創辦
國立中正醫學院由生理學家林可勝博士首先提出創建。當時中國最頂尖的醫學教育如北京協和、湖南湘雅、四川華西等幾乎都是外國人創建，林可勝希望中國能獨立創建一所頂尖的醫學院。同時林可勝倡議“公醫制度”，認為國家應免費為國民提供衛生醫療的服務，這也需要一所國立醫學院。江西省政府主席熊式輝贊成林可勝的主張，故選擇南昌作為校址，並堅持校名需冠以“中正”二字，國立中正醫學院遂於1937年在南昌創建。第一班班錄取正取生100名，備取生30名，實際報到108名，1937年9月在南昌正式上課。國立中正醫學院院長是原湘雅醫學院院長王子玕，教務長由生化教授唐寧康擔任，秘書長由英語教授汪西林擔任。
創辦後設有6個系科：(1)解剖；(2)生理及藥理；(3)病理(包括法醫)；(4)內科(包括放射學)；(5)外科(包括婦產科)；(6)公共衛生。
南遷江西永新
中正醫學院甫一成立，抗日戰爭即已全面爆發。南昌頻遭日軍空襲。1937年12月著手遷移，選址贛西永新縣（王子玕的家鄉）。永新教室完工前，學生暫借用吉安白鷺洲中學上課。1938年初學院遷往永新。
西遷雲南昆明
1938年秋間，戰事失利，同年11月4日，教育部下令該學院遷設昆明。11月6日，首批人員出發，同年12月，全部人員抵達昆明。此時，教育部統一招生分發本學院新生71名。1939年1月，購買昆明城郊白龍潭地基，興工建築臨時院舍。同月，奉教育部招考平津滬學生，取錄23名。同月19日借昆明青年會為教室，又開始上課。1939年3月，建成昆明白龍潭臨時院舍，同月即遷入新院舍。1939年5月，聯絡國立同濟大學醫學院、國立上海醫學院、國立雲南大學醫學院及雲南省立醫院商討滇南醫學教育、衛生機關合作辦法。1939年8月，該院取消秘書處，改設教務、訓導、總務3處，教務處主任由王子玕兼任，唐寧康為訓導處主任，陳充恩為總務處主任。1939年9月10日，雲南大學醫學院教職員代表來院商討醫學教育合作辦法。同月25日舉行學期考試。同月，與上海醫學院聯合，在昆明市設市門診處。1939年10月，教育部統一招生委員會分撥該院新生62名。1940年2月，劉南山任教務主任，同年8月，趙以炳為教務主任。
東遷貴州鎮寧
1940年8月，日本帝國主義的魔爪有伸向昆明的趨勢，同月24日，教育部電令該院遷移黔西一帶地區，在差不多同時，教育部下令該院學生享受公醫生待遇。1940年9月，該院遷設貴州鎮寧縣城，修理鎮寧縣城東嶽廟，租賃民房為臨時院舍。因城鎮較小，醫院實習發生困難，該院將四年級學生送去貴陽國立湘雅醫學院暫時借讀。1940年10月，教育部統一招生，分發本學院新生60名。回遷永新
1941年初決定回遷江西永新。1941年暑假，學院開始搬遷。院部設在永新舊址，以泰和的省立醫院作為實習基地。南遷南康及福建長汀縣
1944年7月，長沙失守，學院奉教育部令遷往南康縣，高年級學生住縣城，低年級學生住唐江鎮。1945年1月又遷往福建長汀縣。
回遷南昌
1945年抗日戰爭勝利。1946年1月始將四、五年級學生遷回南昌市原校址。同年7月11日，全部師生遷回南昌。
新中國成立後
1949年5月，國立中正醫學院由南昌市軍管會文教接管部接管，8月1日，改名為南昌醫學院。10月1日，南昌醫學院與四野醫科學校合併為華中軍區醫學院。1950年10月改稱中南軍區醫學院。1951年12月15日改稱第四軍醫學院。1952年11月改稱第六軍醫大學。1954年第六軍醫大學遷往重慶併入第七軍醫大學，1975年改稱第三軍醫大學。
