內設機構
,設定如下：辦公室
制定局機關和本系統的年度工作計畫及長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草和審核有關檔案和報告；負責綜合性會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅收宣傳和外事工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑑定、評選、推廣及獎勵工作；制定辦公規章制度；負責後勤保障及機關行政事務工作；負責局機關和本系統目標管理考核及督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理人大代表建議、政協委員提案；協助領導對有關工作進行綜合協調；承辦領導交辦的其它工作。稅政管理科
負責流轉稅、所得稅等稅種的稅政業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣套用及認證報稅、數據採集、稽核管理工作；負責增值稅等稅種的納稅評估、日常稽核和日常管理性檢查工作；負責稅收協定執行、反避稅實施、外國居民稅收監管、情報交換、國際稅務管理合作等；負責涉稅法律事務；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行日常管理性監督檢查；負責對出口企業退免稅申報的審核和確認，組織落實本地出口貨源徵稅情況並負責對外復函，負責本地出口貨物專用繳款書及分割單開具的檢查及指導工作；承辦領導交辦的其它工作。徵收管理科
負責組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度，處理執行稅收征管法規、條例中的有關事項；負責稅務登記、納稅申報、稅款徵收和稅收資料等的管理；牽頭組織對征管質量的綜合考核；負責組織征管軟體的推廣和套用；牽頭負責納稅評估的組織實施和指導、協調、管理工作；負責納稅服務的組織、管理工作；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作；負責稅務行政訴訟和行政複議等事項；負責增值稅專用發票、普通發票及有關票證的購領、發售、保管及管理等工作；承辦領導交辦的其它工作。人事教育科
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、考核、調配、交流、辭職辭退、工資福利、專業技術職務等人事管理工作；負責離退休幹部及提前離崗人員的管理和服務；負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；負責黨建、工會、共青團和婦聯工作；承辦領導交辦的其它工作。監察室
負責貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監督和糾風工作；負責信訪舉報、違法違紀案件工作；承辦領導交辦的其它工作。6、計畫統計科
負責稅收計畫管理、稅收會計、統計等信息數據的統計和分析工作；負責編制和分配稅收計畫、指導組織收入工作，進行稅收預測分析，負責稅款徵收信息的集中處理和會計核算工作，組織並檢查稅款徵收、解庫、提退等制度的執行；負責稅源資料的調查和測算，監控重點稅源；負責稅收票證的管理；負責財務管理；負責日常經費核算和經費預算決算工作；負責基建項目、政府採購和資產的日常管理工作；負責對財務工作的檢查和配合監察部門進行離任審計；承辦領導交辦的其它工作。
直屬機構
稽查局
負責對年度計畫確定的重點稅源企業和稅務違法案件的查處、審理、執行工作；組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收案件舉報的受理、轉辦；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作；承辦領導交辦的其它工作。派出機構
寶應縣國家稅務局派出機構設定為稅務分局，為副科級，計6個,設定如下：1、寶應縣國家稅務局第一稅務分局；
2、寶應縣國家稅務局第二稅務分局；
3、寶應縣國家稅務局第三稅務分局；
4、寶應縣國家稅務局第四稅務分局；
5、寶應縣國家稅務局第五稅務分局；
6、寶應縣國家稅務局第六稅務分局。
事業單位
信息中心寶應縣國家稅務局信息中心的級別為正股級。
負責組織稅收管理、綜合行政管理等信息系統建設；執行信息系統管理制度和技術標準；建立、管理和推廣計算機網路與涉稅信息等綜合資料庫；參與組織套用軟體開發和稅控器具的推廣、套用及技術培訓；根據工作需要，對征管數據進行質量審核、加工處理、綜合分析等；負責網路及系統安全管理工作；承辦領導交辦的其它工作
