高鴻中曾上疏皇太極：“若此時他來講和，查其真偽何如？若果真心講和，我以誠心許之，就比朝鮮事例，請封王侯，從正瘚，此事可講。若說彼此稱帝，他以名份為重，定是要人要地，此和不必說。他既無講和意，我無別策，直抵京城，相其情形，或攻或困，再作方略……。”隨後後金軍即刻準備南下，釀成“己巳之變”。而在此後的歲月里，後金鐵騎多次南下中原屠戮，如入無人之境，一直持續到明朝滅亡，給中原地區帶來極大的破壞。
但是史料中也有持相反觀點的，如《三朝遼事實錄》曾說：“崇煥得信心行事，中奴之誘，先殺毛文龍除奴肘腋之患。己巳，虜遂從薊鎮深入薄都城，舍山海而以薊、宣為屢犯之孔道。向使崇煥不使吊通奴，西夷必不叛，夷不叛則西路不可行，不殺島帥，則奴顧巢穴必不敢長驅而入犯！”
入衛京師
袁崇煥得知愛將趙率教陣亡、遵化陷落的訊息，急行軍三百餘里，比清軍早到二天，九千騎兵有四千人掉隊，步兵不能兼進，崇禎立即召見，大加慰勞，賜御饌和貂裘，袁崇煥請求讓疲憊的士兵入城休整，卻沒被批准，只好駐軍北京廣渠門外。兩日後（11月20日）清晨兩軍在廣渠門外大戰，祖大壽陣於南側，王承允陣於西南側，袁崇煥陣於西側。此時清軍敗退，廣渠門潰敗的清軍在北京郊外大舉燒殺，城外戚畹中貴園亭莊舍被蹂躪殆盡，引起戚畹權貴的極度不滿，向朝廷告狀。袁崇煥應把來犯之敵阻擋在薊州至通州一線，而非跟躡，11月15日趕到河西務，又不顧將領反對，率部前往北京，造成縱敵深入的錯覺，於是京城內議論紛紛。十二月初一日，崇禎召對袁崇煥、滿桂及其部將黑雲龍於平台。崇禎以殺毛文龍、勾結清軍入關、射傷滿桂三事責問崇煥，崇煥一時語塞，帝命錦衣衛拿下，後發南鎮撫司監候。祖大壽聞訊，頓時大憤，率大軍疾歸山海關，情勢再度逆轉。此一戰場由皇太極親自上陣，明軍節節敗退，大將滿桂、孫祖壽戰死。時兵部尚書王洽“應變非所長。驟逢大故，以時艱見絀。遵化陷，再日始得報。帝怒其偵探不明”，遂下獄，隔年四月，病死獄中。
經過
崇禎二年（1629年）十月，發生“己巳之變”，皇太極率十萬清兵繞道蒙古，十月戊寅日（12月11日）突破長城喜峰口，攻陷遵化，京師震動而戒嚴，同時詔令各路兵馬勤王。正在山海關附近的袁崇煥部，於十一月辛卯日（12月24日）在後金部隊抵達之前兩天趕到薊州，袁崇煥本應將來犯之敵阻擋在薊州至通州一線，在此展開決戰，以確保京城安全。皇帝給予袁崇煥組織各支勤王軍的權力以方便行事。袁崇煥將趕到的各路軍隊部署到其他防線，並將原先駐守薊州的劉策調離，親率關寧軍坐守薊州，並向皇帝承諾“必不令敵越薊西”。皇太極在得知袁崇煥坐鎮薊州後並沒有攻打薊州，而是“避實擊虛”，趁夜繞過了薊州，由此“僭越薊州”，兵逼北京。袁崇煥在發現被後金軍越過防線後並未對後金軍進行追襲，而是經另一條道路以最快的速度趕到北京。六天后，於十一月丁酉日（12月30日）晚袁崇煥抵達北京廣渠門外，提前後金部隊到達北京城外2天。袁崇煥名為入援，卻聽任敵騎劫掠焚燒民舍，不敢一矢相加，放任百姓被敵騎蹂躪殆盡。後果
己巳之變之後清軍曾先後五度入長城，其中兩次打到北京城，最遠的一次侵犯到山東濟南，皆大舉劫掠而歸。例如崇禎九年（1636年）五月，皇太極第二次攻入長城，遍蹂京畿，歷時四個多月，明稱“丙子虜變”。崇禎九年（崇德元年，1636年），清軍第三次入塞，宣大總督梁廷棟與兵部尚書張鳳翼不敢戰，自知死罪難逃，每日服食大黃取瀉求死。崇德三年（崇禎十一年，1638年），清軍第四次入塞，盧象升拚死奮戰，最後陣亡。崇禎年間明廷始終和戰不定，在清軍與流寇之間陷入兩面作戰之困境。崇禎十二年（1639年），洪承疇奉命鎮守薊遼邊境，給予李自成、張獻忠趁勢崛起的機會。崇禎十三年（1640年）三月，洪承疇在松山之役戰敗被清軍俘獲，崇禎十六年（1643年）十月初三，孫傳庭部被李自成部殲滅，自此明朝內外盡墨，注定明朝滅亡的命運。
袁崇煥被屈
在廣渠門防區，袁崇煥率領的關寧軍多次要求入城休整，均未獲得允許（勤王援軍不入城城下作戰是明朝規定），在面對敵人優勢兵力的情況下，與後金軍死戰，抵擋住了後金軍進攻，有傳言稱後被後金擊敗的滿桂部在向關寧軍防線靠攏時被關寧軍弓箭部隊攻擊。這種傳言早為史學家所否定，因為官方記載，如《明本兵梁廷棟請斬袁崇煥疏》，根本沒這個所謂罪名；而算得上的比較原始的資料，如《崇禎長編》，也無相關記載。事實上，這種事情想一下就知道很不符合邏輯，袁崇煥是勤王總指揮，手握尚方寶劍，要想讓滿桂死無需費那么大勁。何況袁滿之間雖有矛盾，尚不至於兵戎相見。滿桂是否曾經告狀至御前，除了一些清朝編的野史外，未有記載。後來上皇太極施“反間計”，崇禎帝在對戰爭部署的重重疑慮中召見袁崇煥，要求解釋，袁崇煥對此十分驚訝，未來得及回答，就被崇禎帝宣布予以收押待審。此訊息傳出，關寧軍當即棄守防線，開始返回駐地山海關。
