歷史沿革
創立初期
南通大學醫學院1912年3月，張謇與其兄張詧創辦通州醫院附屬醫科學校，4月通州廢州立縣，通州醫院改稱南通醫院，學校隨之改稱南通醫院附設醫科學校。是年夏，學校更名為私立南通醫學專門學校，張謇、張詧出任校長。學校起初無校舍，借南通廟宇招生授課。張謇派熊省之去日本千葉醫學專門學校學習，熊省之獲學士學位即回國協助張謇、張詧創辦南通醫學專門學校，設西醫科，學制為預科1年、本科4年，校名和教學內容等基本仿效日本。創校初期，張謇請熊省之擔任學校第一主任兼南通醫院院長，並聘請從日本留學回國的李希賢（畢業於千葉醫學專門學校）、趙鑄（畢業於長崎醫學專門學校）任教師兼醫師。8月，張謇、張詧出資13700餘元，將南通城南古廟昭武院改建為校舍。
1913年4月，建成房屋73間，迴廊雨道37間。同年，張謇兄弟又出資16400餘元，在學校附近購地11.7畝，擴建南通醫院，供學生實習。
1914年6月，醫院建成，張謇題寫院名”南通醫院“，後改稱”附屬醫院“。12月，張謇題寫校訓：“祈通中西，以宏慈善”。
1916年1月16日，學校舉行首屆本科畢業典禮，張謇到會致訓詞，勉勵學生“存不欺心”。
1917年，增設中醫科，學制為預科1年、本科4年。張謇主張學生先學中醫數年，然後再學西醫，規定中醫科學生畢業後再學西醫科者免繳學費。
1918年7月，張謇出錢向德國購買X光機、手術器械、化學儀器等大小數百件，充實學校和醫院。
1919年，張謇選派10多名成績優異的學生去日本三井醫院、順天堂醫院、上井醫院進行畢業實習。之後又派教師和學生去日本東京帝國大學、大阪醫大、神戶醫大等高等學校參觀訪問。
1920年，聘請德國醫學博士夏德門任醫院總醫長兼教員。
1927年，南通醫學專門學校更名為私立南通醫科大學，醫院更名為南通醫科大學附屬醫院。自1912年至1926年張謇逝世，私立南通醫學專門學校畢業的西醫本科生共168名，中、西醫兼修本科生共37名。
1928年8月，私立南通醫科大學、私立南通紡織大學和私立南通農科大學合併組建私立南通大學，張孝若為首任校長。李希文、王志鴻、張誼分任醫、農、紡織三科科長，醫院更名為南通大學醫科附屬醫院。
1930年11月，因民國《大學組織法》中尚無紡織學院，私立南通大學改稱為南通學院。
抗戰時期
1937年8月，南通遭日本戰機狂轟濫炸，南通學院被迫停課。其中醫科、附屬醫院的人員、設備全部遷至揚州。
1938年2月，南通學院醫科附屬醫院被國民政府軍政部命名為第七重傷醫院，並投入抗戰前線，先後救治了600多名從上海等地送來的重傷病員。之後，第七重傷醫院輾轉來到湖南衡陽。8月，南通學院醫科與江蘇省立醫政學院合併，組建國立江蘇醫學院。12月，江蘇醫學院遷到貴州貴陽借當地校舍辦學。
1939年，學校遷至重慶北碚，並成立了附屬醫院，由於當時重慶常受到日本飛機轟炸，學校組建了多支空襲救護隊和流動醫療隊。
1945年，抗日戰爭勝利，國立江蘇醫學院準備遷至鎮江，私立南通學院報告要求在原址恢復醫科，國民政府教育部很快批准了此報告，於是，遠在重慶的原醫科的師生們從重慶碼頭登船，一路順流而下回到南通。為了辦好醫科，南通學院時任常務校董張敬禮（張詧之子）特從大生紗廠拿出16億法幣，買下當時的江北醫院，用於充實醫科、重建附屬醫院。
1946年，醫科正式恢復並招收新生。
抗戰勝利之後
南通大學醫學院醫科的恢復等於重建，教師隊伍系重新組織，儀器設備系重新添置，為了辦好醫科，南通學院當時的常務校董張敬禮（原醫學專門學校首任校長張詧之子）特從大生紗廠拿出16億法幣，買下了國民黨政府接管的日寇所辦“江北醫院”，作為醫科附屬醫院，充實醫科、重建南通學院醫科附屬醫院。
1946年秋，在滬農、紡科一年級遷回南通複課。是年，國立江蘇醫學院其餘部分遷至鎮江。（1957年，江蘇醫學院由鎮江遷至南京，並更名為南京醫學院，南京醫學院之後發展出南京醫科大學、南京中醫藥大學、揚州大學醫學院、江蘇大學醫學院）
1946年，私立南通學院（NantungUniversity）醫科正式恢復，並招收新生。
1949年2月，南通解放後，醫科招收五年制本科生。
1952年，全國高等學校院系調整，南通學院農科、紡科分別遷往外地。南通學院醫科於1952年11月7日改為公立，定名為蘇北醫學院。1952年秋，南通學院醫科附辦了一期三年制醫療專科班。
1956年，因蘇北區黨委建制合併，蘇北醫學院又改名為南通醫學院。
1957年7月，南通醫學院被遷往蘇州，改為“蘇州醫學院”，在南通留設“蘇州醫學院南通分部”，並保留附屬醫院。
1958年8月，蘇州醫學院南通分部又更名為南通醫學院，隸屬省管。
1978年9月，經國務院批准改為交通部和江蘇省雙重領導，以交通部為主。
1992年11月，南通醫學院、蘇州醫學院相繼舉辦八十年校慶，兩校元老、教授互訪致賀。南通醫學院前院長顧爾鑰曾為此賦詩為證：“夾岸弦歌源一家，育才除疾績堪夸；春秋八十同聲頌，江北江南姐妹花”。
1996年9月，日本德島大學校長武田克之訪問南通醫學院時曾賦詩兩首盛讚通醫、蘇醫兩校：“兩校成摯友，真心慧眼求；互勉爭貢獻，醫技千古秀”。“濠碧江泓，人情醇濃；我愛南通，兩校互敬；友情豐美，一帆風順，賓至如歸”。
2000年，蘇州醫學院於併入蘇州大學，成立蘇州大學醫學院（2008年，更名為蘇州大學醫學部）。
2004年，南通醫學院參與組建公立南通大學（NantongUniversity），成立了南通大學醫學院，後分出護理學院、公共衛生學院、生命科學學院等。至今，通大醫學院與蘇大醫學部仍然經常交流、共同成長。
辦學條件
南通大學醫學院學院現有國家重點學科培育點1個、省級一級學科重點學科2個、江蘇省高校建設重點學科1個，基礎醫學一級學科是江蘇高校優勢學科。學院有省級“十大臨床醫學中心”1個、省級醫學重點學科2個、省級醫學重點建設學科2個、省級臨床醫學重點專科15個、省級優秀學科梯隊2個、省級優秀科技創新團隊1個。學院現有一級學科博士學位授權點2個、二級學科博士學位授權點25個；有一級學科碩士學位授權點3個，二級學科碩士學位授權點26個，國家級博士後流動工作站1個。
1個國家重點學科培育建設點（人體解剖與組織胚胎學）1個國家重點實驗室培育建設點（神經再生重點實驗室）1個國家級精品課程（人體解剖學）1個國家級實驗教學示範中心（臨床技能訓練中心）
1個教育部重點實驗室（神經再生重點實驗室）
1個國家精品教材（醫學信息檢索教程）
1個國家特色專業建設點臨床醫學
1個近百年的大型三級甲等附屬醫院（最高等級）——南通大學附屬醫院
1個省一級學科重點學科（人體解剖與組織胚胎學）
3個省重點學科（人體解剖與組織胚胎學/航空、航天與航海醫學內科學/外科學）
1個省重點建設學科（眼科學）
3個省醫學重點學科（手外科/眼科學/實驗診斷學）
18個省臨床醫學重點專科（眼科、檢驗科、普外科、骨科、消化內科、血液內科、心血管內科、神經內科、皮膚性病科、腎臟內科、呼吸內科、婦產科、急診科、影像科、神經外科、耳鼻咽喉科、心胸外科、腫瘤科）
專業設定
南通大學醫學院擁有一支教學經驗豐富、醫療技術精湛、學術水平較高的師資隊伍，現有正高職213人，副高職485人；其中博士生導師38人，碩士生導師334人。教學條件優越，科研設備精良，能滿足基礎醫學、臨床醫學等學科及各專業教學科研工作需要。現有附屬醫院21所，教學實習醫院49所。
全日制在校生目前有3875人，其中全日制本專科生2747人，留學生327人，其中碩士研究生774人，博士研究生27人，另有18名博士在博士後流動站工作。
現有臨床醫學（含全科醫學）、口腔醫學、醫學影像學（含醫學影像技術）、康復治療學、生物信息學、醫學實驗技術等8個本科專業和專業方向，臨床醫學專業為國家級特色專業建設點、江蘇省品牌專業，醫學影像學專業為江蘇省特色專業。
臨床醫學
南通大學醫學院主要課程：人體解剖學、組織學與胚胎學、生理學、生物化學、藥理學、病理學、免疫學、診斷學、內科學、外科學、婦產科學、兒科學、中醫學等。
授予學位：醫學學士
學制：5年
生物信息學
培養目標：本專業培養具備現代管理學理論基礎、計算機科學技術知識及套用能力，掌握預防醫學、基礎醫學和臨床醫學的基本理論和知識，掌握系統思想和信息系統分析與設計方法以及信息管理等方面的知識與能力，能夠承擔生物技術和醫療部門信息化設計、建設和管理，從事生物醫學信息學工作的高級專業人才。主要課程：高等數學、計算機組成原理、計算機語言、計算機網路、資料庫原理、軟體工程、醫學統計學、基礎醫學概論、臨床醫學概論、醫院信息系統、網路信息資源、醫學影像信息學、生物信息學、生物醫學數據分析等。
授予學位：理學學士
學制：4年
口腔醫學
培養目標：本專業培養德智體全面發展的具備基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學的基本理論和醫療預防的基本技能，能在醫療衛生單位、醫學科研等部門從事口腔科醫療、預防、科研等方面工作的醫學高級專門人才。
主要課程：人體解剖學、組織學與胚胎學、生理學、生物化學、藥理學、口腔解剖生理學、口腔組織病理學、免疫學、診斷學、內科學、外科學、口腔內科學、口腔頜面外科學、口腔修復學、口腔正畸學等。
授予學位：醫學學士
學制：5年
醫學影像學
培養目標：本專業培養德智體全面發展的具備基礎醫學、臨床醫學和醫學影像學的基本理論知識及能力，能在醫療衛生單位從事醫學影像診治、介入放射和醫學成像技術等方面工作的醫學高級專門人才。
主要課程：影像物理基礎、電子學基礎、計算機套用、影像設備學、人體解剖學、診斷學、內科學、放射診斷學、超聲診斷學、放射治療學等。
授予學位：醫學學士
學制：5年
康復治療學
培養目標：本專業培養德智體全面發展的具有基礎醫學、臨床醫學的基本理論和知識，在全面掌握各種康復治療技術的基礎上，經過物理治療、作業治療的分專業教學（我校有分專業教學國際化課程試點項目，有與韓國大邱大學物理治療專業2+2.5合作辦學項目），具有較高水平的專業技能、一定的科研能力和臨床康復能力的高級專門人才。
主要課程：人體解剖學、生理學、醫用物理學、診斷學、運動學、康復醫學基礎、物理治療評價學、物理因子治療學、運動治療技術學、作業治療評價學、作業治療技術學、語言治療學、康復工程學、針灸推拿學、臨床康復學以及各類分專業教學的專業課程等。
授予學位：理學學士
學制：4年
附屬醫院
南通大學醫學院南通大學第二附屬醫院（南通市第一人民醫院）
南通大學第三附屬醫院（無錫市第三人民醫院/無錫市中西醫結合醫院）
南通大學第四附屬醫院（鹽城市第一人民醫院）
南通大學第五附屬醫院（泰州市人民醫院）
南通大學第六附屬醫院（鹽城市第三人民醫院）
南通大學附屬南通婦幼保健院（南通市婦幼保健院）
南通大學附屬南通第三醫院（南通市第三人民醫院/南通市傳染病防治醫院）
南通大學附屬腫瘤醫院（南通市腫瘤醫院）
南通大學附屬中醫院（南通市中醫院）
南通大學附屬精神衛生中心（南通市第四人民醫院）
南通大學附屬常州兒童醫院（常州市兒童醫院）
南通大學附屬海安醫院（海安縣人民醫院）
南通大學附屬東台醫院（東台市人民醫院）
南通大學附屬丹陽醫院（丹陽市人民醫院）
南通大學附屬江陰醫院（江陰市人民醫院）
南通大學附屬吳江醫院（吳江市第一人民醫院）
南通大學附屬建湖醫院（建湖縣人民醫院）
南通大學附屬溧陽醫院（溧陽市人民醫院）
南通大學附屬南京江北醫院（南京市江北人民醫院）
南通大學蕪湖臨床學院（蕪湖市第二人民醫院）
現任領導
院長：金國華
主持：學院行政全面工作。
分管：發展規劃、人事、經費工作；學科建設、青年教師培養、安全保衛工作；校友會。
協管：幹部、穩定、綜合治理工作。
書記：周逸萍
主持：學院黨委全面工作。
分管：幹部、黨組織建設、紀檢、監察、統戰、穩定、綜合治理工作。
協管：發展規劃、人事、經費工作；青年教師培養工作。
副院長：桑愛民
分管：臨床學科教育教學、專業建設、課程建設工作。
副院長：王曉冬
分管：醫學教育教學工作，具體負責基礎學科教育教學、專業建設、課程建設工作；研究生招生、教育與培養工作。
協管：大學生科技創新工作。
副書記兼副院長：曹勇
分管：學生、招生就業、大學生科技創新工作；研究生管理工作；宣傳、黨校、工會、共青團、關工委、離退休工作；信息化建設工作。
副院長：鹹華
分管：臨床技能訓練中心；畢業實習、實習基地建設工作；成人教育工作。
協管：臨床學科教育教學、專業建設、課程建設工作。
副院長：呂廣明
分管：實驗室建設與管理；資產設備管理；留學生教學；對外交流與合作。
副院長：周國雄
分管：科學研究、服務地方工作。
協管：研究生（臨床研究生）教育與培養工作。
獲獎情況
近年來，獲國家技術發明二等獎1項，江蘇省科學技術進步一等獎2項，承擔國家級科研項目119項，部省級科研項目81項，市級科研項目378項；獲市級以上科研成果獎237項；獲發明專利30餘項；SCI收錄論文450餘篇，出版教材專著26部，獲江蘇省高等教育教學成果特等獎2項及一批市級教學成果獎。
交流與合作
學院重視對外交流與合作，已與美國、日本、德國、澳大利亞、印度、巴基斯坦、挪威等國家的醫學教育、醫療衛生和科研機構建立了雙邊合作、學術交流關係，聘請了一批知名專家、學者擔任學院名譽教授、客座教授。同時，學院也先後派出了百餘名教師出國交流訪問、留學進修。
傑出校友
瞿立衡：江蘇南通嚴家灶人，1918年考入私立南通醫學專門學校，時年僅15歲，學了四年中醫、四年西醫，1925年在張謇的自助下遠赴柏林大學繼續深造，1930年獲得醫學博士學位，回國後擔任過兩任南通學院醫科科長，總時長達10年；
顧爾鑰：1919-2000年，江蘇南通人。1939年參加革命工作，同年加入中國共產黨。1950-1956年先後任私立南通學院、蘇北醫學院、南通醫學院院長；1952-1956年先後任南通學院、蘇北醫學院、南通醫學院黨委書記；
顧曉松：1953年12月生，江蘇南通人，1980年本科畢業於南通醫學院臨床醫學專業，後留校任教，1987年獲得醫學院人體解剖學專業碩士學位，2015年11月7日被增選為中國工程院醫藥衛生學部院士，現任南通大學神經再生重點實驗室主任，南通大學醫學院教授、博士生導師；
段樹民，1957年10月生，安徽蒙城人，1985年畢業於南通醫學院獲碩士學位，1991年在日本九州大學獲博士學位。2007年當選為中國科學院院士，2008年當選為第三世界科學院（TWAS）院士，第十一屆全國政協委員。神經生物學家，現為浙江大學醫學部主任、教授；
陳義漢：1964年10月生，江蘇鹽城人，1987年本科畢業於南通醫學院，後留校繼續讀研究生，1992年獲得內科學（心血管病）碩士學位。長期從事心臟內科臨床工作和基礎研究，用堅韌和執著詮釋了南通大學生生不息的精神氣質與文化內涵，為國家和人類做出了突出的貢獻。2015年11月7日被增選為中國科學院生命科學和醫學學部院士，現任同濟大學醫學院教授；
管又飛，1965年生，江蘇揚州人，1986年畢業於南通醫學院醫學系，獲學士學位，1986年9月至1991年8月擔任通大醫學院附屬醫院住院醫師、助教；1989年畢業於通大醫學院附屬醫院，獲腎臟內科醫學碩士學位；隨後於1991年至1994年間就讀北京醫科大學腎臟病研究所，獲醫學博士學位；1994年至1999年在美國Vanderbilt大學進行5年博士後研究；隨後被Vanderbilt大學醫學中心腎臟病及高血壓系聘請為研究助教授及助教授。1993年獲得國家光華獎，2005年被教育部特聘為長江教授，2007年獲得國家傑出青年基金。現任北京大學醫學部生理學及病理生理學系教授、系副主任、博士生導師等。
