呂運亨加入“大韓民國臨時政府”還不足一年，就鬧出了一件大事，就是韓國歷史上轟動一時的“呂運亨渡日事件”。
事情的經過是這樣的：在上海的“大韓民國臨時政府”，採用爆炸、投毒等恐怖手段，多次在日本、朝鮮及上海租界區製造針對日本人的暗殺行動，日本政府對此類防不勝防的行動感到很頭疼。雖然也多次以武力鎮壓打擊，可是沒有什麼效果，抓了一批人還有一批人。於是，日本的拓植長官古賀廉造想改變一下對策，採用“收買懷柔”的辦法，通過中間人放出口風，要求與“韓國臨時政府”談判。“韓國臨時政府”的主要成員，大多數對此不屑一顧，認為不需要理會日本人的談判，應繼續以暗殺行動與日本人對抗。可是呂運亨卻認為有必要談判，如果談判可以取得有利的條件，就應該去談。於是呂運亨不顧臨時政府多數人的反對，在張德秀等人陪同下去了日本。呂運亨在東京會見了古賀等人，就朝鮮問題交換了意見，但未能達成任何協定。他此行的主要成果，大概要算是獲得了這樣的一個機會：11月27日，在東京的帝國飯店向各國記者團的五十多位記者發表了演說。在演說中，他正氣凜然地痛斥日本的侵略行徑，主張實現朝鮮的獨立。這一事件經各國記者們報導出去後，日本政府十分難堪，只好把呂運亨等送回上海，而日本議會認為這一事件丟了大日本帝國的臉面，甚至對當時的內閣提出了彈劾議案。
呂運亨回到上海後，臨時政府內部有兩派意見，一派認為呂運亨這次赴日本大長了朝鮮人的志氣，應該表彰。但另一派認為呂運亨在大多數臨時政府成員反對的情況下，一意孤行去與日本人談判，是目無紀律，甚至是“一種背叛行為”。這後一派的人與呂運亨鬧的很激烈，雙方相互敵視。韓國臨時政府最後的結論：譴責呂運亨的渡日是一種背叛組織的行為，但是在另一方面，則對其發表演說的外交效果加以肯定，並認為呂運亨的行動並不違反朝鮮獨立運動的基本精神。
經過了這一事件後，呂運亨對韓國臨時政府頗為不滿，再加上他本人的政治理念屬於左派，而臨時政府的成員以右派占多數，平時總有“話不投機半句多”的感覺。於是呂運亨又退出了韓國臨時政府，並於1920年參加了參加以朝鮮人社會黨為基礎組建的高麗共產團體，作為翻譯部負責人，他曾經成功翻譯了朝鮮語的《共產黨宣言》。
1928年，呂運亨秘密加入了中國共產黨。
1929年，呂運亨在參加一次組織活動時被上海租界的英國巡警逮捕，引渡到日本審判，並押回朝鮮，判處3年徒刑，直到1933年出獄。出獄後的呂運享繼續在朝鮮從事抗日宣傳活動，直到日本投降。並曾擔任外交次長。
1946年7月，遵循金日成的意志在南韓進行鬥爭活動的呂運亨自知不妙，把呂燕九和呂鴛九兩個女兒送到了朝鮮，他的兩個兩個女兒從此成了金日成的養女。
因其思想左傾，並追隨金日成。1947年7月，南韓左翼民主派領袖呂運亨被美國指使的南韓李承晚極右集團暗殺。
以盧武鉉為代表的南韓進步勢力上台後，曾決定追授呂運亨“獨立有功者”勳章，但仍遭到呂運亨後人的拒絕。呂運亨先生的女兒、時任朝鮮祖國統一民主主義戰線中央委員會議長的呂鴛九於2005年7月7日表示拒不接受南韓政府授予呂運亨的“建國勳章總統獎”。
她當天接受朝鮮《統一新報》的採訪時表示：“南韓當局目前仍然把過去的獨立運動家分成所謂的共產主義系列、親北系列進行意識形態爭論，與過去的軍事獨裁時期沒有根本性的區別。他們肆意評價我父親授予勳章是毫無道理的行為。”她還指出：“如果南韓當局真正要評價我父親，應該首先弄清暗殺罪犯美國的罪行，並作出讓美軍撤出南韓的決定。”
